蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論
蛋白质软动力学分子理论
基本信息
- 批准号:18031017
- 负责人:
- 金额:$ 8万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2006
- 资助国家:日本
- 起止时间:2006 至 2007
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
千見寺は、数残基程度の局所配列に対して水溶液中の全原子シミュレーションを行い、局所構造の条件を探る計算を行った。また、水素結合の経験的ポテンシャルを開発し、粗視化モデルで有効に溶媒効果を取り入れる方法を開発した。これらの方法をフラグメント選択に応用し、フラグメントアセンブリ法の劇的な精度向上を行うプログラムを発展させた。また、笹井はフラグメントの多体効果の表現を検討し、水分子の効果をとりいれてフラグメント動力学法を改良した。千見寺と笹井は協力して、こうして整備したフラグメントアセンブリ法、およびフラグメント動力学法を構造予測に用いてその能力を検証するとともに、カルモジュリンをはじめとするアロステリック変形の長時間シミュレーションに適用した。さらに笹井は、複数ドメインが連結した蛋白質の自由エネルギーランドスケープを分析し、ドメイン間の相互作用、およびドメイン間の連結のトポロジーがフォールディング経路を決めることを理論的に指摘した。寺田は、アロステリック転移を表現するため、アミノ酸残基の周囲の多体的環境の関数として相互作用が連続的に切り替わる、多体Goモデルを開発した。この方法をアデニレートキナーゼに適用し、FRETなどの1分子計測の結果と比較することにより、方法の有効性を検証した。これらの結果を踏まえて、寺田と笹井はミオシンがアクチンフィラメントの上でどのようにして一方向的に滑り運動を起こすことができるのかについて、アクチンフィラメント存在下での分子動力学計算を行うことにより検討し、アクトミオシンの動作機構の解明に向けて基本的データを蓄積した。
The calculation of the conditions for the determination of the molecular structure of the all-atom system in aqueous solution was carried out. Development of a method for extracting solvent effects from aqueous solutions This method is based on the accuracy of the selection process and the development process. To investigate the effect of water molecules on the behavior of multi-bodies, improve the kinetic method of water molecules. The method of structural prediction using the kinetic method is applicable to the evaluation of the ability of structural prediction using the method of structural prediction using the method of structural prediction. In addition, the free production of protein in the protein chain is analyzed, and the interaction between the protein chain and the protein chain is analyzed. The relationship between the molecular structure and the molecular structure of acid residues is discussed. The method is applicable to the measurement of FRET and its validity is verified by comparing the results of molecular measurement. As a result of this, Terada Sasaki has been able to calculate molecular dynamics in the presence of a sliding motion in one direction and accumulate basic motion in the other direction.
项目成果
期刊论文数量(18)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Energy- Landscape Perspective of Protein Function and Structure Formation
蛋白质功能和结构形成的能量景观视角
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Sato;H.;Sakaki;S.;Masaki Sasai
- 通讯作者:Masaki Sasai
Cooperativity, connectivity, and folding pathways of multidomain proteins
- DOI:10.1073/pnas.0804512105
- 发表时间:2008-09-16
- 期刊:
- 影响因子:11.1
- 作者:Itoh, Kazuhito;Sasai, Masaki
- 通讯作者:Sasai, Masaki
Bottom ups and top downs in biological systems
生物系统中的自下而上和自上而下
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Yoshida;N.;Ishizuka;R.;Sato;H.;Hirata;F.;Masaki Sasai
- 通讯作者:Masaki Sasai
Non-empirical fragment prediction for free modeling-Toward understanding physico-chemical property of fragments of natives structures
用于自由建模的非经验片段预测-了解天然结构片段的物理化学性质
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:山浦 雅弘;千見寺 浄慈
- 通讯作者:千見寺 浄慈
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