ネットワークのトポロジカル組み替え運動と分子乱流

网络中的拓扑重组运动和分子湍流

• 批准号: 07236220
• 负责人: 笹井 理生
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07236220/
• 关键词: 水素結合; ランダムネットワーク; 1; f-ノイズ

ネットワーク構造を格子上の0または1の変数で表した動的モデルの開発を行った。特に、動径分布関数の分析が行われ、局所的に氷に近い秩序が発達しかけたり、消えたりする揺らぎと、ネットワークの大規模な構造変化とエネルギーの長時間変化の相関が示された。これらのネットワーク運動のパターンが溶質間相互作用に及ぼす影響、プロトン移動に及ぼす影響の分析を行うための模型が開発され、基礎的データが集められた。上述の格子模型の結果が分子動力学計算と比較され、分子動力学計算において数百fsecから数psec程度の時間間隔で、氷に近い局所的構造が発達し、また崩壊する、という構造の形成と崩壊のパターンが確認された。局所構造指数という新しい量が定義され、この構造発達と崩壊の時間空間パターンが定量的に分析された。パワースペクトル、相互情報量などの分析を通して、大域的な構造の相関、情報の流れを示す指標の構築を進めている。水溶液反応で、とくに興味があるのは生体内反応である。x線などの方法で解明された蛋白の立体構造から経験的ポテンシャルを構築し、蛋白質の立体構造に関する分子動力学計算を行った。ほどけたランダム鎖を初期条件として、カルシウム結合蛋白などについて3次構造のかなり良い再現が可能である。分子動力学を行って、nativeな構造が再現された場合とされなかった場合について、トラジェクトリーを詳細に比較し、正しくフォールドするための必要条件が明らかにされた。とくに、疎水相互作用を残基の表面積によってとりいれたポテンシャルの改良が進んでいる。また、上記の分子動力学の結果を定性的に再現する単純なスピングラス模型が開発され、フォールドの各段階の動的構造と蛋白質の構造の階層性との関係が分析された.

Please make sure that the table on the grid does not change the number of items on the grid. In order to analyze the number of trails and trails, the order of the local government is up to date, the system is in good order, and the model is used to make large-scale models. there are frequent changes in the performance of each other. We need to know that the interaction between the two systems is affected, that the interaction between the two systems is affected, that the interaction between each other is affected, that the models are analyzed, and that the data sets of the model and the base are analyzed. The results of the above lattice model show that the molecular dynamics calculation, the molecular dynamics calculation, the hundreds of Fsec cycles, the time interval of the psec level, the production capacity of the nearest local office, the crashing temperature, and the mechanical equipment are used to form the confirmation of the crash crash cycle. The index created by the bureau defines the definition of the new volume and the quantitative analysis of the time, space, and quantity of the crash. There is a lot of information about each other, mutual information and analysis, a lot of information about each other, and the flow of love indicates that there is a lot of progress. The aqueous solution has an adverse effect on the body. X-ray method is used to explain the molecular dynamics calculation of protein stereo and protein stereochemistry. In the first place, the initial conditions were improved, and the combination of protein and protein was used three times to improve the quality of the disease. The molecular dynamics test and the native test show that the necessary conditions are known to be correct. The surface of the residue of the interaction between water and water has been improved in terms of temperature and temperature. The results of the molecular dynamics analysis and the results of the qualitative analysis of the molecular dynamics results show that the models of the molecular dynamics and the molecular dynamics of each segment of the molecular dynamics results in the qualitative results of the molecular dynamics results.

项目成果

M.Sasai: "Conformation,Energy and Folding Ability of Selected Amino Acid Sequinces" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 92. 8438-8442 (1995)

M.Sasai：“所选氨基酸序列的构象、能量和折叠能力”Proc.Natl.Acad.Sci.USA。

E.Shiratani and M.Sasai: "Growth and Collapse of Structural Patterns in the Hydrogen Bond Network" J.Cyem.Phys.(印刷中). (1996)

E. Shiratani 和 M. Sasai：“氢键网络结构模式的增长和崩溃”J. Cyem（出版中）。