Functional analysis of isoflavonoid biosynthesis related transcription factors using gene co-expression network analysis

利用基因共表达网络分析异黄酮生物合成相关转录因子的功能

• 批准号: 23510272
• 负责人: SUZUKI Hideyuki
• 金额: $ 3.49万
• 依托单位: Kazusa DNA Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23510272/
• 关键词: 遺伝子共発現ネットワーク解析; EST解析; DNAマイクロアレイ; 次世代シークエンサー; 転写因子; アヤメ科植物; イソフラボノイド生合成; 不定根培養; 遺伝子共発現ネットワーク; DNA マイクロアレイ

In order to isolate transcription factors involved in isoflavonoid biosynthesis, we established an EST (expressed sequence tag) data in Iris germanica root cultures, accumulating isoflavonoid, using next-generation sequencing instrument illumina HiSeq 1000 with 100 bp paired-end reads. Furthermore, we carrying out transcript expression analysis (using a custom Iris DNA array) in subculturing time-course experiment of Iris germanica root cultured cells for gene discovery in gene co-expression network analysis.We established standalone Confeito Java-GUI (gene co-expression network analysis) software that extracted highly-interconnected gene modules. Using the public Arabidopsis DNA array resource data (more than 9 thousands), we have shown an application of our developed Confeito Java-GUI software to isolate gene co-expression network module in Arabidopsis aliphatic glucosinolate biosynthesis.

为了分离参与拟南芥生物合成的转录因子，我们使用下一代测序仪器Illumina HiSeq 1000建立了德国鸢尾根培养物中积累拟南芥的EST（表达序列标签）数据，具有100 bp的配对末端读取。此外，为了在基因共表达网络分析中发现基因，我们在德国鸢尾根培养细胞的继代培养时程实验中进行了转录本表达分析（使用定制的Iris DNA阵列），并建立了独立的Confeito Java-GUI（gene co-expression network analysis）软件，提取高度互连的基因模块。利用公开的拟南芥DNA阵列资源数据（超过9000个），我们展示了我们开发的Confeito Java-GUI软件在分离拟南芥脂肪族硫代葡萄糖苷生物合成基因共表达网络模块中的应用。

项目成果

ネットワーク解析を用いた(植物)生合成研究

使用网络分析进行（植物）生物合成研究

• 发表时间: 2011
• 作者: 宮本健助;岡真理子;上田英二;上田純一;鈴木秀幸
• 通讯作者: 鈴木秀幸

特有のフラボノイドを蓄積するアヤメ属植物のEST解析

积累独特黄酮类化合物的鸢尾植物的 EST 分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Yohko Yamazaki;Tohru Masuda;Manabu Kawada;Isao Momose;Akio Nomoto;西山繁;渡邉弘法，清水好美，岩崎真悟，米山恵介，吉田隼，遠藤有紗，柴田大輔，鈴木秀幸，青木俊夫，明石智義
• 通讯作者: 渡邉弘法，清水好美，岩崎真悟，米山恵介，吉田隼，遠藤有紗，柴田大輔，鈴木秀幸，青木俊夫，明石智義

ミヤコグサ由来フラボノイド8-水酸化酵素遺伝子の単離と機能解析

莲子黄酮8-羟化酶基因的分离及功能分析

• 发表时间: 2011
• 作者: 嶋田典基;明石智義;青木俊夫;金森千奈;太田大策;青木考;柴田大輔;鈴木秀幸
• 通讯作者: 鈴木秀幸

キンギョソウのフラボノイド生合成における酵素間相互作用解析

Snapdragon 类黄酮生物合成中的酶相互作用分析

• 作者: 奥尚枝;中原優華;里見彩;重松亨;石黒京子;藤野 尚人，杉山 圭吾，名川 賢治，山崎 達也，吉田 佐央理，本橋 令子，田中 良和，鈴木 秀幸，高橋 征司，中山 亨
• 通讯作者: 藤野 尚人，杉山 圭吾，名川 賢治，山崎 達也，吉田 佐央理，本橋 令子，田中 良和，鈴木 秀幸，高橋 征司，中山 亨

Metabolomics-oriented molecular cloning and functional characterization of flavonoid 8-hydroxylase from Lotus japonicus

百脉根黄酮8-羟化酶的代谢组学分子克隆及功能表征

• 发表时间: 2012
• 作者: Kota Kera;Norimoto Shimada;Tomoyoshi Akashi;Toshio Aoki;Tina Kanamori;Daisaku Ohta;Koh Aoki;Daisuke Shibata;Hideyuki Suzuki
• 通讯作者: Hideyuki Suzuki