癌の分子標的探索と治療最適化のためのゲノムプロファイリング

用于癌症分子靶标发现和治疗优化的基因组分析

• 批准号: 17790135
• 负责人: 角田 慎一
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: 独立行政法人医薬基盤研究所
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17790135/
• 关键词: アレイCGH; 腫瘍; ゲノム異常; ゲノムプロファイリング; 診断

癌は様々な要因によってゲノムDNAレベルで異常を生じ、その異常が複数積み重なった結果として癌としての形質を発現している。したがって個々の癌で生じているゲノム異常を全染色体にわたって詳細かつ効率良く解析することが可能となれば、癌特異的な分子治療標的の発見が大いに期待されることになり、癌のオーダーメイド医療の進展にも多大に寄与できることになる。本研究課題においては、研究代表者らがこれまでに確立を進めてきたマイクロアレイCGH法について、解析性能の評価を行うとともに、種々の臓器・組織由来の癌細胞株約80株についてDNA増幅・欠失異常を網羅的に探索することで(ゲノム・プロファイリング)、癌の種類と遺伝子コピー数変化に関する情報を収集することを目的として検討を行った。本年度は、これまでに調製した癌細胞株ゲノムDNAを用いてマイクロアレイCGH解析を行い、ゲノム異常プロファイルを取得した。大腸癌細胞株(9種)、肝細胞癌(6種)、乳癌細胞株(6種)をはじめとする各組織由来癌細胞株について解析をおこなった。解析の結果、癌細胞株ゲノムでは極めて複雑にコピー数異常(増幅・欠失)が生じていることが判明した。高レベル増幅領域(G/R ratio>1.0)を探索したところ、一例として22q11.2領域において、大腸癌で2例、乳癌でも2例に増幅が認められたが、肝細胞癌株では増幅は認められなかった。特にSK-BR-3乳癌細胞株ではratio 3.7と高レベルの増幅を示しており、癌関連遺伝子がコードされている可能性が示唆された。これら領域をはじめ、複数の癌細胞株で共通する増幅・欠失領域からは癌遺伝子候補を見出せるものと期待される。また、今後細胞株の抗癌剤抵抗性とゲノムコピー数異常の相関を解析していくことで、癌薬物治療の最適化に資する情報(薬効予測)が得られるものと期待される。また、一方、本解析から見出されてくる癌関連分子の機能解明(機能ドメインの同定等)に有用なファージディスプレイ法を利用した解析技術を確立した。

Cancer is caused by DNA abnormalities, which occur as a result of multiple accumulation of DNA abnormalities, and by the appearance of cancer. For example, if a cancer develops, it may be possible to detect a cancer specific molecular therapeutic target. If a cancer develops, it may be possible to detect a cancer specific molecular therapeutic target. This research topic is about 80 cancer cell lines with DNA amplification and deletion abnormalities, and the representative of the research team is exploring the establishment and evaluation of analytical performance of the CGH method. The purpose of this discussion is to collect information about the type of cancer and the number of genes. This year, we obtained the DNA of the cancer cell lines. Colorectal cancer cell lines (9 types), hepatocellular carcinoma (6 types), breast cancer cell lines (6 types) As a result of the analysis, it was determined that the cancer cell line must be extremely resistant and abnormal (increased amplitude and loss) in the number of cells occurred. High amplitude domain (G/R ratio>1.0) was explored, one case was found in 22q11.2 domain, two cases in colorectal cancer, two cases in breast cancer, two cases in hepatocellular carcinoma. In particular, the SK-BR-3 breast cancer cell line showed a high ratio of 3.7 and a high level of expression, indicating the possibility of cancer-associated gene expression. The number of cancer cell lines in the field is increased, the number of cancer cell lines in the field is decreased, and the number of cancer cell lines in the field is increased. In the future, the resistance of cell lines to anticancer drugs needs to be analyzed in order to optimize the information for cancer drug therapy (drug prediction). The functional elucidation of cancer-related molecules (functional identity, etc.) was established by using the analytical technique.

项目成果

Characterization and genetic analysis in the newly established human bile duct cancer cell lines.

• DOI: 10.3892/ijo.26.2.449
• 发表时间: 2005-02
• 期刊: International journal of oncology
• 影响因子: 5.2
• 作者: M. Ghosh;N. Koike;S. Tsunoda;T. Hirano;S. Kaul;H. Kashiwagi;T. Kawamoto;N. Ohkohchi;K. Saijo;T. Ohno;M. Miwa;T. Todoroki

A novel method for construction of gene fragment library to searching epitopes

一种构建基因片段库寻找表位的新方法

• 发表时间: 2006
• 期刊: Biochem. Biophys. Res. Commun. 346
• 作者: Nishikawa M;Hashida M;Kawamura et al.
• 通讯作者: Kawamura et al.