Elucidating the Mechanisms of Palatal Development by Combining Molecular Biology and Information Biology

结合分子生物学和信息生物学阐明腭部发育机制

• 批准号: 22KF0265
• 负责人: 大橋 俊孝
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KF0265/
• 关键词: 口蓋発生; single cell RNA-seq

王博士は，公開されている大規模なゲノムワイド関連解析データを活用した口蓋裂の発生に関わる一塩基多型 (SNP)解析，および，マウス口蓋組織の器官培養実験を行い，メカニカルストレスとWntシグナル経路が口蓋の発生において重要な役割を担っている事実を掴んだ．しかし，未だその詳細なメカニズムは不明である．一方，当研究室では，1細胞遺伝子解析や空間的遺伝子解析など，最近の技術を取り入れながら，骨の発生や再生過程に関する研究を展開している. そこで，本申請研究では彼のこれまでの研究成果を基盤に，我々の有する最新の分子生物学的解析手法を加え，口唇・口蓋を含めた顎顔面の発生メカニズムを明らかにする.今年度は，すでに所有している空間的遺伝子解析 (Visium Spatial Gene Expression, 10x Genomics)結果を用いて，口蓋に焦点を置き解析を行った．しかし，発生期の口蓋組織は小さく，Visiumの解像度では解析が難しいことがわかった．そこで，NanoString社の空間的遺伝子解析のアプリケーションを用いるため，酵素処理や抗体染色の条件検討を行い，染色条件を絞り込むことができた．また，マウス胎生期の口蓋発生に関するsingle cell RNA-seqの公開データをダウンロードし，再解析を行った．その結果，口蓋の発生に関わる遺伝子の抽出に成功した．そこで，胎生期の口蓋組織を用いた3次元モデルにて，抽出遺伝子の機能解析を行った．その結果，抽出された遺伝子群の中に，口蓋の発生に深く関わっている遺伝子があることが明らかとなった．

Dr. Wang, in public, large-scale tissue culture, health care, health care and health care. On the one hand, when the laboratory is in trouble, 1 cell is used to analyze the microphone in the space. Recently, the technology has been introduced into the laboratory, and the research on the process of bone regeneration has been launched. This application is based on the results of this study. We have reviewed the latest analytical methods of molecular biology, and the lips and lips are covered with the latest analytical methods of molecular biology. This year, the results of Visium Spatial Gene Expression (10x Genomics) in all mobile phones are used, the focus of speech is set to analyze the database, the birth period is used to organize the microphone, the Visium resolution is used to analyze the data, and the NanoString community space is used to analyze the data. Enzyme staining and antibody staining showed that the condition was sensitive, the staining condition was sensitive, and the fetal single cell RNA-seq was open, and then the results were analyzed. The results showed that the samples were extracted successfully, and the fetal tissue was used for 3 times. Pull out the sub-machine to parse the bank data. According to the results, you can extract the data from the sub-group of the cluster, and you will learn more about how to do so.

项目成果

Bulk RNA-seq analyses of mandibular condylar cartilage in a post-traumatic TMJ osteoarthritis rabbit model.

对创伤后颞下颌关节骨关节炎兔模型中的下颌髁软骨进行批量 RNA 测序分析。

• DOI: 10.1111/ocr.12649
• 发表时间: 2023
• 期刊: Orthodontics & craniofacial research
• 影响因子: 3.1
• 作者: Tosa,Ikue;Ruscitto,Angela;Wang,Ziyi;Chen,KiraZ;Ono,Mitsuaki;Embree,MildredC
• 通讯作者: Embree,MildredC

Neuropilin 1 (NRP1) Positively Regulates Adipogenic Differentiation in C3H10T1/2 Cells.

• DOI: 10.3390/ijms24087394
• 发表时间: 2023-04-17
• 期刊: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
• 影响因子: 5.6
• 作者: Yu, Yaqiong;Uchida-Fukuhara, Yoko;Weng, Yao;He, Yuhan;Ikegame, Mika;Wang, Ziyi;Yoshida, Kaya;Okamura, Hirohiko;Qiu, Lihong
• 通讯作者: Qiu, Lihong

Filamin A mediated epithelial-mesenchymal transition during embryonic palate development

胚胎腭发育过程中细丝蛋白 A 介导的上皮-间质转化

• 发表时间: 2022
• 作者: 王 紫儀;早野 暁;上岡 寛
• 通讯作者: 上岡 寛