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Comprehensive search for plant alternative promoters

Comprehensive search for plant alternative promoters
全面寻找植物替代启动子
批准号：
19570035
负责人：
YAMAMOTO Yoshiharu
金额：
$2.91万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19570035/
关键词：
環境応答プロモーターゲノム転写

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项目成果

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代表者が開発した高速シークエンサーを用いた転写開始点の大量同定法をシロイヌナズナに適用し、16万もの転写開始点タグを同定した。この解析結果を統計解析することで、植物コアプロモーターの多様性を初めて解明できた。16万の転写開始点タグは24,453の転写開始点クラスター、すなわちプロモーターとして認識されその過半数はこれまで知られていなかったものである。そのうち、10,285のプロモーターが9,627の遺伝子(CDS)に関連づけられ、差分の658がプロモーターを複数持つ遺伝子として同定することができた。この結果は代表者らが作成した植物プロモーターデータベースppdbにより検索可能である。
期刊论文(0)
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会议论文
Identification of plant promoter constituents by analysis of local distribution of short sequences.
DOI： 10.1186/1471-2164-8-67
发表时间： 2007-03-08
期刊： BMC genomics
影响因子： 4.4
作者： [Yamamoto YY, Ichida H, Matsui M, Obokata J, Sakurai T, Satou M, Seki M, Shinozaki K, Abe T]
通讯作者： Abe T
LET-dependent effects of heavy-ion beam irradiation in Arabidopsis thaliana
DOI： 10.5511/plantbiotechnology.25.113
发表时间： 2008-01-01
期刊： PLANT BIOTECHNOLOGY
影响因子： 1.6
作者： [Kazama, Yusuke, Saito, Hiroyuki, Abe, Tomoko]
通讯作者： Abe, Tomoko
コード領域の上流近傍における転写開始位置の決定機構
确定编码区上游附近转录起始位置的机制
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [工藤久幸, 山本義治, 中邨真之, 大谷将人, 長谷川桂子, 小保方潤一]
通讯作者： 小保方潤一
シロイヌナズナへの重イオンビーム変異誘発におけるLET効果とDNA変異
拟南芥重离子束诱变中的LET效应与DNA突变
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [風間裕介, 斉藤宏之, 山本義治, 林依子, 阿部知子]
通讯作者： 阿部知子
共 37 条
    Analysis and modeling of brain's dynamics of sleep stage transitions
    • 批准号：
      24650366
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.41万
    • 财政年份：
      2012
    • 负责人：
      YAMAMOTO Yoshiharu
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    Clinical application of physical activity time series: toward detection of early warning of depression
    • 批准号：
      23240094
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
    • 资助金额：
      $31.2万
    • 财政年份：
      2011
    • 负责人：
      YAMAMOTO Yoshiharu
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    On the memory characteristics and objective validity of disease symptoms
    • 批准号：
      22650157
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.09万
    • 财政年份：
      2010
    • 负责人：
      YAMAMOTO Yoshiharu
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    Behavioral organization: on the mechanism of generation of physical activity time series
    • 批准号：
      20300201
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额：
      $12.06万
    • 财政年份：
      2008
    • 负责人：
      YAMAMOTO Yoshiharu
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    海外基金