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Accurate and efficient software tools for de novo assembly of long, error-rich DNA sequence reads using spaced seeds and local de Bruijn graphs

准确高效的软件工具，可使用间隔种子和局部 de Bruijn 图从头组装长且富含错误的 DNA 序列读数

基本信息

批准号：
490417-2016
负责人：
Chu, Justin
金额：
$ 2.55万
依托单位：
University of British Columbia
依托单位国家：
加拿大
项目类别：
Alexander Graham Bell Canada Graduate Scholarships - Doctoral
财政年份：
2017
资助国家：
加拿大
起止时间：
2017-01-01 至 2018-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://www.nserc-crsng.gc.ca/ase-oro/Details-Detailles_eng.asp?id=621621
关键词：
Accurate efficient software tools de

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项目成果

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Chu, Justin其他文献

RResolver: efficient short-read repeat resolution within ABySS.

DOI：
10.1186/s12859-022-04790-z
发表时间：
2022-06-21
期刊：
BMC BIOINFORMATICS
影响因子：
3
作者：
Nikolic, Vladimir;Afshinfard, Amirhossein;Chu, Justin;Wong, Johnathan;Coombe, Lauren;Nip, Ka Ming;Warren, Rene L.;Birol, Inanc
通讯作者：
Birol, Inanc

A draft human pangenome reference.

DOI：
10.1038/s41586-023-05896-x
发表时间：
2023-05
期刊：
NATURE
影响因子：
64.8
作者：
Liao, Wen-Wei;Asri, Mobin;Ebler, Jana;Doerr, Daniel;Haukness, Marina;Hickey, Glenn;Lu, Shuangjia;Lucas, Julian K.;Monlong, Jean;Abel, Haley J.;Buonaiuto, Silvia;Chang, Xian H.;Cheng, Haoyu;Chu, Justin;Colonna, Vincenza;Eizenga, Jordan M.;Feng, Xiaowen;Fischer, Christian;Fulton, Robert S.;Garg, Shilpa;Groza, Cristian;Guarracino, Andrea;Harvey, William T.;Heumos, Simon;Howe, Kerstin;Jain, Miten;Lu, Tsung-Yu;Markello, Charles;Martin, Fergal J.;Mitchell, Matthew W.;Munson, Katherine M.;Mwaniki, Moses Njagi;Novak, Adam M.;Olsen, Hugh E.;Pesout, Trevor;Porubsky, David;Prins, Pjotr;Sibbesen, Jonas A.;Siren, Jouni;Tomlinson, Chad;Villani, Flavia;Vollger, Mitchell R.;Antonacci-Fulton, Lucinda L.;Baid, Gunjan;Baker, Carl A.;Belyaeva, Anastasiya;Billis, Konstantinos;Carroll, Andrew;Chang, Pi-Chuan;Cody, Sarah;Cook, Daniel E.;Cook-Deegan, Robert M.;Cornejo, Omar E.;Diekhans, Mark;Ebert, Peter;Fairley, Susan;Fedrigo, Olivier;Felsenfeld, Adam L.;Formenti, Giulio;Frankish, Adam;Gao, Yan;Garrison, Nanibaa'A.;Giron, Carlos Garcia;Green, Richard E.;Haggerty, Leanne;Hoekzema, Kendra;Hourlier, Thibaut;Ji, Hanlee P.;Kenny, Eimear E.;Koenig, Barbara A.;Kolesnikov, Alexey;Korbel, Jan O.;Kordosky, Jennifer;Koren, Sergey;Lee, HoJoon;Lewis, Alexandra P.;Magalhaes, Hugo;Marco-Sola, Santiago;Marijon, Pierre;McCartney, Ann;McDaniel, Jennifer;Mountcastle, Jacquelyn;Nattestad, Maria;Nurk, Sergey;Olson, Nathan D.;Popejoy, Alice B.;Puiu, Daniela;Rautiainen, Mikko;Regier, Allison A.;Rhie, Arang;Sacco, Samuel;Sanders, Ashley D.;Schneider, Valerie A.;Schultz, Baergen I.;Shafin, Kishwar;Smith, Michael W.;Sofia, Heidi J.;Abou Tayoun, Ahmad N.;Thibaud-Nissen, Francoise;Tricomi, Francesca Floriana;Wagner, Justin;Walenz, Brian;Wood, Jonathan M. D.;Zimin, Aleksey V.;Bourque, Guillaume;Chaisson, Mark J. P.;Flicek, Paul;Phillippy, Adam M.;Zook, Justin M.;Eichler, Evan E.;Haussler, David;Wang, Ting;Jarvis, Erich D.;Miga, Karen H.;Erik, Garrison;Tobias, Marschall;Ira, M. Hall;Li, Heng;Paten, Benedict
通讯作者：
Paten, Benedict