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小児癌由来cDNAチップを用いた正常個体発生の遺伝子発現ネットワークの網羅的解析

使用儿科癌症衍生的 cDNA 芯片全面分析正常个体发育过程中的基因表达网络

基本信息

批准号：
15012254
负责人：
大平美紀
金额：
$ 4.48万
依托单位：
Chiba Cancer Center (Research Institute)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15012254/
关键词：
神経芽腫肝芽腫個体発生 DNAチップ

项目摘要

本研究では、発生初期の神経芽細胞や肝細胞、腎細胞の発生分化に関わる遺伝子群の同定と解析を目指し、小児癌由来遺伝子を搭載したチップの作製と、神経芽細胞が交感神経系へ分化成熟する過程で働く転写因子群およびWntシグナル等に関わる遺伝子群の遺伝子発現ネットワークの解明を目的としている。本年度は以下を行った。1)遺伝子発現系の作製と神経芽腫由来チップを用いた網羅的発現解析アデノウイルスベクターに組み込んだMASH1、Phox2a,Phox2b遺伝子を神経芽腫細胞株に導入し、ノザン解析及びRT-PCRによる経時的な発現誘導を確認した。MYCN遺伝子については、テトラサイクリン除去によりMYCNが発現誘導される神経芽腫細胞株を用い、これまでに作製した神経芽腫由来の約5000種類の遺伝子を搭載したチップを用いてハイブリダイゼーションを行った。同定された候補遺伝子の半定量RT-PCRおよびノザン解析にてチップ解析の再現性を確認した結果、少なくとも3つのMYCN下流遺伝子の候補を同定した。さらに、神経芽腫の予後良好群と不良群の間で顕著に異なる発現を示す300以上の遺伝子群も同定した。これらは、神経堤細胞の分化成熟に何らかの関与をしている可能性が考えられた。また、これらの遺伝子から神経芽腫の腫瘍の個性と相関する遺伝子の候補をクラスタリング解析等により同定し、ランキングを行った。これらは神経芽腫の悪性度を予測する良いモデルケースになると期待された。2)肝芽腫チップの作製と腎芽腫遺伝子ライブラリーの作製β-cateninに変異がある肝芽腫、変異のない肝芽腫、及び非癌部の3つを出発材料として合計約12,000cDNAクローンからなる遺伝子ソースを調製し、約5,000の独立遺伝子のチップ作製を行った。また、半定量RT-PCRによる癌部と非癌部の間で発現に差のある遺伝子のスクリーニングを行い、約80の遺伝子を同定した。さらに、腎芽腫の腫瘍および非癌部から12,000クローンのcDNAを蒐集し、両端塩基配列決定を終えた。

The purpose of this study is to identify and analyze the identity of genetic subgroups related to the development and differentiation of early stage neuroblasts, hepatocytes and kidney cells, to identify and analyze the mechanism of development of genetic subgroups related to the development and maturation of neuroblasts and sympathetic nervous system, and to identify and analyze the identity of genetic subgroups related to the development and differentiation of neuroblasts, hepatocytes and kidney cells. This year, the following actions were taken. 1)The gene expression system was established by gene analysis and RT-PCR. The gene expression of MASH1, Phox2a,Phox2b gene was confirmed by gene analysis and RT-PCR. MYCN gene is used to control about 5000 kinds of gene from the origin of neuroblastoma. Semi-quantitative RT-PCR and PCR analysis of candidate genes were performed to confirm the reproducibility of the analysis, and the candidate genes of MYCN were determined simultaneously. In the past, the number of patients with brain edema was more than 300, and the number of patients with brain edema was more than 300. The possibility of differentiation and maturation of neurocytes is examined. For example, if a candidate for a candidate candidate for a candidate This is a good way to predict the severity of brain swelling. 2)About 12,000 cDNAs were generated from three different parts of the liver, kidney and non-cancerous tissues. About 5,000 independent cDNA fragments were produced. About 80 genes were detected in the cancer and non-cancer regions by semi-quantitative RT-PCR. In addition, the cDNA of 12,000 cDNA fragments was collected from kidney tumors and non-cancerous tissues, and the gene sequence was determined.