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Studies on mining of novel enzymes functioning in secondary metabolite biosynthesis in Streptomyces and their molecular mechanism.

Studies on mining of novel enzymes functioning in secondary metabolite biosynthesis in Streptomyces and their molecular mechanism.
链霉菌次级代谢产物生物合成新型酶的挖掘及其分子机制研究。
批准号:
22H00355
负责人:
西山 真
金额:
$27.37万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份:
2022
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2022-04-01 至 2025-03-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
放線菌が生産するVazabitide Aの生合成において最も重要な反応の1つはアジリジン環の形成反応である。我々は、機能未知タンパク質Vzb10/Vzb11複合体がN-acetyl-sulfo DADHを基質として、アジリジン環を含むN-acetyl aziridolineと命名した新規アミノ酸を生成することを突き止めた。X線結晶構造解析によりVzb10/11複合体のホモログタンパク質の構造並びに基質結合型構造を決定した結果、基質のアジリジン環を構成するアミノ基の窒素とC5炭素、C6炭素およびスルホ基を構成する酸素原子が同一平面上に位置し、SN2様反応により、硫酸基の脱離を伴って、アジリジンが生成することが明らかになった。Vazabitide AとFicellomycinは構造類似化合物だが、両者の化学構造はアザビシクロ環含有アミノ酸の5位、及び6位の立体化学が互いに異なることが明らかになった。Ficellomycinの生合成に関わり6位のアミノ基の立体を決定するアミノ基転移酵素について結晶化などを通して、sulfo DADHの糖部分が180度回転して結合することにより、6位の立体化学の違いを生み出すことを明らかにした。一方、N-N結合を持つユニットを結合したユニークな構造を持つs56-p1のN-N結合形成を担うと推測されるSpb40のCupinドメインの結晶化に成功した。また、AmCPを含む幾つかの遺伝子クラスターについては、転写因子を高発現することで産生される新規化合物の化学構造並びに生合成機構を解明しつつある。抗菌物質として知られるMaleimycinがAmCPを介して生合成されること、そしてその過程に新規な反応が関わっていることが示唆されている。その生合成過程にAHXOと名付けた新規アミノ酸が関わることが明らかになった。
英文摘要
放線菌が生産するVazabitide Aの生合成において最も重要な反応の1つはアジリジン環の形成反応である。我々は、機能未知タンパク質Vzb10/Vzb11複合体がN-acetyl-sulfo DADHを基質として、アジリジン環を含むN-acetyl aziridolineと命名した新規アミノ酸を生成することを突き止めた。X線結晶構造解析によりVzb10/11複合体のホモログタンパク質の構造並びに基質結合型構造を決定した結果、基質のアジリジン環を構成するアミノ基の窒素とC5炭素、C6炭素およびスルホ基を構成する酸素原子が同一平面上に位置し、SN2様反応により、硫酸基の脱離を伴って、アジリジンが生成することが明らかになった。Vazabitide AとFicellomycinは構造類似化合物だが、両者の化学構造はアザビシクロ環含有アミノ酸の5位、及び6位の立体化学が互いに異なることが明らかになった。Ficellomycinの生合成に関わり6位のアミノ基の立体を決定するアミノ基転移酵素について結晶化などを通して、sulfo DADHの糖部分が180度回転して結合することにより、6位の立体化学の違いを生み出すことを明らかにした。一方、N-N結合を持つユニットを結合したユニークな構造を持つs56-p1のN-N結合形成を担うと推測されるSpb40のCupinドメインの結晶化に成功した。また、AmCPを含む幾つかの遺伝子クラスターについては、転写因子を高発現することで産生される新規化合物の化学構造並びに生合成機構を解明しつつある。抗菌物質として知られるMaleimycinがAmCPを介して生合成されること、そしてその過程に新規な反応が関わっていることが示唆されている。その生合成過程にAHXOと名付けた新規アミノ酸が関わることが明らかになった。
期刊论文(4)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: --
发表时间: 2023
期刊:
影响因子: --
作者: [林勇太, 曽根祐輔, 吉田彩子, 古園さおり, 西山真]
通讯作者: 西山真
放線菌においてAmCPを介して生産される新規天然化合物の探索と同定
放线菌中 AmCP 产生的新型天然化合物的搜索和鉴定
DOI: --
发表时间: 2023
期刊:
影响因子: --
作者: [宮永寛哉, 曽根祐輔, 古園さおり, 西山真]
通讯作者: 西山真
DOI: 10.1021/acschembio.2c00823
发表时间: 2023-01-20
期刊: ACS CHEMICAL BIOLOGY
影响因子: 4
作者: [Kurosawa,Sumire, Okamura,Hironori, Nishiyama,Makoto]
通讯作者: Nishiyama,Makoto
Elucidation of structures and functions of metabolic enzymes of lysine and related compounds and their molecular evolution
  • 批准号:
    17H01465
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额:
    $27.79万
  • 财政年份:
    2017
  • 负责人:
    西山 真
  • 依托单位:
リジン生合成および関連一次代謝系酵素群の機能および分子進化の解析
  • 批准号:
    24248017
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额:
    $14.73万
  • 财政年份:
    2012
  • 负责人:
    西山 真
  • 依托单位:
耐熱性リンゴ酸脱水素酵素のドメインの折れたたみ機構に関する研究
  • 批准号:
    09261204
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额:
    $1.28万
  • 财政年份:
    1997
  • 负责人:
    西山 真
  • 依托单位:
精密な立体構造に基づく2つの銅蛋白質の相互作用様式の解析
  • 批准号:
    08660090
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额:
    $1.41万
  • 财政年份:
    1996
  • 负责人:
    西山 真
  • 依托单位:
海外基金