質量分析を応用したDNAシークエンシング法の開発

开发应用质谱法的DNA测序方法

• 批准号: 08283220
• 负责人: 谷口 寿章
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Fujita Health University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08283220/
• 关键词: ゲノム解析; DNA; 質量分析; 核酸; 構造解析

ヒトゲノム解析において、その膨大なゲノムのシークエンシングの過程が、プロジェクト全体において一番のネックとなっていることは明らかである.申請者らは数年来、エレクトロスプレー・イオン化法を用いた質量分析法を応用し、主としてタンパク質の精密な質量測定を行い、その構造解析、リン酸化などの翻訳後修飾の研究への応用を行ってきた.本年度は、エレクトロスプレー・イオン化質量分析計にキャピラリーHPLCをオンライン結合したLC/MS法を用い、そのDNAシークエンシングへの応用における基礎的技術の開発を行った.LC/MS法においては、カラムクロマトグラフィーにおける分離と、エレクトロスプレー・イオン化法によるイオン化に共に適した溶媒の選択が重要である.我々は通常核酸の逆相クロマトグラフィーに用いられるトリエチルアミンの、より鎖長の長いデリバティブであるトリブチルアミンをカウンターイオンとして用いることで、核酸の逆相カラムへの結合がさらに強まると同時に、エレクトロスプレー・インターフェースにおけるイオン化効率が飛躍的に高まることを見出した。核酸の骨格のリン酸基にはナトリウムやカリウムなどのカチオンが強固に結合するため、これらイオンの付加イオンがしばしば正確な質量測定の邪魔になるが、この条件下では付加イオンの生成がおさえられ、殆どモレキュラーイオンのみの観測が可能であった.以上の測定法を用い、PCR産物の直接測定による遺伝子変異の検索、tRNAなどの転写後修飾の解析などを可能とした.現在ダイデオキシ法によるシークエンシング試料の解析を進めている.

The process of analysis, expansion and analysis of the whole body of the product is discussed in detail. The applicant has been applying for several years, including quality analysis method, main quality and precision quality measurement method, structural analysis method, acidification method and post-conversion modification method. This year, the development of basic technology for the application of LC/MS method in mass analysis of DNA, HPLC and chemical analysis was carried out.LC/MS method is important for the selection of appropriate solvents for mass analysis of DNA. The reverse phase of nucleic acid can be used to increase the efficiency of nucleic acid synthesis. The nucleic acid base of the nucleic acid sequence can be separated from each other, and can be combined with each other. Under these conditions, the nucleic acid sequence can be generated and tested. The above methods can be used for direct PCR product determination, gene mutation detection, tRNA detection and post-writing modification analysis. Now, the analysis of the sample is in progress.

项目成果

谷口 寿章: "キャピラリーLC/MS法による蛋白質・核酸の修飾の解析" J.Mass Spectrom.Soc. Japan. 44. 443-457 (1996)

Toshiaki Taniguchi：“通过毛细管 LC/MS 方法分析蛋白质和核酸的修饰”J.Mass Spectrom.Soc Japan。 44. 443-457 (1996)