歯周病原株の全遺伝子解読とヒト遺伝要因の統合解析―シングルセルとエクソーム解析ー

牙周病原菌基因完整解码及人类遗传因子整合分析-单细胞及外显子组分析-

• 批准号: 21K16985
• 负责人: 須藤 毅顕
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K16985/
• 关键词: 歯周炎; 次世代シークエンサー; シングルセル; マイクロバイオーム解析; 侵襲性歯周炎; エクソーム解析; シングルセル解析; シングルセル、エクソーム解析、侵襲性歯周炎

本研究の目的は、微生物シングルセルゲノム解析による個別の全ゲノム解読から、歯周炎と健常者の同一菌種での遺伝子の違いを比較解析することで、歯周炎特異的な株レベルの細菌同定を行い、歯周疾患発症に影響する細菌を解明することである。これまでに、侵襲性歯周炎の全エクソー ム解析を行い原因候補遺伝子(NOD2)を同定したが、本遺伝子の変異は全ての患者に認められるわけではなく、歯周病の発症には遺伝要因だけでなく環境要因との統合的理解が必要である。当該年度は、歯周炎患者4名の重症部位と健常者2名の健常部位の計6サンプルのプラーク由来の口腔内細菌を次世代シークエンサーにて塩基配列を取得した。16S rRNA解析ではデータベースにHOMDとSILVAを使用し、種レベルまでの微生物系統を調べた。重度の歯周病に最も関与すると言われているred complexの3菌種(Porphyromonas gingivitis、Tannerella forsythis、Toreponema denticola)については、ほぼ歯周炎患者でしか検出されなかった。SAG(Single-cell Amplified Genome)基本解析では、各サンプル384SAGsを取得し、平均total Readsは177.5Mreads、平均total Lengthは26800MbPであった。また各サンプル384SAGsのうち、High Novelty(>50%)は平均31.3SAGs、Low Novelty(<=50%)は平均109.3SAGsであった。歯周炎患者と健常者計6名のSAGでユニークな細菌種は計152種類得られ、そのうち、歯周炎患者4人が共有し健常者にない細菌は３種類、歯周炎患者3人が共有し健常者にない細菌は8種類、歯周炎患者になく健常者のみが共有する細菌は10種類、また6名全員が共有する細菌は１種類であった。

The purpose of this study was to analyze the relationship between the microbial community and the bacterial community, and to compare and analyze the relationship between the microbial community and the bacterial community in periodontitis and healthy individuals. It is necessary to identify the cause candidate gene (NOD2) of invasive periodontitis and identify the cause candidate gene (NOD2) of invasive periodontitis. In this year, 4 patients with periodontitis had severe disease and 2 patients with normal disease had normal disease. 16S rRNA analysis is used to modulate microsystems in human bodies. The red complex of three species (Porphyromonas gingivitis, Tannerella forsythis, Toreponema denticola) is the most important in severe periodontitis, and is found in patients with periodontitis. SAG(Single-cell Amplified Genome) Basic Analysis High Novelty(>50%) averaged 31.3SAGs, Low Novelty(<=50%) averaged 109.3SAGs. The SAG of 6 patients with periodontitis and healthy persons counted 152 species of bacteria, 3 species of bacteria in 4 patients with periodontitis and 8 species of bacteria in 3 patients with periodontitis and 10 species of bacteria in 6 patients with periodontitis.

项目成果

Phenotype Harmonization in the GLIDE2 Oral Health Genomics Consortium.

• DOI: 10.1177/00220345221109775
• 发表时间: 2022-10
• 期刊: Journal of dental research
• 影响因子: 7.6

回帰分析と傾向スコア解析

回归分析和倾向评分分析

• 发表时间: 2022
• 期刊: JOHONS
• 作者: NagataY;WatanabeR;EichhornC;OhnoS;AibaT;IshikawaT;NakanoY;AizawaY;HayashiKi;MurakoshiN;NakajimaT;YagiharaN;MishimaH;SudoT;HiguchiC;TakahashiA;SekineA;MakiyamaT;TanakaY;WatanabeA;TachibanaM;MoritaH;YoshiuraK-i;TsunodaT;WatanabeH;KurabayashiM;NogamiA;Kihara;須藤毅顕
• 通讯作者: 須藤毅顕

全国の医療系大学のIRを支援するデータ分析システムを開発するためのアンケート調査結果

全国医科大学开发支持IR的数据分析系统的调查结果

• 发表时间: 2022
• 作者: 沼沢 益行;那波 伸敏;須藤 毅顕;須永 昌代;中口 悦史;中林 潤;中川 美奈;木下 淳博
• 通讯作者: 木下 淳博

臨床検査技師AI教育のためのクラウドコンピューター環境構築

构建临床检验技师AI教育云计算环境

• 发表时间: 2022
• 作者: Shiba Takahiko;Komatsu Keiji;Sudo Takeaki;Sawafuji Rikai;Saso Aiko;Ueda Shintaroh;Watanabe Takayasu;Nemoto Takashi;Kano Chihiro;Nagai Takahiko;Ohsugi Yujin;Katagiri Sayaka;Takeuchi Yasuo;Kobayashi Hiroaki;Iwata Takanori;須藤毅顕,芝多佳彦,駒津匡二,澤藤りかい,佐宗亜衣子,植田信太郎,渡辺孝康,根本昂,加納千博,長井貴彦,大杉勇人,片桐さやか,竹内康雄,小林宏明,岩田隆紀;太田絵理,須藤毅顕,徳永伸一,中林潤,Heewon Park,平川晃弘,木下淳博,角勇樹
• 通讯作者: 太田絵理,須藤毅顕,徳永伸一,中林潤,Heewon Park,平川晃弘,木下淳博,角勇樹

FGF-2製剤を用いた歯周組織再生療法の臨床的評価 ─3年後ろ向きコホート研究

FGF-2制剂牙周组织再生治疗的临床评价——3年回顾性队列研究

• 发表时间: 2022
• 作者: 澤田憲孝;足立 圭;鈴木佑基;菊池 毅;三谷章雄;松原達昭;成瀬桂子;藤原恭子，清水なつ生，髙橋富久;刈屋友彰，須藤毅顕，三上理沙子，武田浩平，福場駿介，竹内俊介， 落合茜，川本櫻子，豊嶋啓汰，水谷幸嗣，青木章，岩田隆紀
• 通讯作者: 刈屋友彰，須藤毅顕，三上理沙子，武田浩平，福場駿介，竹内俊介， 落合茜，川本櫻子，豊嶋啓汰，水谷幸嗣，青木章，岩田隆紀