Wnt/β-catenin信号通路中microRNA的表达调控及功能研究
批准号:
31230042
项目类别:
重点项目
资助金额:
299.0 万元
负责人:
屈良鹄
依托单位:
学科分类:
基因表达及非编码序列调控
结题年份:
2017
批准年份:
2012
项目状态:
已结题
项目参与者:
邵鹏、徐辉、郑凌伶、马丽明、温俊志、谢淑娟、李俊豪、陈一龄、陈晓红
中文摘要
近年来发现,miRNA与细胞重要信号通路蛋白一样,在细胞功能和命运决定中起关键作用。但是,目前miRNA与重要信号通路之间的协同调控过程及机制还有待阐明。我们前期研究表明,Wnt/β-catenin信号通路激活后,一批miRNA表达发生显著变化,其中miR-371-373基因簇直接受信号通路核心转录因子TCF/LEF1调控并反馈激活Wnt/β-catenin通路。在此基础上,本项目拟结合实验和生物信息方法,并开发整合新一代测序数据和染色体开放结构特征等鉴定转录因子结合位点的新算法及miRNA功能靶标组分析平台,系统研究Wnt/β-catenin信号通路及不同状态(激活或抑制)下miRNA的变化及其表达调控的分子机制,解析信号通路核心转录因子TCF/LEF1直接转录调控的miRNA的功能及其在干细胞维持、肿瘤发生等生物学过程中的作用,拓展我们对miRNA与Wnt信号通路协同调控机制的认识。
英文摘要
Recent findings have shown that microRNAs (miRNAs), as important as proteins within signaling pathways, play key roles in cell function and fate decision. However, the process and mechanism of coordinated regulation between miRNAs and signaling pathway in cell remains to be elucidated. In the previous study we found the levels of numerous miRNAs to change following the activation of the Wnt/beta-catenin pathway. Among these miRNAs, we showed that TCF/LEF1, the core transcription factors of the Wnt/beta-catenin pathway directly transactivated the miR-371-373 cluster, which in turn, activated the Wnt/beta-catenin signaling through a positive feedback loop. On this basis, our project will develop new algorithms and analysis platforms based on integration of next-generation sequencing data and chromosomal open structure characteristics to systematically identify the transcription factor binding sites and the functional targetome of miRNAs. Using an integrative approach of experiments and bioinformatics, our project will demonstrate the expression and transcriptional regulation of miRNAs that are directly controlled by Wnt/beta-catenin signaling pathway upon different states (activation or inhibition), as well as the function of those TCF/LEF1-regulated miRNAs involved in stem cell maintenance and tumorigenesis. Altogether, the study will expand our understanding on the mechanism of coordinated regulation between miRNAs and the Wnt signaling pathway.
本项目开发整合新一代测序数据和染色体开放结构特征等鉴定转录因子结合位点的新算法及miRNA 功能靶标组分析平台,建立了ChiPBase、starBase2.0 和deepBase2.0 等先进的RNA组学技术及信息库;通过体内体外实验模型,阐明miR-150和 miR-372/373等Wnt信号通路直接转录激活的miRNA在干细胞维持、肿瘤发生等生理和病理中的作用及机制。此外,研究发现和阐明了肌细胞分化相关微RNA(mamiRs)抑制JNK信号通路磷酸化来控制骨骼肌细胞分化的新机制;研究还揭示和阐明了天然药物冬凌草甲素对癌细胞关键信号通路的作用及调控机制。这些研究极大地拓展我们对miRNA 与信号通路协同调控机制的认识。
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Inhibition of miR-17 and miR-20a by Oridonin Triggers Apoptosis and Reverses Chemoresistance by Derepressing BIM-S
冬凌草甲素抑制 miR-17 和 miR-20a 可触发细胞凋亡并通过去抑制 BIM-S 逆转化疗耐药性
DOI:
10.1158/0008-5472.can-13-1748
发表时间:
2014-08-16
期刊:
CANCER RESEARCH
影响因子:
11.2
作者:
[Weng, Hengyou, Huang, Huilin, Qu, Lianghu]
通讯作者:
Qu, Lianghu
dreamBase: DNA modification, RNA regulation and protein binding of expressed pseudogenes in human health and disease.
RBase v2.0:从表观转录组测序数据中解读 RNA 修饰图谱
DOI:
10.1093/nar/gkx972
发表时间:
2018-01-04
期刊:
Nucleic acids research
影响因子:
14.9
作者:
[Zheng LL, Zhou KR, Liu S, Zhang DY, Wang ZL, Chen ZR, Yang JH, Qu LH]
通讯作者:
Qu LH
DOI:
10.1007/s11427-013-4547-4
发表时间:
2013-09
期刊:
Science China Life Sciences
影响因子:
--
作者:
[Shu-juan Xie;Yin Zhang;Lianghu Qu;Hui Xu]
通讯作者:
Shu-juan Xie;Yin Zhang;Lianghu Qu;Hui Xu
A Contig-based Strategy for the Genome-wide Discovery of microRNAs in Plants without Complete Genome Resources
一种基于重叠群的策略,用于在没有完整基因组资源的植物中全基因组发现 microRNA
DOI:
--
发表时间:
2014
期刊:
PLos One
影响因子:
3.7
作者:
[J-Z Wen, J-Y Liao, L-L Zheng, H Xu, J-H Yang, D-G Guan, S-M Zhang, H Zhou, L-H Qu]
通讯作者:
L-H Qu
StarScan: a web server for scanning small RNA targets from degradome sequencing data.
StarScan:用于从降解组测序数据中扫描小 RNA 目标的网络服务器。
DOI:
10.1093/nar/gkv524
发表时间:
2015-07-01
期刊:
Nucleic acids research
影响因子:
14.9
作者:
[Liu S, Li JH, Wu J, Zhou KR, Zhou H, Yang JH, Qu LH]
通讯作者:
Qu LH
共 33 条
Wnt/β-catenin通路调控的长非编码RNA-WTL在结肠癌干细胞中的功能与机制研究
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批准号:31970604
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项目类别:面上项目
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资助金额:59.0万元
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批准年份:2019
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
人类tRNA 2’-O-核糖甲基化修饰生成的遗传机制及生物学功能研究
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批准号:31671349
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项目类别:面上项目
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资助金额:65.0万元
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批准年份:2016
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
组织特异性microRNA介导的CUX1转录后沉默及其在发育时序调控中的作用
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批准号:31471223
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项目类别:面上项目
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资助金额:95.0万元
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批准年份:2014
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
miR-30对肾小管上皮细胞间质转化和凋亡的调控
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批准号:81070589
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项目类别:面上项目
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资助金额:40.0万元
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批准年份:2010
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
印记snoRNA基因的起源与进化及其新功能研究
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批准号:30830066
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项目类别:重点项目
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资助金额:175.0万元
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批准年份:2008
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
新疆北鲵保护遗传学及中亚地区系统地理学研究
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批准号:30771151
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项目类别:面上项目
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资助金额:28.0万元
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批准年份:2007
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
新的microRNA的分离、鉴定及功能研究
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批准号:30470385
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项目类别:面上项目
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资助金额:23.0万元
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批准年份:2004
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
新疆北鲵及其相关类群的线粒体基因组与进化生物学研究
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批准号:30370754
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项目类别:面上项目
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资助金额:17.0万元
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批准年份:2003
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
新的RNA基因的功能与调控研究
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批准号:30230200
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项目类别:重点项目
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资助金额:160.0万元
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批准年份:2002
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
新的RNA调控分子的人工合成及表达研究
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批准号:39970171
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项目类别:面上项目
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资助金额:14.0万元
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批准年份:1999
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
新的核仁小分子RNA基因结构、表达及功能研究
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批准号:39730300
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项目类别:重点项目
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资助金额:75.0万元
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批准年份:1997
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
rRNA探针及在寄生虫种群生物学和病原学中的应用
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批准号:39170192
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项目类别:面上项目
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资助金额:4.0万元
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批准年份:1991
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负责人:屈良鹄
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依托单位:
国内基金
海外基金