霊長類における染色体特異的反復配列とゲノム多様性・進化に関する研究

灵长类染色体特异性重复序列、基因组多样性和进化研究

基本信息

批准号：
17018040
负责人：
黒木陽子
金额：
$ 2.69万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、ヒトゲノムにおいて重複と欠失が最も多く認められるY染色体をモデルとして、ゲノムの重複・欠失領域の同定、その周辺領域の構造解析、異なる生物間での比較ゲノム解析を行い、ゲノムの重複・欠失に関わる構造上の特性を見出すこと、個体間・異なる生物間における多様性と表現型との関連、Y染色体上で見られる重複領域の進化を明らかにすることを目的として解析を行った。ヒトY染色体の詳細なゲノム構造解析を目指し、Y染色体オリゴチップを用いたアレイCGH解析を行った。ゲノムのコピー数を同定する実験系を確立することに手間取っており、現在、解析条件を検討しているところである。アレイCGH解析と並行してチンパンジーY染色体の配列決定を行い、ヒト-チンパンジーにおける比較ゲノム解析を行った。これまでに、チンパンジーY染色体の約12.7Mbの領域の高精度塩基配列決定を終了し、その領域に位置するゲノム重複領域、種特異的な反復配列の種類とその分布について解析を行った。その結果、配列決定を行った12.7Mbの領域には、パリンドローム構造を示すゲノム重複領域が4箇所存在し(P6+,P7,P8,CSP1)、そのうちの2箇所、P6+とCSP1についてはヒトとチンパンジーでゲノム構造が大きく異なっていることが明らかになった。P6+領城では、ヒトとチンパンジーで同様な構造を示したが、パリンドローム領域の大きさが異なっていた。また、CSP1は、チンパンジー特異的なパリンドローム構造で、この領域の塩基配列はヒトY染色体の配列データと85-98%の断続的な相同性を示した。ヒトとチンパンジーで認められたパリンドローム構造の相違は、約500万年もの間、Y染色体のゲノム構造がパリンドローム構造を形成するという共通な性質を保持しながら、種特異的な様式でパリンドロームの構造変化を繰り返していることを示唆するものである。

在这项研究中，我们使用了Y染色体，其中重叠和缺失是人类基因组中最常见的，并在基因组中对重叠/缺失区域进行了鉴定，周围区域的结构分析，以及不同生物体之间的比较基因组分析以及不同的生物体之间的基因组之间的分析，与基因组重叠和差异的结构相关的结构，以及不同的结构，以及不同的相关性，以及不同的相关性，以及不同的相关性，以及不同的相关性，以及不同的相关性，以及不同的相关性，以及差异的相关性，以及差异化的相关性，构成了不同的相关性，以及差异化的相关性，以及相关性，以及相关的范围，构成了差异，广告范围以及广告范围的相关性，构成了相关性，并且存在相关性，并且相关性构成了相关性，而相关的相关性则是相关的，并且存在相关的范围。在Y染色体上看到的重叠区域。旨在实现人类Y染色体的详细基因组结构分析，使用Y染色体寡聚进行了阵列CGH分析。它需要一些时间来建立一个实验系统来识别基因组副本的数量，并且目前正在考虑分析条件。与阵列CGH分析并行对黑猩猩y染色体进行了测序，并进行了人类chimpanzees中的比较基因组分析。到目前为止，已经完成了大约12.7 MB黑猩猩染色体区域的高精度测序，并且已经对位于该地区的重叠基因组区域进行了分析，物种特异性重复序列类型和分布。结果，发现12.7 MB测序区域具有四个重叠的基因组区域，显示了腔植物结构（P6+，P7，P8，CSP1），其中两个位点P6+和CSP1在人类和黑猩猩中有显着差异。在P6+城堡中，在人类和黑猩猩中显示了相似的结构，但腔植物区域的大小不同。 CSP1还具有黑猩猩特异性的腔膜结构，该区域的核苷酸序列与人Y染色体的序列数据显示85-98％的间歇性同源性。在人类和黑猩猩中看到的腔膜结构的差异表明，在大约500万年中，Y染色体的基因组结构反复经历了腔膜结构的物种特异性转化，保留了Y染色体的共同特性，形成了palindromic结构。