エンハンサー領域に着目した肺がんpan-negative症例の統合オミックス解析

关注增强子区域的全阴性肺癌病例的综合组学分析

• 批准号: 22K07180
• 负责人: 浅田 健
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07180/
• 关键词: 肺がん; 創薬ターゲット; マルチオミックス解析; ゲノム・エピゲノム

本研究においてゲノム解析（WES, WGS）、エピゲノム解析(ChIP-seq, DNA methylation)、トランスクリプトーム解析を含めた統合的なマルチオミックス解析を行っている。本研究ではがんのドライバー変異が見つかっていない肺がん症例（pan-negative肺がん症例と定義する）に注目して、研究を推進している。pan-negative肺がん症例に対して、まず最初にRegulatory elements、特にpromoter領域とenhancer領域に注目して変異解析（hotspot解析）、構造多型解析、mutational signature解析を行った。Promoter領域ではカルシウムシグナルに関わる遺伝子にhotspot変異が同定された。一方でenhancer領域に注目した解析ではアジア人の膀胱がんで見出されているADGRG6遺伝子のエンハンサー領域にて、既報と同じ変異が肺がんpan-negative症例でも見出された。膀胱がんだけでなく肺がんでもADGRG6が癌化に関与する可能性が示唆された。統合的マルチオミックス解析からNotch signalに関わるco-transcriptional factor近傍のエンハンサー活性の低下と遺伝子発現の低下を見出した。またエンハンサー活性の低下とゲノム変異の関連性が示唆された。我々が同定した上記co-transcriptional factorによって遺伝子発現が制御される遺伝子を相関解析から抽出し、肺がん正常検体との間で遺伝子発現を比較検討したところ、pan-negative症例との間で解析した15遺伝子全てで有意な発現上昇が明らかとなった。またそのうちの4つの遺伝子と予後との関連性明らかにした。現在はこれら4遺伝子が創薬ターゲットになる可能性があると考えており、引き続き詳細な解析を続けている。

In this study, WES (WGS), ChIP-seq (DNA methylation), and so on were analyzed. The purpose of this study is to pay attention to the cases of lung disease (pan-negative pulmonary syndrome) and to promote the study. Cases of pan-negative pulmonary disease were diagnosed by Regulatory elements, promoter, enhancer, hotspot, mutational signature and so on. In the field of Promoter, you need to know that you are the same as you are in the hotspot area. On the one hand, the enhancer field pays close attention to the analysis and analysis of the human bladder. It is not only the same as the enhancer field, but also the case of pan-negative 's disease in the lung. Bladder cancer, lung cancer, ADGRG6 cancerization and possibility of carcinogenesis indicate instigation. In a unified system, there is an analysis of Notch signal, co-transcriptional factor, co-transcriptional factor, activity, low activity and low activity. The activity is low, the activity is low, the connectivity is low. We have the same result that you can see that you are in control of your co-transcriptional factor. Your lungs are normal, and your lungs are normal. Your symptoms are better than those of you. You have a case of pan-negative. You have an analysis of your symptoms. Please tell me that you will not be able to connect in the future. Now, we are talking about the possibility of the possibility and the analysis of the possibility.

项目成果

肺がんPan-negative症例のゲノム・エピゲノム・トランスクリプトーム情報を含めたマルチオミックス解析

多组学分析，包括全阴性肺癌病例的基因组、表观基因组和转录组信息

• 发表时间: 2022
• 作者: 浅田健;新海典夫;金子修三;高澤建;浜本隆二
• 通讯作者: 浜本隆二

Multi-omics analysis using machine learning and implication for cancer studies

使用机器学习进行多组学分析及其对癌症研究的影响

• 发表时间: 2022
• 作者: Ken Asada;Syuzo Kaneko;Ken Takasawa;Kouya Shiraishi;Hidehito Horinouchi;Yukihide Yoshida;Masami Mukai;Norio Shinkai;Yasushi Yatabe;Takashi Kohno;Ryuji Hamamoto
• 通讯作者: Ryuji Hamamoto

Cancer-related super-enhancer evaluation system using TFs and gene expression data from public ChIP-seq and RNA-seq data

使用来自公共 ChIP-seq 和 RNA-seq 数据的 TF 和基因表达数据的癌症相关超级增强子评估系统

• 发表时间: 2022
• 作者: Norio Shinkai;Syuzo Kaneko;Ken Asada;Ken Takasawa;Masaaki Komatus;Ryuji Hamamoto
• 通讯作者: Ryuji Hamamoto

公共ChIP-seqデータセットによるoncogenic TF解析情報を用いたスーパーエンハンサー評価システムの構築

使用公共 ChIP-seq 数据集中的致癌 TF 分析信息构建超级增强子评估系统

• 发表时间: 2022
• 作者: 新海典夫;金子修三;浅田健;高澤建;小松正明;浜本隆二
• 通讯作者: 浜本隆二