Ultradeep Genom- und Transkriptomanalyse bei Raps (Brassica napus) mittels Next-Generation-Sequenzierungsverfahren

使用下一代测序方法对油菜（Brassica napus）进行超深基因组和转录组分析

• 批准号: 116059498
• 负责人: Professor Dr. Rod Snowdon
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Pflanzenzüchtung
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2008-12-31 至 2012-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/116059498?language=en
• 关键词: Ultradeep; Genom; und; Transkriptomanalyse; bei

Die neuen Next-Generation Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Technologien eignen sich neben der hocheffizienten Genomsquenzierung auch für die Etablierung neuer sequenzbasierter Markertechnologien sowie für umfassende Transkriptom-Analysen. Hauptziel dieses Vorhabens ist es, mit Hilfe von Ultradeep-Sequenzierungstechniken eine Plattform zur Integration von genetischen und physikalischen Karten mit umfangreichen Genexpressionsdaten in Raps (Brassica napus) zu etablieren. Mit der Massensequenzierung von AFLP-Marker-Fragmenten soll zum ersten Mal eine dichte SNP-Karte für Raps erstellt werden, die über Sequenzannotation an die physikalischen Brassica und Arabidopsis-Karten angeknüpft werden kann. Durch eine umfassende Studie der Genexpression mittels ultratiefem Expressionsprofiling wird parallel zur genetischen Kartierung auch eine Expressionskarte der Samenentwicklung erstellt, die über Sequenzverknüpfung via Arabidopsis an die B. napus-SNP-Karte gekoppelt wird. Dabei soll eine umfangreiche Datenbankressource geschaffen werden, mit der die effiziente Identifizierung von wirtschaftlich bedeutenden Genen für wichtige Sameninhaltsstoffe ermöglicht wird. Durch das ultratiefe Expressionsprofiling mittels quantitativer Illumina-GA EST-Tag-Sequenzierung soll auch differentielle Expression von entscheidenden Transkriptionsfaktoren erfasst werden, die bei Microarray-Analysen wegen deren niedrigen Expressionsniveau oft übersehen werden. Für die Integration der Daten aus den SNP- und Expressions-Karten mit vorhandenen physikalischen Karten soll eine bioinformatische Plattform auf der Basis einer relationalen Datenbank entwickelt werden. Das große Set von AFLP-SNP-Markern sowie umfangreiche EST-SNPs, die wir während der ultratiefen Expressionsanalyse detektieren, werden einer internationalen Initiative zur Erstellung eines öffentlich verfügbaren B. napus SNP-Arrays zur Verfügung gestellt. Somit wird das Vorhaben einen bedeutenden Beitrag zur internationalen Brassica-Forschung leisten.

Die neuen Next-Generation Hochdurchsatz-Sequenzierungs-Technologien eignen sich neben der hocheffizienten Genomsquenzierung auch für die Etablierung neuer sequenzbasierter Markertechnologien sowie für umfassessmented Transkriptom-Analysen.利用超深度测序技术建立了一个整合油菜基因表达数据的遗传和生理学的平台。通过AFLP标记片段的质谱测序，首先对韦尔登进行单核苷酸多态性（SNP）标记，然后进行序列注释，最后对油菜和拟南芥进行生理标记韦尔登。因此，利用拟南芥和B进行基因表达谱分析的研究，可以与利用拟南芥进行基因表达谱分析的遗传学研究并行进行。napus-SNP-Karte gekoppelt wird. Dabei soll eine umfangreiche Datenbankresource geschaffen韦尔登，mit der die effiziente Identifizierung von Schaftlich bededeeden Genen für wichtige Sameninhaltsstoffe ermöglicht wird. Illumina-GA EST-Tag-Sequenzierung的超表达谱定量分析方法也可用于快速检测韦尔登的差异表达，但在微阵列分析中，表达谱通常不能直接检测韦尔登。为了将SNP和Expressions-Karten的数据集成到一个生物信息学平台上，该平台以一个关系数据库为基础，韦尔登。AFLP-SNP-Markern的大集合提供了一个新的EST-SNPs，我们将通过超表达分析来检测，韦尔登将是一个国际倡议，以确定B的最佳选择。napus SNP-Arrays zur Verfügung gestellt.有时候，我们会把一份重要的文件提交给国际化学品研究机构。