Stratégies d'adaptation des communautés de microorganismes aquatiques face aux changements environnementaux

本研究计划的长期泰尔梅是在自然环境变化的背景下，考虑微生物群落对选择的反应。如果我们在后期研究了微生物群落的高度多样性，我们对结构和维持的进化过程的认识就变得支离破碎。新生态学的自然选择和遗传变化如何？细胞与微生物群落的其他物种之间的相互作用如何？对性别水平转移现象的观察提出了一种新的人口遗传学和分子进化理论，这种理论忽视了各方面的边界。为了阐明湖泊微生物群落功能性作用的演变机制，我提出了在适应性演变背景下研究湖泊微生物群落分类学和功能性的三个具体目标。目标1包括识别共同体内部分类重组的名称，并测试共同体的特征是否存在Au cours de la saison par rapport aux communautés témoins的差异。第二个目标是确定受影响社区的职能转变，并研究选举的历史动态指标。这两项工作是一项切实可行的Au throisième objectif，但主要是为了重建适应共同体Au的妇女职能演变的历史。Ce troisième objectif consiste à établir une relationship entre les diversités taxonomique et fonctionnelle de communautés microbiennes，caractériser la variabilité des gènes candidats dans les communautés perturbées et témoins et à tester en milieu controlôlé l'effet de la sélection sur une communauté microbienne issue d'un lac non perturbé sur environ 2000 générations.

L'objectif à long terme de mon programme de recherche est de prédire la réponse des communautés de microorganismes aux pressions de sélection dans des contextes de changements environnementaux naturels. Si le séquençage à haut débit a révélé l'extrême diversité de communautés microbiennes environnementales, notre connaissance des processus évolutifs qui les structurent et les maintiennent est très fragmentaire. Comment la sélection naturelle et les échanges génétiques façonnent de nouvelles « espèces » écologiques ? Comment celles-ci s'insèrent et interagissent avec les autres espèces de la communauté microbienne ? L'observation de nombreux transferts horizontaux de gènes impose un nouveau cadre théorique en génétique des populations et en évolution moléculaire qui ignore les frontières entre espèces. Afin d'élucider les mécanismes de l'évolution du rôle fonctionnel de ces communautés, je propose trois objectifs spécifiques de recherche dont deux porteront sur la différenciation taxonomique et fonctionnelle de communautés microbiennes lacustres, dans un contexte d'évolution adaptative (présence de métaux lourds). L'objectif 1 consiste à identifier le nombre de regroupements taxonomiques dans chacune des communautés et à tester si les espèces des communautés perturbées présentent une variation d'abondance réduite au cours de la saison par rapport aux communautés témoins. L'objectif 2 consiste à identifier les transcrits qui distinguent fonctionnellement chacune des communautés perturbées des communautés témoins et à rechercher des indices sur la dynamique historique de leur sélection. Ces deux travaux sont un préalable au troisième objectif dont le but principal sera de reconstituer l'histoire évolutive de gènes fonctionnels adaptatifs au sein de la communauté. Ce troisième objectif consiste à établir une relation entre les diversités taxonomique et fonctionnelle de communautés microbiennes, caractériser la variabilité des gènes candidats dans les communautés perturbées et témoins et à tester en milieu contrôlé l'effet de la sélection sur une communauté microbienne issue d'un lac non perturbé sur environ 2000 générations.