プロテオミクスへの「ADP―リボシル化タンパク質同定法」の応用

“ADP-核糖基化蛋白鉴定方法”在蛋白质组学中的应用

• 批准号: 22930014
• 负责人: 長子 晴美
• 金额: $ 0.36万
• 依托单位: Shimane University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22930014/
• 关键词: 質量分析; ADP-リボシル化; プロテオーム

タンパク質の"ADP-リボシル化"についての研究を進展させるために、モデルペプチドを用いた実験系でADP-リボシル化ペプチドの特異的選択法と、修飾ペプチドの修飾部位とアミノ酸配列の決定法の原理を確立し、論文発表した(Osago H, et al. Precursor ion scanning and sequencing of arginine-ADP-ribosylated peptide by mass spectrometry. Anal.Biochem., 393 : 248-254 (2009))。その原理を、実際のタンパク質へ応用するために、(1)～(3)を計画し、それぞれ以下のような結果を得た。(1):LCの溶出、質量分析部への導入、イオン化時の電圧などの条件の検討新たに導入されたLC-ESI/MS/MSにおけるADP-リボシルモデルペプチドの測定最適条件を決定した。同時に導入されたナノLC-MALDI-TOF/MS/MSを用い、マトリックスの検討を行い、さらに高感度で特異的な選択・同定法を考案中である。(2):ADP-リボースに親和性をもつボロン酸カラムによるADP-リボシル化ペプチド濃縮法の確立リン酸部分に親和性を持つ樹脂により、ある程度の濃縮効果を認めたが、実サンプル向けのスケールダウンが今後の課題である。(3):タンパク質のゲル内の消化、LCによる消化廃物の分離、計算値による推定MSからのADP-リボシル化ペプチドの選択の検討通常のゲル内消化のpH条件では修飾部分の安定性に不適であることを明らかにし、これを回避する方法を検討中である。Dr.Sung (Massachusetts General Hospital Center for Computational and Integrative Biology Simches Research Center)からの共同研究依頼を受け、実際のタンパク質の修飾部位決定を進めており、この方法の有用性が証明される結果が得られる予定である。

The principle of the method for determining the acid alignment of the modified sites of the ADP-ribosylated peptide by mass spectrometry was established.(Osago H, et al.) Anal.Biochem., 393 : 248-254 (2009))。While the principles and practical applications of the above principles are being implemented,(1) to (3) are planned, and the following results are obtained. (1):LC dissolution, quality analysis of the introduction, change in the voltage conditions of the introduction of LC-ESI/MS, ADP-free liquid phase of the determination of the optimal conditions At the same time, we introduced the LC-MALDI-TOF/MS/MS method into the application, the method of high sensitivity and specificity. (2)ADP-1000 is a new method for determining the affinity of the acid part of the resin by concentration method. (3)The method of digestion, LC separation, calculation, estimation of MS, ADP-free selection, and selection of appropriate pH conditions for digestion and stability of the modified fraction is discussed. Dr. Sung (Massachusetts General Hospital Center for Computational and Integrative Biology Simches Research Center), a co-author of the study, conducted a series of experiments to determine the quality and usefulness of the method.

项目成果

変形性関節症のバイオマーカー探索

骨关节炎的生物标志物搜索

• 发表时间: 2010
• 作者: Nonaka M.;et al.;長子晴美
• 通讯作者: 長子晴美