シロイヌナズナDNAアレイを用いた遺伝子発現制御ネットワークの解析

使用拟南芥 DNA 阵列分析基因表达控制网络

基本信息

批准号：
17017041
负责人：
関原明
金额：
$ 3.2万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

シロイヌナズナ22Kオリゴアレイを用いて、低温ストレスから回復までの過程の遺伝子発現プロファイル解析を行った。低温ストレス処理または低温ストレスからの回復過程で発現が変動する618個の遺伝子をクラスタリングして発現パターンでグループ分けした。その結果、(1)低温ストレスからの回復過程で発現誘導される遺伝子の多くは、低温ストレス処理で発現が抑制され、また逆に(2)低温ストレスからの回復過程で発現が抑制される遺伝子の多くは、低温ストレス処理で発現が誘導されることが明らかになった。種々の転写因子(bZIP転写因子のAREB1やNAC転写因子のNST1など)に関して、過剰発現型トランスジェニック植物などをマイクロアレイ解析することにより、転写因子により制御される下流のターゲット遺伝子を同定した。ストレス応答に関与する種々の制御遺伝子(Ser/Thr型プロティンキナーゼのSOS2,カルシュニューリンのβサブユニットをコードするSOS3,WRKYドメインを持つSLH1,ABA誘導性のレセプター型プロティンキナーゼのRPK1など)に関して、遺伝子破壊系統のマイクロアレイ解析を行うなどして制御遺伝子の機能解析を行った。これまでに同定した約600個のストレス誘導性遺伝子に関して、1kbのプロモーター断片を回収し、プロモーター+LUC、プロモーター+GUSのベクターコンストラクトを作製した。それらコンストラクトを含むトランスジェニック植物の作出を進め、これまでにプロモーター+LUCのT2植物を約200系統作製した。得られたT2系統について、LUC遺伝子の発現解析を進めている。シロイヌナズナ全ゲノムタイリングアレイを用いた遺伝子発現解析システムの立ち上げも進め、プローブの調製方法などタイリングアレイ実験のプロトコールをほぼ確立した。

使用拟南芥22K寡头阵列从冷应激到恢复进行基因表达谱分析。 618个基因在冷应激治疗过程中的表达变化或从冷应激中恢复的基因根据表达模式聚集并分组。结果，据表明，（1）低温应激的治疗抑制了从低温应激恢复过程中诱导的大多数基因的表达，并且（2）在低温应激中抑制许多基因在恢复过程中被抑制的许多基因的表达是由低温应激的处理引起的。关于各种转录因子（例如AREB1，BZIP转录因子和NST1，NAC转录因子），通过微阵列分析鉴定过过表达的转基因植物等，以鉴定受转录因子调节的下游靶基因。通过微阵列分析基因破坏线的微阵列分析，包括Ser/Thr-Type蛋白激酶的SOS2，SOS3编码Calshneurin，SLH1用WRKY域和ABA-诱导蛋白蛋白蛋白Kinsase的RPK1，对参与压力反应的调节基因的功能分析。对于到目前为止确定的大约600个应力诱导基因，收集了1 Kb启动子片段以生成启动子 + Luc和启动子 + GUS的矢量构建体。我们一直在开发包含这些结构的转基因植物，到目前为止，我们已经创建了大约200 t2植物，它使用了启动子 + luc。对于获得的T2菌株，LUC基因的表达分析正在进行中。我们还使用拟南芥整个基因组平铺阵列启动了一个基因表达分析系统，并建立了几乎所有用于平铺阵列实验的方案，包括准备探针的方法。

项目成果

期刊论文数量（22）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

植物体の細胞レベルにおける凍結ストレス耐性獲得機構

植物细胞水平获得冷冻胁迫耐受性的机制

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
低温生物工学会誌 (印刷中)
影响因子：
0
作者：
Hagiwara M.;Oono et al.;Ito et al.;Umezawa et al.;佐々木裕他
通讯作者：
佐々木裕他

Analysis of ABA hypersensitive germination 2 (ahg2) revealed the pivotal functions of PARN in stress response in Arabidopsis.

ABA 超敏萌发 2 (ahg2) 的分析揭示了 PARN 在拟南芥胁迫反应中的关键功能。

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
Plant Journal 44
影响因子：
0
作者：
Hagiwara M.;Oono et al.;Ito et al.;Umezawa et al.;佐々木裕他;Nakashima et al.;Fujita et al.;Nishimura et al.
通讯作者：
Nishimura et al.

Gene expression profiling in plants with cDNA microarrays. In "DNA microarrays-Advanced Methods(Edited by Dr.Ulrike Nuber)"

使用 cDNA 微阵列对植物进行基因表达谱分析。

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
影响因子：
0
作者：
Konishi;T.;Uodome;N.;Sugimoto A.;Reto Gassmann;大野陽子他;Takafumi Konishi;Seki et al.;Kazumasa Takeda;Seki et al.;Xue Han;Seki et al.;Sugimoto A. (14名中13番目);Seki et al.
通讯作者：
Seki et al.

Generation of full-length cDNA libraries from plant materials. In "Methods in Molecular Biology-ESTs(Edited by Dr.John Parkinson)

从植物材料中生成全长 cDNA 文库。

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
影响因子：
0
作者：
Konishi;T.;Uodome;N.;Sugimoto A.;Reto Gassmann;大野陽子他;Takafumi Konishi;Seki et al.;Kazumasa Takeda;Seki et al.
通讯作者：
Seki et al.

植物の根に関する諸問題(143)-環境ストレスおよびその回復過程に働く遺伝子発現応答研究の現状(2)低温馴化と脱馴化(低温ストレス)-.

植物根系相关问题(143)-环境胁迫及其恢复过程中涉及的基因表达反应的研究现状(2)冷驯化和去驯化(低温胁迫)-。