立体構造を基にしたヌクレオチド除去修復機構の解析及び転写との共役機構の解析

基于3D结构的核苷酸切除修复机制分析及与转录的耦合机制分析

• 批准号: 17770089
• 负责人: 中川 紀子
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17770089/
• 关键词: DNA修復; ヌクレオチド除去修復; 転写共役修復; 高度好熱菌; 立体構造解析; トランスクリプトーム解析; 立体構造; 酵素反応

ヌクレオチド除去修復は様々なDNA傷害を認識・除去することができ、細菌では少なくとも7つの蛋白質、UvrA,UvrB,UvrC,UvrD,DNA ligase DNA polymerase,transcription-repair coupling factor(TRCF)が関与している。これまでにUvrB単独での立体構造解析を行い、ATPaseの活性測定からUvrAとUvrBは高い親和性があることが分かっていた。そこで、UvrA,UvrB,ATP,Mg存在下で複合体としての結晶化のスクリーニングを行い、微結晶を得た。UvrCについては全長での発現・精製方法を確立し、結晶化のスクリーニングを行ったが、良好な結晶が得られなかった。そこで、UvrCのプロテアーゼによる限定分解を行った。その結果を基に、いくつかのドメインに分割したUvrCフラグメントの発現プラスミドを作製し、その発現系を確立した。TRCFについては斜方晶系の結晶が得られ、SPring-8での回折パターンの測定により格子定数がa=76.63Å,b=141.45Å,c=310.03Å,α=β=γ=90°であることが分かった。V_mの値から非対称単位中含まれるTRCFは2〜4分子ある。UVによる傷害がどの様に遺伝子の転写に影響を与えるかを調べるために、高度好熱菌野生株およびuvrC破壊株にUVを照射し、照射前後での発現パターンの変化をDNA chipを用いて解析した。その結果、これまでに機能が知られていないconserved hypothetical proteinのいくつかがUVによって発現誘導されることが分かった。

The protein, UvrA,UvrB,UvrC,UvrD,DNA ligase DNA polymerase,transcription-repair coupling factor(TRCF) are related to DNA damage. UvrA and UvrB have high affinity. In the presence of UvrA,UvrB,ATP and Mg, the crystallization and microcrystallization of the complex were obtained. UvrC UvrC's definition of the term " As a result, the system of development was established. TRCF is composed of orthorhombic crystals, SPring-8 crystals, and the lattice number is a=76.63,b=141.45,c=310.03,α=β=γ=90°. V_m is not equal to TRCF. TRCF is equal to 2 ~ 4 molecules. UV irradiation, DNA chip analysis and analysis of DNA chip before and after UV irradiation As a result, this function is known to be conserved in the hypothetical protein and is induced by UV.

项目成果

Structures of a putative RNA 5-methyluridine methyltransferase, Thermus thermophilus TTHA1280, and its complex with S-adenosyl-L-homocysteine.

• DOI: 10.1107/s1744309105029842
• 发表时间: 2005-10
• 期刊: Acta crystallographica. Section F, Structural biology and crystallization communications
• 作者: A. Pioszak;K. Murayama;N. Nakagawa;A. Ebihara;S. Kuramitsu;M. Shirouzu;S. Yokoyama

高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト : 構造ゲノム科学からシステム生物学へ

整个高度嗜热细菌项目：从结构基因组科学到系统生物学

• 发表时间: 2006
• 期刊: 日本結晶学会誌 48
• 作者: Ishikawa;H.;海老原章郎
• 通讯作者: 海老原章郎

Crystal structure of TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8, a RNA degradation protein of the metallo-β-lactamase superfamily

• DOI: 10.1093/jb/mvj183
• 发表时间: 2006-10-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
• 影响因子: 2.7
• 作者: Ishikawa, Hirohito;Nakagawa, Noriko;Masui, Ryoji
• 通讯作者: Masui, Ryoji