一過性運動が及ぼす翻訳動態変化の網羅的解析

综合分析瞬态运动引起的平移动力学变化

• 批准号: 15J05052
• 负责人: 佐古 博皓
• 金额: $ 1.39万
• 依托单位: Waseda University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J05052/
• 关键词: 翻訳; リボソームプロファイリング; 共発現遺伝子ネットワーク; タンパク質合成; 一過性運動; 次世代シーケンサー

本研究の目的は昨年度達成することができたため、今年度は、より発展的な研究に取り組むことができた．具体的には、一過性運動・持久性運動・老化モデルなどに転写・翻訳動態の網羅的解析を行い、共発現遺伝子ネットワーク解析（WGCNA）を行い、翻訳を調節している新因子を発見した．WGCNAでは、発現パターンの相関が強い遺伝子同士は一つの共発現遺伝子ネットワークを形成すると考える．WGCNAの一つの特徴として、同一のネットワーク内の遺伝子らは似たような機能を有していることが多い．そのため、機能未知であった遺伝子も近傍の既知遺伝子の機能からその働きを推測することができる．本研究における網羅的な転写・翻訳動態データにWGCNAを行ったところ、翻訳動態特異的な（転写動態では見られない遺伝子間の）ネットワークを発見した．そのうちの一つには、リボソーム複合体や翻訳に関わる遺伝子がエンリッチされていた．このネットワークを詳細に検討したところ、これまでリボソームや翻訳とは全く関係性が認められていない遺伝子も当該ネットワークに存在していた（遺伝子群ｘ）．前述の通り、WGCNAでは似た機能を有する遺伝子が同一ネットワークに集まる傾向が強いため、これら遺伝子群ｘは翻訳を調節している新因子である可能性が示唆された．遺伝子群ｘの翻訳に関する機能をウェットの実験により検証した．これらの遺伝子を培養細胞においてノックダウンさせることで、遺伝子群ｘの細胞増殖・翻訳動態への影響を検証した．その結果、遺伝子群ｘのノックダウンによって、細胞の増殖が著しく停滞することに加え、細胞内のグローバルなタンパク質産生量も顕著な減少を示した．このことから、WGCNAによって推測された新規翻訳調節因子遺伝子群ｘは、翻訳を調節していることが示された．現在は、どのような作用機序によって、遺伝子群ｘが翻訳を調節しているのかを検証している．

The purpose of this research was achieved last year, and the research group that will be developed this year is still in progress. Specific, transient movement, persistent movement, aging, etc., analysis of dynamic networks, co-occurrence of genetic events (WGCNA) analysis, regulation of genetic events, and new factors were identified. WGCNA characteristics The function of the same product is to create a new product. The function of a known gene is unknown. The function of a known gene is unknown. This study covers the development of WGCNA, which is unique to WGCNA and WGCNA. The complex is a complex of complex, complex and complex. This is the first time that a person has ever been involved in a relationship with another person. The aforementioned communication, WGCNA and reverse function have the same genetic component, the same genetic component. The function of group x is related to the function of group x. This study demonstrates the effects of cell proliferation and turnover dynamics on the growth and development of cultured cells. As a result, the growth of the cell was stagnant, and the amount of intracellular protein produced was decreased. WGCNA estimates that the new regulation factor gene group x is a new regulation factor. Now, the mechanism of action is reversed, and the genetic subgroup x is adjusted.

项目成果

Genome-wide Analysis of Acute Inflammatory and Anti-Inflammatory Responses in RAW264 Cells Suggests cis-Elements Associated with Translational Regulation

RAW264 细胞急性炎症和抗炎反应的全基因组分析表明顺式元件与翻译调控相关

• DOI: 10.4172/2153-0602.1000191
• 发表时间: 2016
• 期刊: Journal of Data Mining in Genomics & Proteomics
• 作者: 長野史尚;八島雄士;磯貝浩久;Hiroaki Sako and Katsuhiko Suzuki
• 通讯作者: Hiroaki Sako and Katsuhiko Suzuki

翻訳速度変化に起因するタンパク質の構造・機能変化の可能性

由于翻译速率的变化而导致蛋白质结构和功能发生变化的可能性

• 发表时间: 2016
• 作者: Hiroaki Sako;Koichi Yada;and Katsuhiko Suzuki;Hiroaki Sako and Katsuhiko Suzuki;佐古博皓;佐古博皓
• 通讯作者: 佐古博皓

Age-Associated Co-Expression Gene Network Analysis of Publicly Available Microarray Data of Mouse Satellite Cells and Gastrocnemius Muscle

小鼠卫星细胞和腓肠肌公开微阵列数据的年龄相关共表达基因网络分析

• 发表时间: 2015
• 作者: Hiroaki Sako;Koichi Yada;and Katsuhiko Suzuki;Hiroaki Sako and Katsuhiko Suzuki;佐古博皓;佐古博皓;佐古博皓
• 通讯作者: 佐古博皓

Identifying Conserved Hotspots of Inflammatory Stimulus-induced Dynamics in Translation Speed within Ribosomal Exit Tunnel at a Single Residue Resolution

以单一残基分辨率识别核糖体出口隧道内翻译速度中炎症刺激诱导的动力学的保守热点

• 发表时间: 2015
• 作者: Hiroaki Sako;Koichi Yada;and Katsuhiko Suzuki;Hiroaki Sako and Katsuhiko Suzuki;佐古博皓;佐古博皓;佐古博皓;佐古博皓;Hiroaki Sako
• 通讯作者: Hiroaki Sako

一過性運動や急性炎症刺激にともなう翻訳速度変化の解析

分析与短暂运动和急性炎症刺激相关的转化率变化

• 发表时间: 2015
• 作者: 佐古博皓;鈴木克彦
• 通讯作者: 鈴木克彦