脊椎動物器官発生における遺伝子制御活性解析による進化と発生の反復傾向の実体解明

通过脊椎动物器官发育过程中基因调控活性分析阐明进化和发育的重复趋势

• 批准号: 22K15133
• 负责人: 上坂 将弘
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15133/
• 关键词: 反復説; 遺伝子発現制御; エピジェネティクス; 進化発生学; EvoDevo; バイオインフォマティクス

脊椎動物の発生には、進化的に古い特徴から新しい特徴へ順番に現れる傾向があるように見える。申請者らは最近、発生過程における遺伝子制御領域の活性動態を解析し、この反復傾向を支持する結果を得た。しかし、この反復傾向の背後にはどのような遺伝子制御や発生プロセスが存在するのかは殆ど明らかになっていない。本研究は、多種多様な細胞種を含む全胚レベルの解析では不明だった、反復傾向の遺伝子制御実体を、器官レベルでの解析により明らかにすることを目指す。今年度は、まず器官レベルのATAC-seqを行うのに最適な器官の選定を行った。サンプルとする生物種の入手の容易さ、サンプリングの可否、リファレンスゲノムの質を基準に決定した。当初の予定通り、ニワトリ胚の前肢芽、器官の多様性を考慮して、三胚葉それぞれから発生する器官である前脳、心臓、肝臓をサンプルとすることとした。また、本研究課題の基盤となる各発生段階の器官をサンプルとしたATAC-seqデータの取得を目指し、条件検討を行った。ニワトリ発生胚（HH２８）の前肢芽をサンプルとし、ATAC-seqライブラリの調整を、ホモジナイゼーションバッファーとタグメンテーションバッファーの組成において複数条件用意して行った。これら複数条件のライブラリからシーケンスデータを取得して、リードペアのフラグメントの分布パターン、シグナルノイズ比、ミトコンドリア由来のリード数量などの指標で最適な条件を検討、決定した。

Vertebrate evolution and evolution of ancient Chinese characteristics, new Chinese characteristics, and the tendency to appear in sequence. The applicant shall obtain the results of the analysis of the activity dynamics in the field of genetic control in the recent development process and the support of the repetitive tendency. There is a tendency to repeat this trend, and there is a tendency to repeat it, and there is a tendency to repeat it. This study is aimed at the analysis of multiple cell species, including whole embryos, and the analysis of multiple cell species, including whole embryos, and the analysis of multiple cell species, including whole embryos. This year, the ATAC-seq of the organ is selected for the selection of the most suitable organ. It is easy to start a biological species, and it is possible to start a biological species, and it is necessary to determine the quality of a biological species. In the first place, the embryonic forelimb bud and the diversity of organs should be considered. The embryonic forelimb bud, the heart and the liver should be considered. In this paper, we discuss the basic conditions for the development of ATAC-seq system. The embryo (HH28) was developed from the forelimb bud, and the ATAC-seq profile was adjusted. The composition of the embryo was determined by multiple conditions. The optimum conditions for the selection of the parameters are discussed and determined by the distribution of the parameters, the ratio of the parameters and the number of parameters.