Analyse zweier regulatorischer RNAs grampositiver Bakterien: SR1 aus dem Bacillus subtilis-Chromosom und RNAIII aus Plasmid pIP501

分析革兰氏阳性菌的两种调节 RNA：来自枯草芽孢杆菌染色体的 SR1 和来自质粒 pIP501 的 RNAIII

• 批准号: 5434214
• 负责人: Privatdozentin Dr. Sabine Brantl
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Genetik
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2003-12-31 至 2013-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5434214?language=en
• 关键词: Analyse; zweier; regulatorischer; RNAs; grampositiver

Kleine nichtkodierende RNAs bei Pro- und Eukaryoten rückten in den letzten 3 Jahren in den Blickpunkt der Aufmerksamkeit. Mit Hilfe von Computerprogrammen gelang es uns, eine Reihe nichtkodierender RNAs in intergenischen Regionen des B. subtilis-Chromosoms vorherzusagen. Bislang konnte eine davon in nachfolgenden Northernblot-Analysen detektiert werden. Wir haben diese RNA, die in der slp-cadintergenischen Region kodiert ist, SRI (small RNA1) genannt. SR1 (205 nt) wird beim Übergang in die stationäre Wachstumsphase exprimiert, nicht jedoch in der logPhase. SR1 ist nicht essentiell für B. subtilis und bei ca. 10facher Überexpression nicht toxisch. Auf der Basis von 2DGelanalysen von Proteinextrakten aus Wildtyp- und SR1-knockoutStämmen haben wir 4 potentielle Targets identifiziert, die alle für Enzyme des Pyrimidinstoffwechsels kodieren. Ein Target, upp-mRNA, konnte bislang experimentell bestätigt werden. SR1 weist ein interessantes temperatur- und substratabhängiges Expressionsprofil auf. Die Antisense-RNA RNAIII (136 nt) reguliert über Transkriptionsattenuierung der essentiellen repRmRNA die Replikation des Streptokokkenplasmides pIP501. Ihre Paarungs- und Inhibitionskonstanten, ihre intrazelluläre Konzentration und Halbwertszeit in B. subtilis wurden von uns bestimmt. Im Rahmen des geplanten Vorhabens sollen 1) SR1 biochemisch und funktionell charakterisiert, 2) weitere Targets von SRI identifiziert werden, 3) die Regulation der Expression von SR1 aufgeklärt und 4) der Bindungsweg und die Struktur des inhibitorischen Komplexes von RNAII/RNAIII aufgeklärt werden.

在过去的3年里，在Aufmerksamkeit的Blickpunkt中，几乎没有RNAs被Pro和Eukaryoten发现。计算机程序员的帮助下，我们在B基因间区域发现了一个不受影响的RNAs。subtilis-Chromosoms vorherzusagen. Bislang konnte一个davon在nachfolgenden Northernblot-Analysen detektiert韦尔登。我们有这些RNA，它们位于SRI（small RNA 1）基因的小分子区域。SR 1（205 nt）将在Wachstumerase explanert工作站中运行，而不是在logPhase中运行。SR 1对B来说不重要。subtilis und bei ca. 10个人的表达没有毒性。基于对野生型和SR 1基因敲除的蛋白提取物的2D凝胶分析，我们鉴定了4个潜在的靶点，所有的嘧啶酶都是正确的。一个靶点，upp-mRNA，可以通过实验最好地韦尔登。SR 1是一种感兴趣的温度和基质表达曲线。反义RNA RNAIII（136 nt）调节链霉菌质粒pIP 501的必需repRmRNA的转录衰减。在B中的Paarungs- und Inhibitionskonstanten，ihre intrazelluläre Konzentration und Halbwertszeit.枯草菌会从我们的估计中生长出来。在植物生长过程中，1）SR 1的生物化学和功能特性，2）确定SR 1的其他靶点，3）SR 1的表达调控和4）RNAII/RNAIII的结合和结构。