ジーントラップ・マイクロアレイによるマウス・ゲノムの網羅的な機能解析

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マウスのES細胞とレトロウイルス型ジーントラップ・ベクターRET(改良型poly Aトラップ方式を採用)を利用してランダムなジーントラップを行い、約1400のES細胞コロニーをピックアップした。それぞれのES細胞クローンからRNAを抽出し、3'RACE法によりトラップされた遺伝子のcDNA断片を増幅したあと、direct sequencingによってその塩基配列を決定した。現在、その塩基配列の情報に基づき、それぞれの遺伝子に特異的なPCRプライマーを合成し、3'RACE法によって得られたものよりさらに純度の高いcDNA断片を増幅しつつ、microarrayの作製を進めている。これと並行して、トラップされた遺伝子の塩基配列に関する情報を整理・分類することにより、「NAISTrapデータベース」を樹立し、インターネットを通して一般に公開した(http://bsw3.aist-nara.ac.jp/kawaichi/naistrap.html)。外部機関の研究者でも、このデータベースを閲覧することにより、自らが関心を持つ遺伝子がノックアウトされたES細胞クローンが申請者のグループのES細胞ストックの中にあるかどうか検索することが可能になった。申請者のグループは、アカデミック分野からのリクエストには無条件で応じる方針である。さらに、本研究で樹立された多数のES細胞クローンが多能性(pluripotency)を保持し続けていることを証明するため、GABA(C)受容体rho-3サブユニット遺伝子がトラップされたES細胞クローンを一例に用いてノックアウト・マウスの作製を試み、それに成功した。