動的・準動的結晶解析法による蛋白質間相互作用の研究

利用动态和准动态晶体学研究蛋白质-蛋白质相互作用

• 批准号: 12034212
• 负责人: 樋口 芳樹
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12034212/
• 关键词: 準動的X線結晶解析; ヒドロゲナーゼ; DsrDタンパク質; Axin; 超高分解能結晶解析; タンパク質間相互作用; タンパク質-配位子相互作用; 極低温結晶解析

1..DsrD(dissimilatory sulfite reductase D)タンパク質とDNA(RNA)との相互作用解明DsrDタンパク質の3.5ÅにおけるX線結晶解析の結果,その主鎖の折れたたみ構造のパターンはADAR1のZαドメインの構造と酷似していることが分かった.このZαドメインは,Z-DNAとの複合体として結晶解析されていることから,本DsrDもDNAあるいはRNAと相互作用するものと考えられた.今年度,さらに高分解能(1.5Å)の解析に成功し,側鎖も含めた全構造を解明した.その結果,核酸と相互作用すると考えられる部分の表面構造はZαドメインの構造と似ているものの,その表面電荷のパターンは異なっていることが判明した.また,高分解能の精密化により分子表面にモノマーあたり3-4個の硫酸イオンが同定された.2.ヒドロゲナーゼの水素活性化機構の解明ヒドロゲナーゼの活性阻害剤・CO分子結合型の超高分解能X線結晶解析に成功した.CO分子はNi原子に結合しており、生体分子中のNi原子とCO分子の結合状態をX線解析で示したのは本研究が最初である.また,水素活性化にNi原子のひとつのシステイン配位子が重要であることが明らかになった.3.細胞分化に関与するAxinタンパク質の構造化学AxinはWntシグナル伝達経路を負に制御していると考えられている.この分子はβ-カテニン等多くのタンパク質と結合し,シグナル伝達の足場的な役割を持つことからその精製・純品化が課題であった.本年度は,Axin中に見いだされているDIXドメインの精製法の開発に成功し,現在結晶化実験にはいっている.

1.. The interaction between DsrD and DNA(RNA) was analyzed by X-ray crystallographic analysis. The results showed that the structure of the main lock was similar to that of ADAR1. The Z-DNA complex was analyzed by crystal analysis, and the DsrD DNA complex was analyzed by RNA interaction. This year, the resolution of high resolution energy (1.5) was successful. As a result, nucleic acid interaction is examined and the surface structure of some parts is determined. 2. X-ray crystallographic analysis of CO molecule binding type ultra-high decomposition energy. X-ray crystallographic analysis of CO molecule binding to Ni atom. X-ray crystallographic analysis of Ni atom binding state of CO molecule in biological molecule. 3. The structural chemistry of Ni atoms involved in cell differentiation and the negative control of the pathway. This molecule is β- This year,Axin has successfully developed the DIX purification process, and now the crystallization process is in progress.

项目成果

K.Suto 等: "How do the X-ray Structure and the NMR Structure of FMN-binding Protein Differ?"Acta Crystallographica. D56. 368-371 (2000)

K. Suto 等人：“FMN 结合蛋白的 X 射线结构和 NMR 结构有何不同？”Acta Crystallographa D56 (2000)。

樋口芳樹: "ヒドロゲナーゼ活性中心の反応機構"現代化学. 8. 51-56 (2000)

樋口义树：“氢化酶活性中心的反应机制”现代化学8. 51-56 (2000)。

八木達彦,樋口芳樹: "廣川タンパク質化学"廣川書店. 340 (2000)

八木龙彦、樋口义树：《广川蛋白质化学》广川书店 340 (2000)。

O.Trofanchuk 等: "Single Crystal EPR Studies of the Oxidized Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"J.Bioinorganic Chemistry. 5. 36-44 (2000)

O. Trofanchuk 等人：“来自 Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F 的 [NiFe] 氢化酶氧化活性位点的单晶 EPR 研究”J. Bioinorganic Chemistry 5. 36-44 (2000)。

樋口芳樹: "ヒドロゲナーゼの立体構造と機能発現"日本生物物理学会誌. 40・4. 249-253 (2000)

樋口义树：“氢化酶的三级结构和功能表达”日本生物物理学会杂志40・4（2000）。