Elucidation des fonctions de communautés microbiennes métaboliquement actives dans les aliments fonctionnels

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L'objectif principal du programme de recherche est d'étudier les communautés microbiennes métaboliquement actives dans les aliments fonctionnels. À cette fin, les objectifs spécifiques sont : 1) identifier les caractéristiques métaboliques qui définissent les bactéries présentes (lactocoques et lactobacilles) ou ajoutées (probiotiques) et; 2) estimer l'activité relative des différentes populations microbiennes présentes à partir d'un système modèle d'aliment fonctionnel comme le fromage. Les résultats attendus qui permettent de distinguer ce programme de recherche sont l'identification de caractères métaboliques spécifiques afin de différencier les souches probiotiques ajoutées des bactéries déjà présentes aux aliments fonctionnels. De plus, des combinaisons de bactéries probiotiques comme des lactobacilles et des bifidobactéries sont ajoutées. Afin de connaître leur contribution respective, il est primordial de déterminer leurs activités spécifiques dans un produit. Ce résultat est capital pour démontrer la complémentarité, la synergie et même la symbiose et s'assurer qu'il n'y a pas d'antagonisme entre les souches. Les bactéries potentiellement probiotiques doivent rester viables tant au niveau de la production de l'aliment, son entreposage et même au moment de sa consommation. Les méthodes de culture restent peu adaptées et laborieuses pour quantifier et différencier les bactéries probiotiques des autres types de micro-organismes dans les milieux complexes comme les aliments fonctionnels. De plus, les bactéries peuvent demeurer métaboliquement actives, sans nécessairement être capables de se diviser et donc sans permettre la détection par culture. Grâce aux diverses approches issues de la génomique microbienne, le programme de recherche aura pour but d'identifier et de mesurer les gènes exprimés de manière différentielle selon les souches (génomes) ou selon les conditions étudiées (transcriptome) dans le contexte des aliments. De cette manière, les approches seront disponibles pour passer à l'étape de la démonstration des allégations santé des probiotiques dans le contexte du microbiome intestinal.