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動的インバースフォールディングと統計法則

動的インバースフォールディングと統計法則
动态逆折叠和统计定律
批准号：
10157211
负责人：
笹井 理生
金额：
$0.83万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1998
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
1998 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10157211/
关键词：
蛋白質フォールディングスピングラスエネルギーランドスケープ

项目摘要

项目成果

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蛋白質にとって可能な配列数は莫大で、生物の進化史的な時間の範囲内に広大な配列空間をくまなく探して最適化することは不可能であるように思われる。どのような仕方によって、広大な配列空間から現存の蛋白質が選ばれてきたのであろうか?この問題を考えるために、1)スピングラス模型、2)ランダムエネルギー模型、3)経験的ポテンシャルを用いた模型、4)格子模型を用いた次の4つの理論的アプローチを試みた。機能を持つためには活性部位の構造が適切な空間配置を保たなければならない。そこで、活性部位の構造が適切である、という条件を用いて配列を選択するシミュレーションを行うと、活性部位から離れた場所にも2次構造が発達し、フォールド能力を持つ配列が現れるという結果が得られた。機能の若干の向上が2次構造の発現に大きく寄与する例が報告された。また、機能を持つ全体構造は非常に多数存在し、その一つがゆらぎによって偶然選ばれること、選ばれた全体構造を最安定化するように配列は進化せず、機能を保持できる範囲の多数の配列の間を中立的にゆらぐこと、この2つの理由により、全配列空間の網羅的探索なしでも、実際的な時間内でフォールド能力を持つ配列が選択されうることが示された。さらに、配列空間の構造とフォールディングファネルとの相関を分析することにより、蛋白質における進化的側面と物理化学的側面の関係を明らかにしていけるのではないかと、将来の研究の可能性が予想される。
期刊论文(3)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
T.Yano,S.Saito and M.Sasai: "Gradual Development of Proteinlike Global Stpuctures through Functional Solection" Nature Struct.Biology. (印刷中).
T.Yano、S.Saito 和 M.Sasai：“通过功能选择逐步开发类蛋白质整体结构”《Nature Struct.Biology》（出版中）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
S.Saito and M.Sasai: "Kinetic Consisfency in Pretein Folding Process" J.Mol.Struct.(印刷中).
S.Saito 和 M.Sasai：“蛋白质折叠过程中的动力学一致性”J.Mol.Struct.（印刷中）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
笹井理生、白谷恵里: "水素結合ネットワークの組み替え運動" 日本結晶学会誌. 40. 101ー106 (1998)
Rio Sasai，Eri Shiratani：“氢键网络的重组运动”日本晶体学会杂志 40. 101-106 (1998)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Principles of genome dynamics and DNA functions
蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論
  • 批准号：
    18031017
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $8.0万
  • 财政年份：
    2006
  • 负责人：
    笹井 理生
  • 依托单位：
    Nagoya University
機能発現の蛋白質ダイナミクス理論
  • 批准号：
    16041221
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $9.02万
  • 财政年份：
    2004
  • 负责人：
    笹井 理生
  • 依托单位：
    Nagoya University
遺伝子の確率的発現とネットワーク
  • 批准号：
    16014210
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $3.9万
  • 财政年份：
    2004
  • 负责人：
    笹井 理生
  • 依托单位：
    Nagoya University
海外基金