Development of novel algorithm to detect enzyme active-sites considering cofactors

开发考虑辅因子的新算法来检测酶活性位点

• 批准号: 23500373
• 负责人: NAGANO Nozomi
• 金额: $ 3.24万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23500373/
• 关键词: 酵素; 活性部位; 予測法; 重みつき偏差; カーネル; 補酵素; 構造; 酵素反応

Prediction of active sites in enzyme proteins is extremely essential not only for protein sciences but also for practical applications. Because enzyme reaction mechanisms are based on the local structures of enzyme active sites, a simple measurement, mean square deviation, has been used to compare such local structures in proteins so far. In order to improve the ability of such a simple measurement, various kinds of template-based methods that compare the local sites have been developed to date. In this work, parameters for the deviation was introduced. Moreover, the Bregman Divergence Regularized Machine was also employed to develop a new machine learning algorithm that determines the parameters of the square deviation. Experimental results showed that the proposed methods possess promising search performance.

预测酶蛋白质的活性位点不仅对蛋白质科学而且对实际应用都是非常重要的。由于酶的反应机制是基于酶活性位点的局部结构，一个简单的测量，均方差，已被用来比较蛋白质的这种局部结构到目前为止。为了提高这种简单测量的能力，迄今为止已经开发了各种基于模板的比较局部位点的方法。在这项工作中，参数的偏差。此外，Bregman发散正则化机器也被用来开发一种新的机器学习算法，确定平方偏差的参数。实验结果表明，所提出的方法具有良好的搜索性能。

项目成果

Enzyme function prediction using active sites and ligand binding sites information

使用活性位点和配体结合位点信息预测酶功能

• 发表时间: 2012
• 作者: Chioko Nagao;Nozomi Nagano;Kenji Mizuguchi
• 通讯作者: Kenji Mizuguchi

平均多項式カーネルと動画像認識およびブレインマシンインタフェースへの応用

平均多项式核及其在视频识别和脑机接口中的应用

• 发表时间: 2014
• 期刊: 電子情報通信学会技術報告書
• 作者: レラトーレイサ;廣橋義寛;伊藤栄祐;加藤毅
• 通讯作者: 加藤毅

Richard Lemence, Improved protein-ligand prediction using kernel weighted canonical correlation analysis

Richard Lemence，使用核加权典型相关分析改进蛋白质配体预测

• 发表时间: 2013
• 期刊: IPSJ Transactions on Bioinformatics
• 作者: Raissa Relator;Tsuyoshi Kato
• 通讯作者: Tsuyoshi Kato

階層的酵素反応分類（RLCP）

酶反应分级分类 (RLCP)

Mean Polynomial Kernel and Its Application to Vector Sequence Recognition

• DOI: 10.1587/transinf.e97.d.1855
• 发表时间: 2014-07
• 期刊: IEICE Trans. Inf. Syst.
• 作者: Raissa Relator;Yoshihiro Hirohashi;Eisuke Ito;Tsuyoshi Kato