口腔癌の臨床病理学的悪性度に基づいたミニマムDNAアレイの開発

基于口腔癌临床病理恶性程度的最小DNA芯片的研制

基本信息

批准号：
15791156
负责人：
柏崎晴彦
金额：
$ 2.18万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

近年,口腔癌に対する集学的治療法(手術・化学療法・放射線療法)が確立されてきて治療成績が向上している.しかし,各症例の組織型・臨床病期がほぼ同一であるにもかかわらず,その化学療法や放射線療法に対する反応性は必ずしも同一ではなく,著しく予後不良な例に遭遇することがある.その一因として,各症例の腫瘍細胞が組織型・臨床病期以外にも,遺伝子変異の多様性によりそれぞれ固有の性質を有しており,これが治療抵抗性や予後に関与している可能性がある.本研究の目的は,1)これまでに数千〜数万の遺伝子からなるDNAマイクロアレイでスクリーニングされた癌組織の遺伝子発現を解析して,口腔癌の生物学的悪性度,転移,薬剤・放射線感受性および予後などの指標となる遺伝子の組み合わせを行い,2)個々の遺伝子発現の組み合わせと臨床データとの関連を解析することにある.今年度は以下の成果を得た.(1)高密度DNAアレイ(マイクロアレイ)で癌組織を解析した約25,000個の遺伝子に関するデータ(独自のデータ,論文発表されたデータ,インターネットで公開されているデータ)を基に口腔癌の個性診断のための候補遺伝子約1,289個を選別した.これらのcDNAをナイロン基板上にスポットしてDNAアレイシートを作製した.(2)29例の口腔癌組織を使用した.酵母p53機能アッセイとシークエンス解析によりp53変異の有無を確認した.同時にDNAアレイ解析により遺伝子発現値のデータを取得した.各データを平均値で標準化し,p53変異群と非変異群で高い有意差を示す97個の遺伝子データを選択し,遺伝的アルゴリズムとニューラルネットワークを用いた人工知能型解析を行った.(3)p53変異は29例中14例に認められた.97個の遺伝子を診断に重要な情報を含む特徴としてDNAアレイデータから選択した.その結果,p53遺伝子変異の有無を80-90%の識別率で診断することができた.(4)頸部リンパ節転移の有無に有意に関連する39個の遺伝子を同定した.

近年来，已经建立了多学科治疗（手术，化学疗法，放射治疗），并改善了治疗结果。然而，尽管每种情况的组织学类型和临床阶段几乎相同，但对化疗和放射治疗的反应性不一定是相同的，并且预后明显较差的病例可能会遇到。原因之一是，由于组织学类型和临床阶段以外的其他基因突变的多样性，每种情况下的肿瘤细胞都具有独特的特性，这可能与治疗耐药性和预后有关。这项研究的目的是1）分析使用由数千至数千个基因组成的DNA微阵列筛选的癌症组织中的基因表达，并将作为口腔癌生物恶性，药物/辐射敏感性和预后和预后的指标的基因组合在一起，以及2）分析单个基因表达和临床数据之间的关系。今年，我们获得了以下结果：（1）使用高密度DNA阵列（微阵列）分析了大约25,000个基因。根据数据（原始数据，已发布的数据，已发布的数据，在Internet上发布的数据），选择了大约1,289个候选基因，以诊断口腔癌个性。这些cDNA被发现在尼龙底物上以制备DNA阵列。（2）使用29个口腔癌组织。通过酵母p53功能分析和测序分析证实了p53突变的存在或不存在。同时，通过DNA阵列分析获得了基因表达值。每个数据都是通过平均值进行标准化的。 97个基因数据，显示了p53突变组和非妇女群之间的高显着差异，并使用遗传算法和神经网络进行了人工智能分析。（3）在29例中的14例中观察到P53突变。从DNA阵列数据中选择了97个基因作为包含重要信息的特征。结果，可以诊断出p53基因突变的存在或不存在歧视率为80-90％。（4）鉴定出39个基因与颈淋巴结转移的存在或不存在显着相关。

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Specific p53 mutations predict poor prognosis in oral squamous cell carcinoma.

DOI：
10.1016/s1368-8375(02)00064-7
发表时间：
2003-02
期刊：
Oral oncology
影响因子：
4.8
作者：
Y. Yamazaki;I. Chiba;A. Hirai;C. Sugiura;K. Notani;H. Kashiwazaki;K. Tei;Y. Totsuka;H. Fukuda
通讯作者：
Y. Yamazaki;I. Chiba;A. Hirai;C. Sugiura;K. Notani;H. Kashiwazaki;K. Tei;Y. Totsuka;H. Fukuda

Yamazaki Y: "Specific p53 mutations predict poor prognosis in oral squamous cell carcinoma."Oral Oncol. 39(2). 163-169 (2003)

Yamazaki Y：“特定的 p53 突变预测口腔鳞状细胞癌的不良预后。”Oral Oncol。