Ni-Fe金属中心の構造化学的研究

Ni-Fe金属中心的结构化学研究

• 批准号: 10129214
• 负责人: 樋口 芳樹
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10129214/
• 关键词: ヒドロゲナーゼ; Ni-Fe活性中心; 非タンパク質配位子; ブリッジS配位子; S=O配位子; 鉄-イオウ・クラスター

酵素学的アプローチ ヒドロゲナーゼの活性化(すなわち水素還元)により,(SO,CO,CN,S/SH)の4本の非タンパク質配位子が大きな構造変化を起こすことを予想し,それを,特定する実験を行った.その結果,水素でヒドロゲナーゼを活性化すると,H_2Sが.発生することを見出した.これは活性部位の非タンパク質配位子が水素還元によりH_2Sとして遊離したことと,更に,活性中心の配位子のうち少なくともひとつはH_2Sとして遊離するイオウの化合物であることを伺わせる結果であった.還元型超高分解能結晶構造解析 上記還元反応の生成物(H_2S)が活性部位から遊離した配位子であることを証明するために,ヒドロゲナーゼの水素還元型結晶の低温超高分解能構造解析を試みた.還元型結晶の1.4Åの超高分解能の電子密度図を計算したところ,NiとFeをブリッジしていた単原子配位子が水素還元により活性部位から消えることが分かった.これは,上の酵素化学的データと合わせて,この単原子配位子がイオウの化合物であり,水素還元によって遊離されたことを強く裏付ける結果である.実際,この活性部位のブリッジ配位子以外に還元による大きな構造変化はなかった.活性化で消失するブリッジイオウ配位子は,ごの酵素が不活性な状態の時,これらの金属中心(FeとNi)に余計な配位子が入り込まないようにキャップとしてブロックする機能を持つという新しい説を提案することができた.

The enzyme science is very active. (SO,CO,CN,S/SH) 4 copies of this book are not available. This is the first time that you have been asked to do so. The results showed that the water content was significantly higher than that of the active one, HV 2S. Give birth to the baby and let the baby out. In the active part of the compound, the water content is higher than that of H _ 2S and H _ 2S. In addition, the active center of the active site is sensitive to H _ 2S and H _ 2S in the active site. The analysis of the active part of the meta-chemical reaction product (Halli2S) is based on the analysis of the structure of the meta-type ultra-high decomposition energy. the results show that the active part of the product (Hang 2S) is separated from the active part of the product (Halli2S). The ultrahigh decomposition energy of the alloy type is 1.4 μ m. The electron density is calculated by the electron density analyzer. The atomic coordination is determined by the atomic coordination atom. The water element is reduced by the active part of the metal. The chemical composition of the enzyme, the ligand of the atom, the compound of the compound, and the amount of water and water in the enzyme chemistry are used to strengthen the results of the chemical reaction. In the world, the active parts are used to match the position, and the system is used to reduce the temperature. When the activation system disappears, and the enzyme is inactive, the residual seat of the metal center (FeNI) is used to make sure that the ligand is active.

项目成果

M.Kataoka,Y.Higuchi et al.: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of lactonohydrolase from Fusarium oxysporum" Acta Crystallogr.D54. 1432-1434 (1998)

M.Kataoka，Y.Higuchi 等人：“尖镰孢内酯水解酶的结晶和初步 X 射线衍射研究”Acta Crystallogr.D54。

S.Misaki,Y.Higuchi et al.: "Structure Determination of Rubredoxin from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F in Two Crystal Forms" Acta Crystallogr.D55. 408-413 (1999)

S.Misaki，Y.Higuchi 等人：“来自 Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F 的两种晶体形式的红氧还蛋白的结构测定”Acta Crystallogr.D55。

Y.Higuchi et al.: "Removal of bridging ligand atom at the Ni-Fe active site of hydrogenase upon reduction with H_2,as revealed by X-ray structure analysis at 1.4Å resolution" Structure. (in press). (1999)

Y. Higuchi 等人：“用 H_2 还原时去除氢化酶的 Ni-Fe 活性位点上的桥接配体原子，如 1.4Å 分辨率的 X 射线结构分析所揭示的”结构（1999 年出版）。

K.Suto,Y.Higuchi et al.: "Crystallization and preliminary crystallographic studies of FMN-binding protein from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F" Acta Crystallogr.(in press). (1999)

K.Suto,Y.Higuchi 等人：“来自 Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F 的 FMN 结合蛋白的结晶和初步晶体学研究”Acta Crystallogr.（印刷中）。

Y.Higuchi,T.Yagi: "Liberation of hydrogen sulfide during the catalytic action of Desulfovibrio hydrogenase under the atmosphere of hydrogen" Biochem.Biophys.Res.Commun. (in press). (1999)

Y.Higuchi、T.Yagi：“脱硫弧菌氢化酶在氢气氛下催化作用期间释放硫化氢”Biochem.Biophys.Res.Commun。