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Improving the representation of microbial reference genomes using pangenome reference sequence graphs - Methods for efficient construction and representation of pangenome graphs for microbial data

使用泛基因组参考序列图改善微生物参考基因组的表示 - 微生物数据的泛基因组图的有效构建和表示方法

基本信息

批准号：
557997-2021
负责人：
Chu, Justin
金额：
$ 1.64万
依托单位：
Dana-Farber Cancer Institute
依托单位国家：
加拿大
项目类别：
Postdoctoral Fellowships
财政年份：
2021
资助国家：
加拿大
起止时间：
2021-01-01 至 2022-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://www.nserc-crsng.gc.ca/ase-oro/Details-Detailles_eng.asp?id=723129
关键词：
Improving representation microbial reference genomes

项目摘要

Bioinformatics, Sequence analysis, Data structures, Algorithms, Pangenome sequence graphs, Coloured de Bruijn graphs, Genome assembly, Microbial genomics, Metagenomics, Microbial Genome Evolution

生物信息学，序列分析，数据结构，算法，泛基因组序列图，彩色de Bruijn图，基因组组装，微生物基因组学，宏基因组学，微生物基因组进化

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

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作者：
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Chu, Justin其他文献

RResolver: efficient short-read repeat resolution within ABySS.

DOI：
10.1186/s12859-022-04790-z
发表时间：
2022-06-21
期刊：
BMC BIOINFORMATICS
影响因子：
3
作者：
Nikolic, Vladimir;Afshinfard, Amirhossein;Chu, Justin;Wong, Johnathan;Coombe, Lauren;Nip, Ka Ming;Warren, Rene L.;Birol, Inanc
通讯作者：
Birol, Inanc

A draft human pangenome reference.

DOI：
10.1038/s41586-023-05896-x
发表时间：
2023-05
期刊：
NATURE
影响因子：
64.8
作者：
Liao, Wen-Wei;Asri, Mobin;Ebler, Jana;Doerr, Daniel;Haukness, Marina;Hickey, Glenn;Lu, Shuangjia;Lucas, Julian K.;Monlong, Jean;Abel, Haley J.;Buonaiuto, Silvia;Chang, Xian H.;Cheng, Haoyu;Chu, Justin;Colonna, Vincenza;Eizenga, Jordan M.;Feng, Xiaowen;Fischer, Christian;Fulton, Robert S.;Garg, Shilpa;Groza, Cristian;Guarracino, Andrea;Harvey, William T.;Heumos, Simon;Howe, Kerstin;Jain, Miten;Lu, Tsung-Yu;Markello, Charles;Martin, Fergal J.;Mitchell, Matthew W.;Munson, Katherine M.;Mwaniki, Moses Njagi;Novak, Adam M.;Olsen, Hugh E.;Pesout, Trevor;Porubsky, David;Prins, Pjotr;Sibbesen, Jonas A.;Siren, Jouni;Tomlinson, Chad;Villani, Flavia;Vollger, Mitchell R.;Antonacci-Fulton, Lucinda L.;Baid, Gunjan;Baker, Carl A.;Belyaeva, Anastasiya;Billis, Konstantinos;Carroll, Andrew;Chang, Pi-Chuan;Cody, Sarah;Cook, Daniel E.;Cook-Deegan, Robert M.;Cornejo, Omar E.;Diekhans, Mark;Ebert, Peter;Fairley, Susan;Fedrigo, Olivier;Felsenfeld, Adam L.;Formenti, Giulio;Frankish, Adam;Gao, Yan;Garrison, Nanibaa'A.;Giron, Carlos Garcia;Green, Richard E.;Haggerty, Leanne;Hoekzema, Kendra;Hourlier, Thibaut;Ji, Hanlee P.;Kenny, Eimear E.;Koenig, Barbara A.;Kolesnikov, Alexey;Korbel, Jan O.;Kordosky, Jennifer;Koren, Sergey;Lee, HoJoon;Lewis, Alexandra P.;Magalhaes, Hugo;Marco-Sola, Santiago;Marijon, Pierre;McCartney, Ann;McDaniel, Jennifer;Mountcastle, Jacquelyn;Nattestad, Maria;Nurk, Sergey;Olson, Nathan D.;Popejoy, Alice B.;Puiu, Daniela;Rautiainen, Mikko;Regier, Allison A.;Rhie, Arang;Sacco, Samuel;Sanders, Ashley D.;Schneider, Valerie A.;Schultz, Baergen I.;Shafin, Kishwar;Smith, Michael W.;Sofia, Heidi J.;Abou Tayoun, Ahmad N.;Thibaud-Nissen, Francoise;Tricomi, Francesca Floriana;Wagner, Justin;Walenz, Brian;Wood, Jonathan M. D.;Zimin, Aleksey V.;Bourque, Guillaume;Chaisson, Mark J. P.;Flicek, Paul;Phillippy, Adam M.;Zook, Justin M.;Eichler, Evan E.;Haussler, David;Wang, Ting;Jarvis, Erich D.;Miga, Karen H.;Erik, Garrison;Tobias, Marschall;Ira, M. Hall;Li, Heng;Paten, Benedict
通讯作者：
Paten, Benedict