CoCoNUT: Ein Software-System zum multiplen Genomvergleich
CoCoNUT: Ein Software-System zum multiplen Genomvergleich
批准号:
16627878
负责人:
Professor Dr. Enno Ohlebusch
金额:
$0.0万
依托单位国家:
德国
项目类别:
Research Grants
财政年份:
2005
资助国家:
德国
项目状态:
已结题
起止时间:
2004-12-31 至 2007-12-31
中文摘要
比较基因组学的核心方法最适合于将一个生物体的基因组与另一个生物体的基因组进行比较。乘法器Vergleich)。D. Genomvergleiche versucht man u.a.因此,最好是选择耐抗生素或病原体的细菌,而不是选择其他细菌。这一韦尔登是通过数据的增长而产生的。Alle derzeit zur Verfügung stehenden Software-Werkzeuge zum Genomvergleich haben den Nachteil,dass sie auf den paarweisen Vergleich beschränkt sind und/oder努尔einzelne Aufgaben unterstützen.软件系统CoCoNUT(计算比较基因组学实用工具包)可以帮助韦尔登,使更多的人能够有效地利用多种基因组。大足韦尔登DNA bzw.氨基酸测序,在艾伦基因组中都有进化论的功劳,并有新的有效鉴定方法。该基金会将为该地区提供服务,以促进基因组结构和基因组的发展。你死了联合sehr komplexe Ausgabe des Systems soll durch eine Visualisierungskomponente für den Anwender nutzbar gemacht韦尔登.
英文摘要
Die Kernmethode der vergleichenden Genomanalyse (comparative genomics) besteht aus dem Vergleich des Genoms eines Organismus mit dem eines oder mehrerer anderer Organismen (paarweiser bzw. multipler Vergleich). Durch Genomvergleiche versucht man u.a. herauszufinden, warum bestimmte Stämme eines Bakteriums resistent gegen Antibiotika oder pathogen sind, andere hingegen nicht. Diese Vergleiche werden durch die Größe der Datenmengen erheblich erschwert. Alle derzeit zur Verfügung stehenden Software-Werkzeuge zum Genomvergleich haben den Nachteil, dass sie auf den paarweisen Vergleich beschränkt sind und/oder nur einzelne Aufgaben unterstützen. Daher soll das Software-System CoCoNUT (Computational Comparative Genomics Utility Toolkit) entwickelt werden, das mehrere Aufgaben eines multiplen Genomvergleichs effizient unterstützt. Dazu werden DNA bzw. Aminosäuresequenzen, die im Laufe der Evolution in allen Genomen konserviert wurden, mit neu entwickelten Methoden effizient identifiziert. Die gefundenen konservierten Regionen sollen die Grundlage zur Vorhersage von Genomumstrukturierungen und Genen bilden. Die u. U. sehr komplexe Ausgabe des Systems soll durch eine Visualisierungskomponente für den Anwender nutzbar gemacht werden.
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会议论文
Compressed Suffix Trees: Design, Construction, and Applications
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批准号:206825075
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项目类别:Research Grants
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资助金额:$0.0万
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财政年份:2012
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负责人:Professor Dr. Enno Ohlebusch
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依托单位:
Entwicklung eines Software-Systems zum multiplen Genomvergleich
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批准号:5400557
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项目类别:Priority Programmes
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资助金额:$0.0万
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财政年份:2003
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负责人:Professor Dr. Enno Ohlebusch
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依托单位:
Pan-Genome Structures: Design, Construction, and Applications
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批准号:403845331
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项目类别:Research Grants
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资助金额:$0.0万
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财政年份:--
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负责人:Professor Dr. Enno Ohlebusch
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依托单位:
国内基金
海外基金
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三叶青EIN3/EILs家族基因的成员鉴定及对冷胁迫的调控功能研究
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批准号:HZQN25C130003
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项目类别:省市级项目
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批准年份:2025
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负责人:尹舒雅
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依托单位:
转录调节因子ADA2b调控EIN3转录活性的分子机制研究
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批准号:32300275
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:30万元
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批准年份:2023
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负责人:郝冬冬
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依托单位:
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项目类别:青年科学基金项目
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批准年份:2022
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依托单位:
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批准号:--
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项目类别:面上项目
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批准年份:2022
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依托单位:
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批准号:22ZR1431800
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批准年份:2022
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资助金额:58.0万元
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批准年份:2020
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批准年份:2019
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负责人:周欣
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资助金额:58.0万元
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批准年份:2019
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负责人:温兴
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依托单位: