Profils génomiques de souches et analyse transcriptionnelle des interactions entre bactéries lactiques

基因组概况和乳酸细菌相互作用转录分析

• 批准号: RGPIN-2014-06330
• 负责人: Roy, Denis
• 金额: $ 1.89万
• 依托单位: Université Laval
• 依托单位国家: 加拿大
• 项目类别: Discovery Grants Program - Individual
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 加拿大
• 起止时间: 2015-01-01 至 2016-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://www.nserc-crsng.gc.ca/ase-oro/Details-Detailles_eng.asp?id=588945
• 关键词: Profils; nomiques; de; souches; et

Les bactéries lactiques se retrouvent dans de nombres produits alimentaires car elles possèdent de multiples caractéristiques physiologiques et biochimiques de même que des propriétés probiotiques potentielles. Les ferments et les cultures lactiques utilisés en fabrication fromagère doivent résister à de nombreuses conditions adverses. Ces bactéries sont caractérisées par une grande variation génomique et transcriptomique conduisant à des propriétés technologiques différentes. Dans le cadre de mon programme de recherche, j’ai contribué à l’approfondissement des connaissances sur l’expression du métabolisme microbien associé au fromage par la mise en œuvre d’un champ de recherche basé sur les méthodes génomiques. Cette approche de quantification relative de l’expression des gènes permet d’identifier ceux impliqués dans les interactions complexes entre les différentes souches bactériennes utilisées en fabrication fromagère (ferments et flore secondaire). Elle aide à mieux comprendre l’évolution et la contribution de chaque espèce puisqu’il n’est pas possible de quantifier l'activité spécifique des enzymes pour une espèce donnée. L’approche préconisée permet aussi de déterminer la compatibilité et d’élucider les interactions entre les différentes espèces ou souches de bactéries lactiques. Au cours des cinq prochaines années, mon programme de recherche se concentrera à élucider les interactions entre les ferments de même qu’entre les différentes flores bactériennes laitières (flore secondaire, d’appoint ou probiotique) sous des conditions de fabrication fromagère grâce au profilage génomique de souches et l’analyse transcriptionnelle en cultures mixtes. Chacun des quatre objectifs aidera à valider nos hypothèses de recherche sur la diversité et l’évolution des ferments, les interactions entre les diverses flores et l’impact de lactobacilles hétérofermentaires sur la production de composés volatils. Des systèmes modèles, des méthodes microbiologiques conventionnelles, des méthodes moléculaires, des analyses de l’expression des gènes et des statistiques appropriées seront mis en œuvre pour réaliser les travaux exécutés par un stagiaire postdoctoral, un étudiant au doctorat, deux étudiants à la maitrise et cinq étudiants du premier cycle. Une méthodologie basée sur le pyroséquençage, l’analyse transcriptionnelle et la quantification par PCR basée sur la détection des cellules viables non cultivables sera en mesure d’améliorer notre capacité de sélectionner et de valider différentes combinaisons de souches de bactéries lactiques utilisées comme ferments ou cultures d’appoint, permettant ainsi de faire avancer les connaissances sur la compatibilité, la complémentarité et les interactions entre bactéries lactiques en fabrication fromagère. Le programme de recherche va donc intégrer une gamme pluridisciplinaire d'expertise et de connaissances sur les écosystèmes microbiens dans la fabrication du fromage, et plus particulièrement, les cultures probiotiques produites au Canada. En outre, du personnel hautement qualifié sera prêt à entrer sur le marché du travail dans le domaine de la recherche académique et industrielle. Les résultats escomptés permettront de proposer: un savoir-faire permettant une quantification des principaux groupes microbiens et un suivi de leurs réponses transcriptionnelles par des méthodes génomiques pour la détection des différences entre les communautés microbiennes d’un fromage selon le lot, le procédé de fabrication et le temps de maturation. Ainsi, les nouvelles connaissances générées permettront de proposer à terme de nouveaux leviers de contrôle et de suivi des bactéries lactiques aux chercheurs en industrie fromagère par des méthodes rapides et fiables capables de prédire leur performance en interaction.

乳酸菌在各种营养品中具有多种生理学和生物化学特性，同时具有潜在的益生菌特性。利用乳酸发酵和乳酸培养物，在不利条件下进行生产。这些细菌是由一种遗传学和转录学上的变异所造成的，这种变异是由不同的专有技术造成的。在我的研究计划框架中，我为认可Au的微生物代谢表达能力做出了贡献，这些知识来自于一个基于遗传学方法的研究冠军。这是对制造过程中使用的不同细菌源之间相互作用复合物（发酵和二次开花）中所含的基因表达的相对定量方法。Elle aide à mieux comprendre l'évolution et la contribution de chaque espèce puisqu'il n'est pas possible de quantifier l'activité spécifique des enzymes pour une espèce donnée. L'approche préconisée permet aussi de determiner la compatibilité et d'élucider les interactions entre les différentes espèces ou souches de bactéries lactic ques. Au cours des 5q prochaines années，mon programme de rescherche se concentrera à élucider les interactions entre les ferments de même qu'entre les différentes flores bactériennes laitières（flore secondaire，d'appoint ou probiotique）sous des conditions de fabrication fromagère grace Au profilage génomique de souches et l'analysis transcriptionnelle en mixtes. Chacun des questionobjectifs aidera à valider nos hypothèses de recherche sur la diversité et l'évolution des ferments，les interactions entre les diverses弗洛雷斯和l'impact de lactobacilles hétérofermentaires sur la production de composévolatils. Des systèmes modèles，des methodes microbiologiques conventionnelles，des methodes moléculaires，des analysis de l'expression des gènes et des statistiques appropriées seront mis en Üuvre réaliser les travaux exécutés par un stagiaire postdoctorat，un étudiant Au doctorat，deux étudiants à la maitrise et cenq étudiants du premier cycle.一种基于PCR检测非可培养细胞活性的方法、转录物分析和定量方法，该方法具有选择和验证不同组合的乳酸菌来源的能力，可用于发酵或指定培养物，渗透性有助于提高相容性的认识，la complémentarité et les interactions entre bactéries lactiques en fabrication fromagère. Le programme de recherche va donc intégrer une gamme pluridictionaire d'expertise et de knaissances sur les ecosystèmes microbiens dans la fabrication du fromage，et plus particulièrement，les cultures probiotiques produites au Au Canada.此外，在学术和工业研究领域，工作人员必须具备相应的资格才能进入工作市场。研究结果表明：通过基因学方法对主要微生物类群进行定量分析，并对转录反应进行跟踪，以检测单独批次、加工过程和成熟温度下的微生物群落差异。因此，新认识的一般性建议者泰尔梅提出了从快速和可行的相互作用的方法控制和监测工业用乳酸菌的新方法。