Establishment of a method for regional human population identification in/around Japan using autosomal STR markers

利用常染色体 STR 标记建立日本及其周边地区人口识别方法

• 批准号: 20370099
• 负责人: YAMAMOTO Toshimichi
• 金额: $ 12.48万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20370099/
• 关键词: STR; 常染色体; 東アジア; 集団遺伝; 同定法; 遺伝子プール; 遺伝的異質性; 祖先集団

DNA samples collected from regional human population in/around Japan were genotyped for hundreds loci of tetra-nucleotide repeat STR(short tandem repeat) markers almost equally distributed on human autosomes. One hundred and five loci of them were genotyped for DNA samples collected from five regional Japanese(Akita, Nagoya, Oita, Nagasaki and Okinawa), 5 regional Han Chinese(Shaanxi, Hunan, Guangdong, Fujian and Beijing), one Thais(Bangkok), one Burmese(Yangon), two regional Mongolian(Ulaagom and Dalandzadgad), one Korean Chinese(Shenyang) and one Korean(Seoul), total 16 regional Asian populations. Then those genotype data were analyzed with some population gentical methods such as phylogenetic, structural-genetic, and 3D-plotted programs. As a result, it was suggested to distinguish between Japanese and Han-Chinese statistically. Therefore, the ratios of likelihood for Japanese to Chinese at each allele for each STR locus were calculated, and the ratios of each individual were multiplied for all loci, and then the distribution for all of the ratios was corrected to a normal distribution, which has the possibility to establish a system to identify the ethnicity(which Japanese or Chinese) statistically.Furthermore, we constructed a similar multiplex typing system for more than 250 autosomal tetra-nucleotide repeat STR loci. This multiplex system would made it possible to examine the statistical differentiation between regionally closer populations, such as Japanese and Koreans and/or regional populations in Japan.

从日本地区人群中收集的DNA样本进行了基因分型，用于几乎均匀分布在人类常染色体上的数百个四核苷酸重复序列STR（短串联重复序列）标记位点。其中105个位点的基因型来自5个日本地区（秋田、名古屋、大分、长崎和冲绳），5个中国地区（陕西、湖南、广东、福建和北京），1个泰国人（曼谷），1个缅甸人（仰光），2个蒙古地区（乌拉贡和达兰扎加德），1个朝鲜族中国人（沈阳）和1个朝鲜族（首尔），共16个亚洲地区人群。利用系统发育分析、结构遗传分析和三维作图等群体遗传学方法对基因型数据进行分析。因此，建议在统计上区分日本人和汉族人。因此，计算每个STR基因座的每个等位基因的日本人与中国人的似然比，并将每个个体的比值乘以所有基因座，然后将所有比值的分布校正为正态分布，这有可能建立识别种族的系统此外，我们还建立了一个类似的250多个常染色体四核苷酸重复STR基因座的多重分型系统。这一多重系统将使人们有可能研究区域性较近的人口之间的统计差异，如日本人和韩国人和/或日本的区域人口。

项目成果

アレル特異的PCRによる日本及びモンゴル男性のYハプログループの比較

通过等位基因特异性 PCR 比较日本和蒙古男性的 Y 单倍群

• 发表时间: 2010
• 作者: Liu;X.;Iwanaga;K.;Koda;S.;山本敏充
• 通讯作者: 山本敏充

The distribution of H19HP haplotypes in Asian populations

H19HP单倍型在亚洲人群中的分布

• DOI: 10.1016/j.fsigss.2011.09.033
• 发表时间: 2011
• 期刊: Forensic Science International : Genetics Supplement Series
• 作者: 庚徹;小谷賢太郎;朝尾隆文;堀井健;内藤裕一・米田穣・力石嘉人・大河内直彦;Nori Nakayashiki
• 通讯作者: Nori Nakayashiki

FLNA p.V528M substitution is neither associated with bilateral periventicular nodular heterotonias nor with macrothrombocvtonenia

FLNA p.V528M 替代既不与双侧脑室周围结节性肌张力不正相关，也不与大血栓张力相关

• 发表时间: 2010
• 期刊: Journal of Human Genetics
• 影响因子: 3.5
• 作者: Matsumura H;Yamagata M.;米田穣・下見光奈・石田肇・片由一道・藤澤珠織・分部哲秋・向井人史・奈良貴史;Shinji Kunishima
• 通讯作者: Shinji Kunishima

Usefulness of a hundred of autosomal tetranucleotide STR markers for genetic analysis among geographically close human regional populations in East Asia

一百个常染色体四核苷酸 STR 标记在东亚地理位置相近的人类区域人群遗传分析中的有用性

• 发表时间: 2009
• 期刊: Forensic Sci. Int. Genet
• 作者: T. Yamamoto;M. Fukami;N. Saitou;et al(他4名;1番目)
• 通讯作者: 1番目)

南米に移住した男性が共通の祖父であるか否についての血縁鑑定例

血缘关系测试的一个例子，用于确定移民到南美的男子是否有共同的祖父。

• 发表时间: 2011
• 作者: Sano;et.al.;Toshimichi Yamamoto;Endo TR;Dodo Y;松澤めぐみ・西村さつき・乗田理恵・川崎通夫・千田峰生;山本敏充
• 通讯作者: 山本敏充