SAXS Core

SAXS核心

基本信息

  • 批准号:
    8938491
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 58.99万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

The Core continues to serve the research communities and has made significant impact to science, as evidenced by the list of publications during this period of the report (see below). In the meantime, the first staff of the Core, Dr. Xianayng Fang, has accepted a faculty position offer in Tsinghua University in China and is scheduled to leave the position by the end of year 2014. Dr. Fang has made a great contribution to the community since he took over the responsibility of the Core. Dr. Lixin Fan has joined the Core on July 14. The Core technical transfer is taking place during this time until departure of Dr. Fang. The Core is in a procurement of an in-house small angle X-ray scattering instrument. We have done an extensive testing work using the instruments from two major vendors for the past year and have concluded that the Rigaku's BioSAXS-1000 offers the best sensitivity, reproducibility and applicability for the biological research. Currently, the purchase is being held up in the purchasing department waiting for an approval. Publications using the data generated from the CCR SAXS Core during the reporting period: 1. Fang X, Wang J, O'Carroll IP, Mitchell M, Zuo X, Wang Y, Yu P, Liu Y, Rausch JW, Dyba MA, Kjems J, Schwieters CD, Seifert S, Winans RE, Watts NR, Stahl SJ, Wingfield PT, Byrd RA, Le Grice SF, Rein A, Wang YX. An unusual topological structure of the HIV-1 Rev response element. Cell. 2013 Oct 24;155(3):594-605. 2. Chang FM, Coyne HJ, Cubillas C, Vinuesa P, Fang X, Ma Z, Ma D, Helmann JD, Garcia-de Los Santos A, Wang YX, Dann CE 3rd, Giedroc DP. Cu(I)-mediated Allosteric Switching in a Copper-sensing Operon Repressor (CsoR). J Biol Chem. 2014 Jul 4;289(27):19204-17. 3. Warner, K.D., Chen, M.C., Song, W., Strack, R.L., Thorn, A., Jaffrey, S.R., and Ferre-D'Amare, A.R. Structural basis for activity of highly efficient RNA mimics of green fluorescent protein. Nature structural & molecular biology. 2014, 21, 658-663. 4. Zhang J, Jones CP, Ferre-D'Amare AR. Global analysis of riboswitches by small-angle X-ray scattering and calorimetry. Biochim Biophys Acta. 2014 Apr 24. doi: 10.1016/j.bbagrm.2014.04.014. 5. Warner KD, Homan P, Weeks KM, Smith AG, Abell C, Ferre-D'Amare AR. Validating fragment-based drug discovery for biological RNAs: lead fragments bind and remodel the TPP riboswitch specifically. Chem Biol. 2014 May 22;21(5):591-5. 6. Baird NJ, Ferre-D'Amare AR. Analysis of riboswitch structure and ligand binding using small-angle X-ray scattering (SAXS). Methods Mol Biol. 2014;1103:211-25. 7. Lau MW, Ferre-D'Amare AR. An in vitro evolved glmS ribozyme has the wild-type fold but loses coenzyme dependence. Nat Chem Biol. 2013 Dec;9(12):805-10. 8. Schwieters CD, Clore GM. Using small angle solution scattering data in Xplor-NIH structure calculations. Prog Nucl Magn Reson Spectrosc. 2014 Jul;80:1-11. 9. Deshmukh L, Schwieters CD, Grishaev A, Ghirlando R, Baber JL, Clore GM. Structure and dynamics of full-length HIV-1 capsid protein in solution. J Am Chem Soc. 2013 Oct 30;135(43):16133-47. 10. Clore GM, Venditti V. Structure, dynamics and biophysics of the cytoplasmic protein-protein complexes of the bacterial phosphoenolpyruvate: sugar phosphotransferase system. Trends Biochem Sci. 2013 Oct;38(10):515-30. 11. Hickman AB, Ewis HE, Li X, Knapp JA, Laver T, Doss AL, Tolun G, Steven AC, Grishaev A, Bax A, Atkinson PW, Craig NL, Dyda F. Structural Basis of hAT Transposon End Recognition by Hermes, an Octameric DNA Transposase from Musca domestica. Cell. 2014 Jul 17;158(2):353-67. 12. Ha JH, Eo Y, Grishaev A, Guo M, Smith JA, Sintim HO, Kim EH, Cheong HK, Bentley WE, Ryu KS. Crystal structures of the LsrR proteins complexed with phospho-AI-2 and two signal-interrupting analogues reveal distinct mechanisms for ligand recognition. J Am Chem Soc. 2013 Oct 16;135(41):15526-35. 13. Lakomek NA, Kaufman JD, Stahl SJ, Louis JM, Grishaev A, Wingfield PT, Bax A. Internal dynamics of the homotrimeric HIV-1 viral coat protein gp41 on multiple time scales. Angew Chem Int Ed Engl. 2013 Apr 2;52(14):3911-5. 14. Das R, Liang YH, Mariano J, Li J, Huang T, King A, Tarasov SG, Weissman AM, Ji X, Byrd RA. Allosteric regulation of E2:E3 interactions promote a processive ubiquitination machine. EMBO J. 2013 Sep 11;32(18):2504-16. 15. Desai R, Kilburn D, Lee HT, Woodson SA. Increased ribozyme activity in crowded solutions. J Biol Chem. 2014 Jan 31;289(5):2972-7. 16. Luo Y, Chen B, Zhou J, Sintim HO, Dayie TK. E88, a new cyclic-di-GMP class I riboswitch aptamer from Clostridium tetani, has a similar fold to the prototypical class I riboswitch, Vc2, but differentially binds to c-di-GMP analogs. Mol Biosyst. 2014 Mar 4;10(3):384-90.
核心继续为研究界服务,并对科学产生了重大影响,本报告所述期间的出版物清单就证明了这一点(见下文)。与此同时,核心的第一位工作人员Xianayng Fang博士已经接受了中国清华大学的教师职位,并计划于2014年底离职。方博士自接手核心以来,为社区做出了巨大贡献。范立新博士于7月14日加入核心。核心技术转移在此期间进行,直到方博士离开。Core正在采购内部小角度X射线散射仪。在过去的一年里,我们使用两家主要供应商的仪器进行了广泛的测试工作,并得出结论,理学的BioSAXS-1000为生物研究提供了最佳的灵敏度,再现性和适用性。目前,采购部门正在等待批准。报告期内使用CCR SAXS核心数据的出版物:1。Fang X,Wang J,O'Carroll IP,Mitchell M,Zuo X,Wang Y,Yu P,Liu Y,Rausch JW,Dyba MA,Kjems J,Schwieters CD,Seifert S,Winans RE,Watts NR,斯斯塔尔SJ,温菲尔德PT,Byrd RA,Le Grice SF,Rein A,Wang YX. HIV-1 Rev反应元件的不寻常拓扑结构。Cell. 2013年10月24日;155(3):594-605。2. Chang FM,Coyne HJ,Cubillas C,Vinuesa P,Fang X,Ma Z,Ma D,Helmann JD,Garcia-de洛斯桑托斯A,Wang YX,Dann CE 3rd,Giedroc DP.铜敏感操纵子抑制子(CsoR)中Cu(I)介导的变构转换。J Biol Chem.2014年7月4日;289(27):19204-17。3. Warner,K.D.,Chen,M.C.,宋,W.,Strack,R.L.,Thorn,A.,Jaffrey,S.R.,和Ferre-D'Amare,A.R.绿色荧光蛋白高效RNA模拟物活性的结构基础。自然结构与分子生物学。2014,21,658-663。4. Zhang J,Jones CP,Ferre-D'Amare AR.核糖开关的小角X射线散射和量热法整体分析。生物化学与生物物理学报2014年4月24日。doi:10.1016/j.bbagrm.2014.04.014。5. Warner KD,Homan P,Weeks KM,Smith AG,阿贝尔C,Ferre-D'Amare AR.验证生物RNA的基于片段的药物发现:前导片段特异性结合并重塑TPP核糖开关。2014年5月22日;21(5):591-5。6. Baird NJ,Ferre-D'Amare AR.使用小角X射线散射(SAXS)分析核糖开关结构和配体结合。分子生物学方法2014;1103:211-25。7. Lau MW,Ferre-D'Amare AR.体外进化的glmS核酶具有野生型折叠,但失去辅酶依赖性。Nat Chem Biol.2013 Dec;9(12):805-10. 8. Schwieters CD,Clore GM.在Xplor-NIH结构计算中使用小角溶液散射数据。程序核磁共振光谱。2014年7月;80:1-11。9. Deshmukh L,Schwieters CD,Grishaev A,GhirdahR,Baber JL,Clore GM.溶液中全长HIV-1衣壳蛋白的结构和动力学。J Am Chem Soc.2013年10月30日;135(43):16133-47。10. Clore GM,Venditti V.细菌磷酸烯醇丙酮酸:糖磷酸转移酶系统的细胞质蛋白质-蛋白质复合物的结构,动力学和生物物理学。Trends BiochemSci. 2013年10月;38(10):515-30。11. Hickman AB,Ewis HE,Li X,克纳普JA,Laver T,Doss AL,Tolun G,Steven AC,Grishaev A,Bax A,Atkinson PW,克雷格NL,Dyda F.家蝇八聚体DNA转座酶爱马仕识别hAT转座子末端的结构基础Cell. 2014年7月17日;158(2):353-67。12. Ha JH,Eo Y,Grishaev A,Guo M,Smith JA,Sintim HO,Kim EH,Cheong HK,Bentley WE,Ryu KS.与磷酸-AI-2和两个信号中断类似物复合的LsrR蛋白的晶体结构揭示了配体识别的不同机制。J Am Chem Soc.2013年10月16日;135(41):15526-35。13. [10]李文辉,李文温菲尔德.多时间尺度上同源三聚体HIV-1病毒外壳蛋白gp 41的内部动力学。Angew Chem Int艾德英格兰2013年4月2日;52(14):3911-5。14. Das R,Liang YH,Mariano J,Li J,Huang T,King A,Tarasov SG,Weissman AM,Ji X,Byrd RA. E2:E3相互作用的变构调节促进了进行性泛素化机器。EMBO J. 2013年9月11日;32(18):2504-16。15. Desai R,Kilburn D,Lee HT,Woodson SA.在拥挤的溶液中增加核酶的活性。J Biol Chem.2014年1月31日;289(5):2972-7。16.陈B,罗毅,周杰,何新添,戴业. E88是来自破伤风梭菌的一种新的环状二GMP I类核糖开关适体,其具有与原型I类核糖开关Vc 2相似的折叠,但与c-di-GMP类似物的结合不同。分子生物系统2014年3月4日;10(3):384-90。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Yun Xing m wang其他文献

Yun Xing m wang的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Yun Xing m wang', 18)}}的其他基金

Search for the Structural Basis of Biomacromolecular Function and Activity
寻找生物大分子功能和活性的结构基础
  • 批准号:
    8552680
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
Search for the Structural Basis of Biomacromolecular Function and Activity
寻找生物大分子功能和活性的结构基础
  • 批准号:
    8763088
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
Search for the Structural Basis of Biomacromolecular Function and Activity
寻找生物大分子功能和活性的结构基础
  • 批准号:
    10702344
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
Search for the Structural Basis of Biomacromolecular Function and Activity
寻找生物大分子功能和活性的结构基础
  • 批准号:
    8348990
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
NCI X-ray free electron laser (XFEL) initiative
NCI X 射线自由电子激光 (XFEL) 倡议
  • 批准号:
    10014757
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
SAXS Core
SAXS核心
  • 批准号:
    9344191
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
SAXS Core
SAXS核心
  • 批准号:
    10703062
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
NCI X-ray free electron laser (XFEL) initiative
NCI X 射线自由电子激光 (XFEL) 倡议
  • 批准号:
    10702611
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
SAXS Core
SAXS核心
  • 批准号:
    10926637
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
Search for the Structural Basis of Biomacromolecular Function and Activity
寻找生物大分子功能和活性的结构基础
  • 批准号:
    7592685
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:

相似国自然基金

帽结合蛋白(cap binding protein)调控乙烯信号转导的分子机制
  • 批准号:
    32170319
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    58.00 万元
  • 项目类别:
    面上项目
帽结合蛋白(cap binding protein)调控乙烯信号转导的分子机制
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    58 万元
  • 项目类别:
ID1 (Inhibitor of DNA binding 1) 在口蹄疫病毒感染中作用机制的研究
  • 批准号:
    31672538
  • 批准年份:
    2016
  • 资助金额:
    62.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
番茄EIN3-binding F-box蛋白2超表达诱导单性结实和果实成熟异常的机制研究
  • 批准号:
    31372080
  • 批准年份:
    2013
  • 资助金额:
    80.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
P53 binding protein 1 调控乳腺癌进展转移及化疗敏感性的机制研究
  • 批准号:
    81172529
  • 批准年份:
    2011
  • 资助金额:
    58.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
DBP(Vitamin D Binding Protein)在多发性硬化中的作用和相关机制的蛋白质组学研究
  • 批准号:
    81070952
  • 批准年份:
    2010
  • 资助金额:
    35.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
研究EB1(End-Binding protein 1)的癌基因特性及作用机制
  • 批准号:
    30672361
  • 批准年份:
    2006
  • 资助金额:
    24.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似海外基金

I-Corps: Translation Potential of Real-time, Ultrasensitive Electrical Transduction of Biological Binding Events for Pathogen and Disease Detection
I-Corps:生物结合事件的实时、超灵敏电转导在病原体和疾病检测中的转化潜力
  • 批准号:
    2419915
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Modelling drug binding to biological ion channels
模拟药物与生物离子通道的结合
  • 批准号:
    2747257
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Studentship
Elucidation of biological functions of the NCBP3 RNA-binding protein using a novel mutant mouse strain
使用新型突变小鼠品系阐明 NCBP3 RNA 结合蛋白的生物学功能
  • 批准号:
    22K06065
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Identifying binding partners, biological substrates and antisense oligonucleotides regulating expression of short and long ACE2.
识别调节短和长 ACE2 表达的结合伴侣、生物底物和反义寡核苷酸。
  • 批准号:
    BB/V019848/1
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Research Grant
Structure and function of pufferfish toxin, tetrodotoxin, binding proteins as biological defense agent
河豚毒素、河豚毒素、结合蛋白作为生物防御剂的结构和功能
  • 批准号:
    19K06241
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
The molecular and biological roles of growth inhibiting chromatin binding proteins
生长抑制染色质结合蛋白的分子和生物学作用
  • 批准号:
    nhmrc : GNT1143612
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Project Grants
Investigating a biological specificity conundrum: the role of dynamics in transcription factor binding
研究生物特异性难题:动力学在转录因子结合中的作用
  • 批准号:
    406750
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Studentship Programs
Electrical Detection of Small Molecule Binding to Biological Receptors using Organic Thin Film Transistors : A new approach for label free assays
使用有机薄膜晶体管对小分子与生物受体结合的电检测:一种无标记测定的新方法
  • 批准号:
    133593
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Feasibility Studies
Biological effect and preventive method for human serum albumin binding to transboundary air borne PM2.5.
人血清白蛋白与跨境空气PM2.5结合的生物学效应及预防方法。
  • 批准号:
    18H03039
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
The molecular and biological roles of growth inhibiting chromatin binding proteins
生长抑制染色质结合蛋白的分子和生物学作用
  • 批准号:
    nhmrc : 1143612
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 58.99万
  • 项目类别:
    Project Grants
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了