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Accurate and efficient software tools for de novo assembly of long, error-rich DNA sequence reads using spaced seeds and local de Bruijn graphs

准确高效的软件工具，可使用间隔种子和局部 de Bruijn 图从头组装长且富含错误的 DNA 序列读数

基本信息

批准号：
490417-2016
负责人：
Chu, Justin
金额：
$ 2.55万
依托单位：
University of British Columbia
依托单位国家：
加拿大
项目类别：
Alexander Graham Bell Canada Graduate Scholarships - Doctoral
财政年份：
2018
资助国家：
加拿大
起止时间：
2018-01-01 至 2019-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://www.nserc-crsng.gc.ca/ase-oro/Details-Detailles_eng.asp?id=647695
关键词：
Accurate efficient software tools de

项目摘要

De Novo Assembly, Oxford Nanopore De Novo Assembly, Local Positional de Bruijn Graphs, Overlap Detection, Overlap Layout Consensus Assembly, Sequence Phasing, Spaced Seeds, Repeat Sequence Detection Algorithms, Consensus Calling, Bloom Filters

从头组装，牛津纳米孔从头组装，局部位置de Bruijn图，重叠检测，重叠布局共识组装，序列定相，间隔种子，重复序列检测算法，共识调用，Bloom过滤器

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

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Chu, Justin其他文献

RResolver: efficient short-read repeat resolution within ABySS.

DOI：
10.1186/s12859-022-04790-z
发表时间：
2022-06-21
期刊：
BMC BIOINFORMATICS
影响因子：
3
作者：
Nikolic, Vladimir;Afshinfard, Amirhossein;Chu, Justin;Wong, Johnathan;Coombe, Lauren;Nip, Ka Ming;Warren, Rene L.;Birol, Inanc
通讯作者：
Birol, Inanc

A draft human pangenome reference.

DOI：
10.1038/s41586-023-05896-x
发表时间：
2023-05
期刊：
NATURE
影响因子：
64.8
作者：
Liao, Wen-Wei;Asri, Mobin;Ebler, Jana;Doerr, Daniel;Haukness, Marina;Hickey, Glenn;Lu, Shuangjia;Lucas, Julian K.;Monlong, Jean;Abel, Haley J.;Buonaiuto, Silvia;Chang, Xian H.;Cheng, Haoyu;Chu, Justin;Colonna, Vincenza;Eizenga, Jordan M.;Feng, Xiaowen;Fischer, Christian;Fulton, Robert S.;Garg, Shilpa;Groza, Cristian;Guarracino, Andrea;Harvey, William T.;Heumos, Simon;Howe, Kerstin;Jain, Miten;Lu, Tsung-Yu;Markello, Charles;Martin, Fergal J.;Mitchell, Matthew W.;Munson, Katherine M.;Mwaniki, Moses Njagi;Novak, Adam M.;Olsen, Hugh E.;Pesout, Trevor;Porubsky, David;Prins, Pjotr;Sibbesen, Jonas A.;Siren, Jouni;Tomlinson, Chad;Villani, Flavia;Vollger, Mitchell R.;Antonacci-Fulton, Lucinda L.;Baid, Gunjan;Baker, Carl A.;Belyaeva, Anastasiya;Billis, Konstantinos;Carroll, Andrew;Chang, Pi-Chuan;Cody, Sarah;Cook, Daniel E.;Cook-Deegan, Robert M.;Cornejo, Omar E.;Diekhans, Mark;Ebert, Peter;Fairley, Susan;Fedrigo, Olivier;Felsenfeld, Adam L.;Formenti, Giulio;Frankish, Adam;Gao, Yan;Garrison, Nanibaa'A.;Giron, Carlos Garcia;Green, Richard E.;Haggerty, Leanne;Hoekzema, Kendra;Hourlier, Thibaut;Ji, Hanlee P.;Kenny, Eimear E.;Koenig, Barbara A.;Kolesnikov, Alexey;Korbel, Jan O.;Kordosky, Jennifer;Koren, Sergey;Lee, HoJoon;Lewis, Alexandra P.;Magalhaes, Hugo;Marco-Sola, Santiago;Marijon, Pierre;McCartney, Ann;McDaniel, Jennifer;Mountcastle, Jacquelyn;Nattestad, Maria;Nurk, Sergey;Olson, Nathan D.;Popejoy, Alice B.;Puiu, Daniela;Rautiainen, Mikko;Regier, Allison A.;Rhie, Arang;Sacco, Samuel;Sanders, Ashley D.;Schneider, Valerie A.;Schultz, Baergen I.;Shafin, Kishwar;Smith, Michael W.;Sofia, Heidi J.;Abou Tayoun, Ahmad N.;Thibaud-Nissen, Francoise;Tricomi, Francesca Floriana;Wagner, Justin;Walenz, Brian;Wood, Jonathan M. D.;Zimin, Aleksey V.;Bourque, Guillaume;Chaisson, Mark J. P.;Flicek, Paul;Phillippy, Adam M.;Zook, Justin M.;Eichler, Evan E.;Haussler, David;Wang, Ting;Jarvis, Erich D.;Miga, Karen H.;Erik, Garrison;Tobias, Marschall;Ira, M. Hall;Li, Heng;Paten, Benedict
通讯作者：
Paten, Benedict