Zoomable Cell

可缩放单元格

• 批准号: 81878579
• 负责人: Professor Dr. Stefan Gumhold
• 金额: --
• 依托单位: Professur für Computergraphik und Visualisierung (LCGV)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Priority Programmes
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2007-12-31 至 2014-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/81878579?language=en
• 关键词: Zoomable; Cell

The key goal of phase 2 is to adapt and extend the techniques developed in phase 1 to toponomics data. This data comes from a robotic microscopy technique, which allows acquisition of the volumetric density for many different proteins inside intact human cells with a resolution of 200nm. Some of these proteins act as landmarks of cellular compartments and structure, others give insights to metabolic processes.The multi-channel volumetric protein data allows to reconstruct cellular compartments of the acquired cells geometrically. When zooming onto these structures in the 3D browser, structural 3D models of complexes and proteins will be distributed according to the measured protein densities.The reconstructed human cell will be linked through brush and link techniques to an interactive graph visualization of protein networks that can be for example co-location or interaction networks. This will allow for the first time to analyze protein networks with the help of localization data from an intact cell.Applications include validation of interaction networks, analysis of functional pathways and analysis of protein transport through the cell. We plan to explore this approach exemplarily on epithelial cells.

第二阶段的主要目标是将第一阶段开发的技术应用于拓扑学数据。这些数据来自机器人显微镜技术，该技术允许以200 nm的分辨率获取完整人类细胞内许多不同蛋白质的体积密度。这些蛋白质中的一些充当细胞区室和结构的地标，其他蛋白质提供代谢过程的见解。多通道体积蛋白质数据允许几何重建所获取细胞的细胞区室。当在3D浏览器中放大这些结构时，复合物和蛋白质的结构3D模型将根据测量的蛋白质密度分布。重建的人类细胞将通过画笔和链接技术连接到蛋白质网络的交互式图形可视化，例如协同定位或相互作用网络。这将首次允许在完整细胞定位数据的帮助下分析蛋白质网络。应用包括相互作用网络的验证，功能途径的分析和蛋白质通过细胞的运输分析。我们计划以上皮细胞为例探索这种方法。

项目成果

Wifbs: A Web-Based Image Feature Benchmark System

Wifbs：基于 Web 的图像特征基准系统

• DOI: 10.1007/978-3-319-14442-9_14
• 发表时间: 2015
• 作者: Marcel Spehr;Sebastian Grottel;Stefan Gumhold
• 通讯作者: Stefan Gumhold

Directed image search with local parallel feature axes

具有局部平行特征轴的定向图像搜索

• DOI: 10.1109/icme.2011.6012228
• 发表时间: 2011
• 期刊: 2011 IEEE International Conference on Multimedia and Expo
• 作者: Stefan Gumhold;Marcel Spehr
• 通讯作者: Marcel Spehr

Sum-of-Superellipses - A Low Parameter Model for Amplitude Spectra of Natural Images

超椭圆和 - 自然图像幅度谱的低参数模型

• DOI: 10.1007/978-3-642-24085-0_14
• 发表时间: 2011
• 作者: Marcel Spehr;Stefan Gumhold;Roland W. Fleming
• 通讯作者: Roland W. Fleming

Structural modeling of histone methyltransferase complex Set1C from Saccharomyces cerevisiae using constraint‐based docking

使用基于约束的对接对酿酒酵母组蛋白甲基转移酶复合物 Set1C 进行结构建模

• DOI: 10.1002/pmic.201000283
• 发表时间: 2010
• 期刊: PROTEOMICS
• 影响因子: 3.4
• 作者: Anne Tuukkanen;Bingding Huang;Andreas Henschel;Francis Stewart;Michael Schroeder
• 通讯作者: Michael Schroeder

Visuelle Analytik biologischer Daten

生物数据的可视化分析

• DOI: 10.1007/s00287-010-0482-y
• 发表时间: 2010
• 期刊: Informatik-Spektrum
• 作者: Kay Nieselt;Michael Kaufmann;Andreas Gerasch;Hans-Peter Lenhof;Marcel Spehr;Stefan Hesse;Stefan Gumhold
• 通讯作者: Stefan Gumhold