Experimental analysis of conformational evolution process of a prion by developing the kinetic NMR

动力学核磁共振实验分析朊病毒构象演化过程

• 批准号: 23370068
• 负责人: KUWATA Kazuo
• 金额: $ 12.81万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23370068/
• 关键词: NMR; キネティクス; プリオン; 立体構造進化; 活性化

In order to elucidate the conformational conversion process of a prion protein from its cellular form to the pathogenic one and the prion's evolution mechanism, we created a series of novel apparatuses, i.e. kinetic fluorescence, kinetic CD, kinetic DLS, and kinetic NMR (800 MHz). Using these novel analytical systems, we could detect the early conformational changes in a prion protein prior to the aggregation formation. Using the kinetic DLS, we detected the transient formation of disordered assembly before the stable amyloid-like aggregate formation. Using the kinetic NMR, we could detect the region specific degradation of the peptide bonds by imposing the ultrasonication. Those phenomena would give us important clues for understanding the mechanism of conformational conversion as well as that of evolution.

为了阐明prion蛋白从其细胞形式到病原体的构象转化过程以及Prion的进化机制，我们创建了一系列新型设备，即动力学荧光，动力学CD，动力学DLS和动力学NMR（800 MHz）。使用这些新型的分析系统，我们可以在聚集形成之前检测prion蛋白的早期构象变化。使用动力学DLS，我们在稳定的淀粉样蛋白样骨料形成之前检测到无序组件的瞬时形成。使用动力学NMR，我们可以通过施加超声处理来检测肽键的区域特异性降解。这些现象将为我们提供理解构象转换机制以及进化的重要线索。

项目成果

Structure-based drug design of small molecules for the differentiation of induced pluripotent stem (iPS) cells

基于结构的小分子药物设计，用于诱导多能干 (iPS) 细胞的分化

• 发表时间: 2013
• 作者: ワリード・オスマン;桑田一夫
• 通讯作者: 桑田一夫

Medical chaperone- a novel strategy for the logical drug design for prion diseases

医疗伴侣——朊病毒疾病逻辑药物设计的新策略

• 发表时间: 2013
• 作者: Imamoto;Y.;角野歩，山本大輔，岩本真幸，出羽毅久，老木成稔;桑田一夫
• 通讯作者: 桑田一夫

抗プリオン化合物のマレイン酸塩及その製造方法, 並びにその医薬組成物

抗朊病毒化合物的马来酸盐、其制备方法及其药物组合物

• 发表时间: 2014

論理的創薬に基づく疾患治療法の開発

基于逻辑药物发现的疾病治疗方法的开发

• 发表时间: 2012
• 作者: 山下博成;小谷武徳;村田陽二;岡澤秀樹;大西浩史;具英成;的崎尚;桑田一夫
• 通讯作者: 桑田一夫

Protein-Specific Force Field Derived from the Fragment Molecular Orbital Method can Improve Protein-Ligand Binding Interactions

片段分子轨道方法衍生的蛋白质特异性力场可以改善蛋白质-配体结合相互作用

• DOI: 10.1002/jcc.23250
• 发表时间: 2013
• 期刊: J. Comp. Chem
• 作者: L. Chang;T. Ishikawa;K. Kuwata;and S. Takada
• 通讯作者: and S. Takada