神経芽腫におけるゲノム変化の網羅的検索とそこからの癌関連遺伝子及び予後因子の同定

全面搜索神经母细胞瘤的基因组改变并鉴定癌症相关基因和预后因素

• 批准号: 15790549
• 负责人: 大平 美紀
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Chiba Cancer Center (Research Institute)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15790549/
• 关键词: 神経芽腫; ゲノム; アレイCGH; がん抑制遺伝子; 染色体欠失; 遺伝子増幅

小児の代表的な腹部固形腫瘍である神経芽腫では染色体1p36領域の欠失、MYCN癌遺伝子座の増幅、17q領域の増加などの染色体変化と予後との相関が知られているが、その領域からの神経芽腫発症に関わる遺伝子は未だ同定されていない。本研究では、神経芽腫の予後の異なるサブセットに特異的なゲノム変化の同定と、それらの領域からの腫瘍関連遺伝子の同定を目指して、様々な病期の神経芽腫270症例についてアレイCGH解析を行った。本年度は以下に示す結果が得られた。Genetic subgroupの分類と予後判定用clinical subgroupの同定アレイCGHによる腫瘍組織のゲノム異常パターンを独自のクラスタリング解析によりグループ化した。Silent, Partial, Wholeの3つに大別した後、神経芽腫で重要とされる1p、11qの欠失と2p上MYCNの増幅の有無からさらに12のサブグループに分けられた(Genetic subgroup)。各グループの予後との関連を検討するため、それぞれのグループのKaplan-Meier解析を行い、その結果から臨床予後による3つのClinical subgroupを設定した。これらの5年生存率は95%(予後良好),76%(予後中間),29%(予後不良)であった。今後はアレイCGHパターンから分類した予後中間群および予後不良群についてさらに詳細に解析を進め、予後と関わっているピンポイントなゲノム異常の同定と、遺伝子発現を組み合わせた解析を行う予定である。増幅および欠失領域の候補遺伝子の探索アレイCGH解析結果から、ホモ欠失および遺伝子増幅の候補をそれぞれ174 BACクローン、157 BACクローンに絞り込んだ。これらの候補領域にマップされる遺伝子をUCSCゲノムデータベースより取得し、それぞれについて半定量PCRによる確認実験を開始した。

Small where の represent な solid shape abdomen swollen sores で あ る god 経 buds swell で は areas of chromosome 1 p36 の owe loss, traces of MYCN carcinoma 伝 stroma の rights, 17 q の raised add picture な ど の chromosome variations change after と to と の phase masato が know ら れ て い る が, そ の field か ら の god 経 buds swell 発 disease に masato わ る heritage 伝 は son not だ be さ れ て い な い. This study で は, god after 経 buds swell の to の な る サ ブ セ ッ ト に specific な ゲ ノ ム variations with fixed と の, そ れ ら の field か ら の swollen sores masato even heritage 伝 の son be を refers し て, others 々 な disease の god 経 buds swell 270 cases に つ い て ア レ イ CGH parsing line を っ た. The following に for this year shows す results が obtain られた. After classification based subgroup の と to determine clinical subgroup の with fixed ア レ イ CGH に よ る swollen sores organization の ゲ ノ ム abnormal パ タ ー ン を の alone ク ラ ス タ リ ン グ parsing に よ り グ ル ー プ change し た. Silent, Partial and Whole の 3 つ に comparing し た, god 経 buds swell after で important と さ れ る 1 p, 11 q の owe と loss on 2 p MYCN の rights of の presence of か ら さ ら に 12 の サ ブ グ ル ー プ に points け ら れ た (based subgroup). After each グ ル ー プ の to と の masato even を beg す 検 る た め, そ れ ぞ れ の グ ル ー プ の Kaplan Meier - analytic を い, そ の results か ら after Clinical to に よ る 3 つ の Clinical subgroup を set し た. The 5-year survival rate of であった is 95%(good after treatment),76%(moderate after treatment), and 29%(poor after treatment)であった. Future は ア レ イ CGH パ タ ー ン か ら classification し た to intermediate group after お よ び to bad group after に つ い て さ ら に と after detailed analytical を に め, to masato わ っ て い る ピ ン ポ イ ン ト な ゲ ノ ム abnormal の with と, heritage 伝 son 発 み を group now close わ せ た parsing line を う designated で あ る. Rights of お よ び owe field loss の alternate heritage 伝 son の explore ア レ イ CGH analytical results か ら, ホ モ owe lost お よ び heritage 伝 child rights の picture alternate を そ れ ぞ れ 174 BAC ク ロ ー ン, 157 BAC ク ロ ー ン に ground り 込 ん だ. こ れ ら の alternate field に マ ッ プ さ れ る posthumous son 伝 を UCSC ゲ ノ ム デ ー タ ベ ー ス よ り obtain し, そ れ ぞ れ に つ い て semi-quantitative PCR に よ る confirmation be 験 を began し た.

项目成果

CpG island methylator phenotype is a strong determinant of poor prognosis in neuroblastomas.

• DOI: 10.1158/0008-5472.828.65.3
• 发表时间: 2005-02
• 期刊: Cancer research
• 影响因子: 11.2
• 作者: Masanobu Abe;M. Ohira;Atsushi Kaneda;Y. Yagi;Seiichiro Yamamoto;Y. Kitano;T. Takato;A. Nakagawara;T. Ushijima

Kawamoto T, Ohira M, Hamano S, Hori T, Nakagawara A: "High expression of the ovel endothelin-converting enzyme genes, Nbla03145/ECEL1α and β, is associated with favorable prognosis in human neuroblastomas"Int J Oncology. 22. 815-822 (2003)

Kawamoto T、Ohira M、Hamano S、Hori T、Nakakawara A：“卵形内皮素转换酶基因 Nbla03145/ECEL1α 和 β 的高表达与人类神经母细胞瘤的良好预后相关”Int J Oncology 22. 815-。 822（2003）

LM03 interacts with neuronal transcription factor, HEN2, and acts as an oncogene in neuroblastoma

LM03 与神经元转录因子 HEN2 相互作用，并在神经母细胞瘤中充当癌基因

• 期刊: Cancer Res (in press)
• 作者: Aoyama M;Ohira M;et al.
• 通讯作者: et al.

Ohira M, Morohashi A, Nakamura Y, et al.: "Neuroblastoma oligo-capping cDNA project : toward the understanding of the genesis and biology of neuroblastoma"Cancer Letters. 197. 63-68 (2003)

Ohira M、Morohashi A、Nakamura Y 等人：“神经母细胞瘤寡加帽 cDNA 项目：了解神经母细胞瘤的起源和生物学”Cancer Letters。

A review of DNA microarray analysis of human neurobl ast omas.

人类神经母细胞瘤 DNA 微阵列分析的综述。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Cancer Lett. 228
• 作者: Ohira M;Oba S;Nakamura Y;Hirata T;Ishii S;Nakagawara A.
• 通讯作者: Nakagawara A.