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遺伝子の確率的発現とネットワーク

遺伝子の確率的発現とネットワーク
随机基因表达和网络
批准号：
16014210
负责人：
笹井 理生
金额：
$3.9万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2004 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014210/
关键词：
遺伝子ネットワーク遺伝子スイッチ確率的発現生体ノイズリプレッシレーター経路積分法細胞周期リミットサイクル

项目摘要

项目成果

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次の4つの研究成果を得た。(1)平均場理論の遺伝子ネットワークへの適用:新しく開発された平均場理論は、分子数ゆらぎの強弱によって、アトラクターへの軌道引き込みが制御されることを示した。これを手がかりに、ネットワークの振る舞いの多様性に関する実験結果の説明を試みた。また、複数の遺伝子ネットワークの結合による集団的振る舞いを解析し、生物工学的な実験を提言した。数個の遺伝子からなるネットワークについて、揺らぎ効果の定量的解析を行い、頑健で機能性のあるモチーフとは何か、という問題についての議論を行った。(2)外部摂動への応答と揺らぎの分析:経路積分法を用いて平均場理論を超えた揺らぎの記述理論を展開し、温度、インヂューサー分子数変化などの摂動に対する遺伝子ネットワークの応答を理論的に解析した。(3)複数アトラクターを持つネットワークのデザインと遷移ダイナミクスの解析:フラストレーションを最小にするようにネットワークをデザインする方法が有効であるか、数値計算との比較によって検討を行った。さらに、経路積分法によって複数アトラクター間の遷移ダイナミクスの構造を分析し、数値計算、実験データと比較を行う方法を開発した。(4)酵母の細胞周期ネットワークにおける揺らぎとダイナミクスの解析:ネットワーク構造をモデル化し、細胞周期チェックポイントが安定なアトラクターになっていること、チェックポイントに向かうダイナミクスに安定性があることを遺伝子発現の確率モデルの立場から検討した。
期刊论文(6)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Self-consistent proteomic field theory of stochastic gene switches.
DOI： 10.1529/biophysj.104.050666
发表时间： 2004-07
期刊： Biophysical journal
影响因子： 3.4
作者： [A. Walczak;M. Sasai;P. Wolynes]
通讯作者： A. Walczak;M. Sasai;P. Wolynes
Inertia of Chemotactic Motion as an Emergent Property in a Model of Eukaryotic Cell
趋化运动惯性作为真核细胞模型中的新兴特性
DOI： --
发表时间： 2004
期刊： Artificial Life Vol.9
影响因子： --
作者： [S.I.Nishimura, M.Sasai]
通讯作者： M.Sasai
Inertia of amoebic cell locomotion as an emergent collective property of the cellular dynamics
DOI： 10.1103/physreve.71.010902
发表时间： 2005-01-01
期刊： PHYSICAL REVIEW E
影响因子： 2.4
作者： [Nishimura, SI, Sasai, M]
通讯作者： Sasai, M
Principles of genome dynamics and DNA functions
蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論
  • 批准号：
    18031017
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $8.0万
  • 财政年份：
    2006
  • 负责人：
    笹井 理生
  • 依托单位：
    Nagoya University
機能発現の蛋白質ダイナミクス理論
  • 批准号：
    16041221
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $9.02万
  • 财政年份：
    2004
  • 负责人：
    笹井 理生
  • 依托单位：
    Nagoya University
蛋白質機能発現のダイナミカルモデリング
  • 批准号：
    15014214
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $2.56万
  • 财政年份：
    2003
  • 负责人：
    笹井 理生
  • 依托单位：
    Nagoya University
海外基金