新規がん遺伝子であるＲＮＡスプライシング変異の病態解明

阐明RNA剪接突变（一种新型癌症基因）的病理学

• 批准号: 15J02911
• 负责人: 塩澤 裕介
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J02911/
• 关键词: 骨髄異形成症候群; RNAスプライシング; 遺伝子発現プロファイル

1. 骨髄異形成症候群（MDS）患者検体のスプライシング異常の解析：MDS患者165例の骨髄単核細胞と、100例のCD34陽性細胞についてRNAシーケンスを行った。その結果、１）SF3B1変異例では3’スプライス部位の異常が特徴的に見られ、正常トランスクリプトの減少を来たしていること、２）その標的には、ヘム合成に関連したABCB7とTMEM14Cが、がん関連遺伝子であるNF1・DICER1・PDS5A・PMLが含まれていること、 ３）SF3B1変異例ではイントロンの除去効率が高くなっていること、４）SRSF2変異例ではエクソン単位の異常が特徴的であること、が明らかになった。2. 培養細胞を用いたSF3B1変異の機能解析：CRISPR/Cas9によるゲノム編集を用いて、HEK293T細胞にSF3B1変異を導入したところ、臨床検体で見られた3’スプライス部位の異常や、イントロンの除去効率の亢進が再現された。3. 遺伝子発現プロファイルによるMDSの新たな分類の発見：MDS患者100例のCD34陽性細胞について、遺伝子発現によるクラスタリングを行なったところ、本疾患が２つの群に分かれることが明らかとなった。一方は赤芽球に特徴的な遺伝子発現パターンを呈していた。もう一方は骨髄前駆細胞に特徴的な遺伝子発現パターンが見られた。後者は全生存率が悪く、特に白血病化が高頻度であった。4. RNAスプライシング変異ノックインマウスのスプライシング異常の解析：SRSF2変異のコンディショナルノックインマウスの骨髄細胞につき、RNAシーケンス解析を行った。ヒトと同様、マウスモデルでもSRSF2変異によりエクソン単位の異常が特徴的に見られた。ただ、そうした異常の標的遺伝子はヒトとは完全には一致せず、SRSF2タンパクが結合する部位の塩基配列がヒトとマウスの間で保存されていないためであると考えられた。

1. The bone marrow and different formation syndrome (MDS) patients 検 body の ス プ ラ イ シ ン グ abnormal の resolution: 165 patients with MDS の bone marrow nuclear cells 単 と, 100 cases of の CD34 positive cells に つ い て RNA シ ー ケ ン ス を line っ た. そ の results, 1) SF3B1 - anomaly で は 3 'ス プ ラ イ の abnormal が ス parts of 徴 に see ら れ, normal ト ラ ン ス ク リ プ ト の reduce を to た し て い る こ と, 2) そ の mark に は, ヘ ム synthetic に masato even し た ABCB7 と TMEM14C が, が ん masato even heritage 伝 son で あ る NF1, DICER1, PDS5A · PML が containing ま れ て い る こ と, 3) SF3B1 - anomaly で は イ ン ト ロ ン の removing the high rate of unseen が く な っ て い る こ と, 4) SRSF2 - anomaly で は エ ク ソ ン 単 an abnormal の が of 徴 で あ る こ と, が Ming ら か に な っ た. 2. The cultured cells を with い た SF3B1 - different の function resolution: CRISPR/Cas9 に よ る ゲ ノ compiling を ム with い て, HEK293T cells に SF3B1 - different を import し た と こ ろ, clinical 検 で see ら れ 3 'た ス プ ラ イ ス parts の abnormal や, イ ン ト ロ ン の remove working rate の hyperthyroidism が reappearance さ れ た. 3. Heritage 伝 son 発 now プ ロ フ ァ イ ル に よ る MDS の new た な classification の 発 see: 100 patients with MDS の CD34 positive cells に つ い て, but 伝 発 now に よ る ク ラ ス タ リ ン グ を line な っ た と こ ろ, this disease が 2 つ の group に points か れ る こ と が Ming ら か と な っ た. The な remnant 伝 of the に characteristic of one side of the <s:1> red bud ball appears in the form of パタ, <s:1>, を and を た た た た. Youdaoplaceholder7 う the な remnant 伝 of に characteristics of the 駆 pre-駆 cells of the <s:1> bone marrow is found in パタ う が が が られた see られた. The latter has a <s:1> overall survival rate が悪く, a に leukemia-related が high frequency であった. 4. RNA ス プ ラ イ シ ン グ - different ノ ッ ク イ ン マ ウ ス の ス プ ラ イ シ ン グ abnormal の analytic: SRSF2 - different の コ ン デ ィ シ ョ ナ ル ノ ッ ク イ ン マ ウ ス の bone marrow cells に つ き, RNA シ ー ケ ン ス parsing line を っ た. ヒ ト と with others, マ ウ ス モ デ ル で も SRSF2 - different に よ り エ ク ソ ン 単 an abnormal の が, 徴 に see ら れ た. Abnormal た だ, そ う し た の mark heritage 伝 son は ヒ ト と は に completely consistent は せ ず, SRSF2 タ ン パ ク が combining す る parts の salt base with column が ヒ ト と マ ウ ス の で between save さ れ て い な い た め で あ る と exam え ら れ た.

项目成果

University of Pavia/Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo(イタリア)

帕维亚大学/IRCCS 基金会 San Matteo 警察诊所（意大利）

骨髄異形成症候群における選択的RNAスプライシングの網羅的解析

骨髓增生异常综合征中选择性RNA剪接的综合分析

• 发表时间: 2015
• 作者: Mori T;Nagata Y;Makishima H;Sanada M;Shiozawa Y;Kon A;Yoshizato T;Sato-Otsubo A;Kataoka K;Shiraishi Y;Chiba K;Tanaka H;Ishiyama K;Miyawaki S;Mori H;Nakamaki T;Kihara R;Kiyoi H;Koeffler HP;Shih LY;Miyano S;Naoe T;Haferlach C;Kern W;Yusuke Shiozawa;Yusuke Shiozawa;Yusuke Shiozawa;塩澤裕介;塩澤裕介;塩澤裕介
• 通讯作者: 塩澤裕介

カロリンスカ研究所(スウェーデン)

卡罗林斯卡学院（瑞典）

John Radcliffe Hospital(英国)

约翰拉德克利夫医院（英国）

Combined DNA and transcriptome sequencing reveals discrete subtypes of myelodysplasia

DNA 和转录组测序相结合揭示了骨髓增生异常的离散亚型

• 发表时间: 2016
• 作者: Mori T;Nagata Y;Makishima H;Sanada M;Shiozawa Y;Kon A;Yoshizato T;Sato-Otsubo A;Kataoka K;Shiraishi Y;Chiba K;Tanaka H;Ishiyama K;Miyawaki S;Mori H;Nakamaki T;Kihara R;Kiyoi H;Koeffler HP;Shih LY;Miyano S;Naoe T;Haferlach C;Kern W;Yusuke Shiozawa
• 通讯作者: Yusuke Shiozawa