Profils génomiques de souches et analyse transcriptionnelle des interactions entre bactéries lactiques

基因组概况和乳酸细菌相互作用转录分析

• 批准号: RGPIN-2014-06330
• 负责人: Roy, Denis
• 金额: $ 1.89万
• 依托单位: Université Laval
• 依托单位国家: 加拿大
• 项目类别: Discovery Grants Program - Individual
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 加拿大
• 起止时间: 2016-01-01 至 2017-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://www.nserc-crsng.gc.ca/ase-oro/Details-Detailles_eng.asp?id=612166
• 关键词: Profils; nomiques; de; souches; et

Les bactéries lactiques se retrouvent dans de nombres produits alimentaires car elles possèdent de multiples caractéristiques physiologiques et biochimiques de même que des propriétés probiotiques potentielles. Les ferments et les cultures lactiques utilisés en fabrication fromagère doivent résister à de nombreuses conditions adverses. Ces bactéries sont caractérisées par une grande variation génomique et transcriptomique conduisant à des propriétés technologiques différentes. Dans le cadre de mon programme de recherche, j’ai contribué à l’approfondissement des connaissances sur l’expression du métabolisme microbien associé au fromage par la mise en œuvre d’un champ de recherche basé sur les méthodes génomiques. Cette approche de quantification relative de l’expression des gènes permet d’identifier ceux impliqués dans les interactions complexes entre les différentes souches bactériennes utilisées en fabrication fromagère (ferments et flore secondaire). Elle aide à mieux comprendre l’évolution et la contribution de chaque espèce puisqu’il n’est pas possible de quantifier l'activité spécifique des enzymes pour une espèce donnée. L’approche préconisée permet aussi de déterminer la compatibilité et d’élucider les interactions entre les différentes espèces ou souches de bactéries lactiques. Au cours des cinq prochaines années, mon programme de recherche se concentrera à élucider les interactions entre les ferments de même qu’entre les différentes flores bactériennes laitières (flore secondaire, d’appoint ou probiotique) sous des conditions de fabrication fromagère grâce au profilage génomique de souches et l’analyse transcriptionnelle en cultures mixtes. Chacun des quatre objectifs aidera à valider nos hypothèses de recherche sur la diversité et l’évolution des ferments, les interactions entre les diverses flores et l’impact de lactobacilles hétérofermentaires sur la production de composés volatils. Des systèmes modèles, des méthodes microbiologiques conventionnelles, des méthodes moléculaires, des analyses de l’expression des gènes et des statistiques appropriées seront mis en œuvre pour réaliser les travaux exécutés par un stagiaire postdoctoral, un étudiant au doctorat, deux étudiants à la maitrise et cinq étudiants du premier cycle. Une méthodologie basée sur le pyroséquençage, l’analyse transcriptionnelle et la quantification par PCR basée sur la détection des cellules viables non cultivables sera en mesure d’améliorer notre capacité de sélectionner et de valider différentes combinaisons de souches de bactéries lactiques utilisées comme ferments ou cultures d’appoint, permettant ainsi de faire avancer les connaissances sur la compatibilité, la complémentarité et les interactions entre bactéries lactiques en fabrication fromagère. Le programme de recherche va donc intégrer une gamme pluridisciplinaire d'expertise et de connaissances sur les écosystèmes microbiens dans la fabrication du fromage, et plus particulièrement, les cultures probiotiques produites au Canada. En outre, du personnel hautement qualifié sera prêt à entrer sur le marché du travail dans le domaine de la recherche académique et industrielle. Les résultats escomptés permettront de proposer: un savoir-faire permettant une quantification des principaux groupes microbiens et un suivi de leurs réponses transcriptionnelles par des méthodes génomiques pour la détection des différences entre les communautés microbiennes d’un fromage selon le lot, le procédé de fabrication et le temps de maturation. Ainsi, les nouvelles connaissances générées permettront de proposer à terme de nouveaux leviers de contrôle et de suivi des bactéries lactiques aux chercheurs en industrie fromagère par des méthodes rapides et fiables capables de prédire leur performance en interaction.

乳酸菌是一种具有多种生理特性和生物化学特性的食品，具有潜在的益生菌特性。发酵和培养物利用乳制品的制造来抵抗不利条件。细菌的特征是基因组和转录组的巨大变异，与不同的技术属性相一致。在我的研究计划中，我为微生物协会的代谢表达认识和基因方法基础研究的成果做出了贡献。这是一种相对于基因表达的量化方法，它是在不同的细菌利用制造过程中的相互作用复合体中隐含的（发酵和二次花）。她帮助我理解进化和对特定酶的贡献，这可能是对特定酶的活性进行量化的可能。初步确定兼容性并阐明不同乳酸菌之间的相互作用。在接下来的五次 Prochaines 课程中，我们将重点研究不同细菌发酵过程中的相互作用（次要花，指定或益生菌），以及从制造条件到基因型等方面的条件。 我分析混合文化中的转录。查库恩的四个目标有助于验证发酵多样性和发酵进化的假设，不同花卉之间的相互作用以及发酵乳杆菌对挥发性组合物生产的影响。系统模型、微生物常规方法、分子方法、基因表达分析和适当的统计方法，以实现博士后、博士生和博士生的实际工作 总理周期的 Étudiants à la maitrise et cinq étudiants 。热解测序、转录转录和非培养细胞活菌检测的 PCR 定量方法基础，用于测量乳杆菌选择能力和分析不同组合的有效性商业发酵 指定的文化，永久地促进了兼容性、互补性以及在制造过程中细菌之间的相互作用。该项目是加拿大益生菌产品生产中微生物生态系统的多学科专业知识和知识的综合研究计划。此外，人员高级资格还包括进入学术和工业研究领域的工作。提议者的结果：对微生物群原理进行定量分析以及对不同来源微生物群落的差异进行基因检测方法的转录反应，程序 制造和成熟的时间。因此，新的知识提出了一种新的控制方法和对乳制品和化学制品工业的方法的新建议，以实现相互作用的快速和可靠的性能。