エンハンサー領域に着目した肺がんpan-negative症例の統合オミックス解析

关注增强子区域的全阴性肺癌病例的综合组学分析

• 批准号: 22K07180
• 负责人: 浅田 健
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07180/
• 关键词: 肺がん; 創薬ターゲット; マルチオミックス解析; ゲノム・エピゲノム

本研究においてゲノム解析（WES, WGS）、エピゲノム解析(ChIP-seq, DNA methylation)、トランスクリプトーム解析を含めた統合的なマルチオミックス解析を行っている。本研究ではがんのドライバー変異が見つかっていない肺がん症例（pan-negative肺がん症例と定義する）に注目して、研究を推進している。pan-negative肺がん症例に対して、まず最初にRegulatory elements、特にpromoter領域とenhancer領域に注目して変異解析（hotspot解析）、構造多型解析、mutational signature解析を行った。Promoter領域ではカルシウムシグナルに関わる遺伝子にhotspot変異が同定された。一方でenhancer領域に注目した解析ではアジア人の膀胱がんで見出されているADGRG6遺伝子のエンハンサー領域にて、既報と同じ変異が肺がんpan-negative症例でも見出された。膀胱がんだけでなく肺がんでもADGRG6が癌化に関与する可能性が示唆された。統合的マルチオミックス解析からNotch signalに関わるco-transcriptional factor近傍のエンハンサー活性の低下と遺伝子発現の低下を見出した。またエンハンサー活性の低下とゲノム変異の関連性が示唆された。我々が同定した上記co-transcriptional factorによって遺伝子発現が制御される遺伝子を相関解析から抽出し、肺がん正常検体との間で遺伝子発現を比較検討したところ、pan-negative症例との間で解析した15遺伝子全てで有意な発現上昇が明らかとなった。またそのうちの4つの遺伝子と予後との関連性明らかにした。現在はこれら4遺伝子が創薬ターゲットになる可能性があると考えており、引き続き詳細な解析を続けている。

This study に お い て ゲ ノ ム parsing (WES, WGS), エ ピ ゲ ノ ム parsing (ChIP - seq, DNA methylation), ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム parsing を containing め た integrative な マ ル チ オ ミ ッ ク ス parsing line を っ て い る. This study で は が ん の ド ラ イ バ ー - see different が つ か っ て い な い lung が ん cases (pan - negative lung が ん cases と definition す る) に attention し て, research を propulsion し て い る. Pan - negative lung が ん cases に し seaborne て, ま ず initially に Regulatory elements, に promoter field と enhancer field に attention し て - different analytic (hotspot) type, structure more parsing, mutational signature parses the を line った. Promoter field で は カ ル シ ウ ム シ グ ナ ル に masato わ る heritage 伝 son に hotspot - different が with fixed さ れ た. Side で に attention し enhancer field analytical で た は ア ジ ア people の bladder が ん で shows さ れ て い る ADGRG6 heritage 伝 son の エ ン ハ ン サ ー field に て, both reported と じ - different が lung が ん pan - negative cases で も see out さ れ た. Bladder がんだけでなく lung がんで がんで ADGRG6が carcinogenesis に and する possibility が hints された. Integration of マ ル チ オ ミ ッ ク ス parsing か ら Notch signal に masato わ る co - transcriptional factor nearly alongside の エ ン ハ ン サ ー active low の と heritage 伝 son 発 low の を now see the し た. Youdaoplaceholder0, ハ, ハ, サ, <s:1> low activity <e:1>, とゲノム variation <e:1> association が indicates された. I 々が agreed to write co-transcriptional on た Factor に よ っ て posthumous son 伝 発 now が suppression さ れ る posthumous son 伝 を phase masato parsing か ら spare し, lung が ん 検 normal body と の で between heritage 伝 発 を now comparing beg し 検 た と こ ろ two cases, the pan - negative と の で between analytic し た 15 heritage 伝 son all て で intentionally な 発 now rising が Ming ら か と な っ た. Youdaoplaceholder0 うち うち <e:1> 4 <s:1> relics 伝 と to the subsequent と またそ related evidence ら に に た た た た. Now は こ れ ら 4 legacy 伝 son が gen 薬 タ ー ゲ ッ ト に な る possibility が あ る と exam え て お り and き 続 き detailed analytical を な 続 け て い る.

项目成果

肺がんPan-negative症例のゲノム・エピゲノム・トランスクリプトーム情報を含めたマルチオミックス解析

多组学分析，包括全阴性肺癌病例的基因组、表观基因组和转录组信息

• 发表时间: 2022
• 作者: 浅田健;新海典夫;金子修三;高澤建;浜本隆二
• 通讯作者: 浜本隆二

Multi-omics analysis using machine learning and implication for cancer studies

使用机器学习进行多组学分析及其对癌症研究的影响

• 发表时间: 2022
• 作者: Ken Asada;Syuzo Kaneko;Ken Takasawa;Kouya Shiraishi;Hidehito Horinouchi;Yukihide Yoshida;Masami Mukai;Norio Shinkai;Yasushi Yatabe;Takashi Kohno;Ryuji Hamamoto
• 通讯作者: Ryuji Hamamoto

Cancer-related super-enhancer evaluation system using TFs and gene expression data from public ChIP-seq and RNA-seq data

使用来自公共 ChIP-seq 和 RNA-seq 数据的 TF 和基因表达数据的癌症相关超级增强子评估系统

• 发表时间: 2022
• 作者: Norio Shinkai;Syuzo Kaneko;Ken Asada;Ken Takasawa;Masaaki Komatus;Ryuji Hamamoto
• 通讯作者: Ryuji Hamamoto

公共ChIP-seqデータセットによるoncogenic TF解析情報を用いたスーパーエンハンサー評価システムの構築

使用公共 ChIP-seq 数据集中的致癌 TF 分析信息构建超级增强子评估系统

• 发表时间: 2022
• 作者: 新海典夫;金子修三;浅田健;高澤建;小松正明;浜本隆二
• 通讯作者: 浜本隆二