転写と染色体領域の視点から見たゲノムDNA損傷位置情報の解析

从转录和染色体区域角度分析基因组DNA损伤位置信息

• 批准号: 20012026
• 负责人: 豊國 伸哉
• 金额: $ 7.17万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20012026/
• 关键词: 酸化ストレス; 鉄; DNA修飾塩基; モノクロナール抗体; モノクローナル抗体

ゲノム情報の変化は発がん過程で重要な役割を果たしている。本研究においては、培養細胞や個体各臓器の細胞のゲノム配列において、紫外線・放射線あるいは鉄を介した酸化ストレスによってDNA塩基への傷害が起こりやすい部位をアレイ技術の応用により網羅的に同定し、その法則性を見いだすことを目的とした。これまでに、私たちは鉄ニトリロ三酢酸(Fe-NTA)腹腔内投与による腎発がんモデルを開発し、その病態に酸化ストレスが関与すること、主要な標的遺伝子にCDKN2Aがん抑制遺伝子やptprz1遺伝子などがあることを示し、ゲノムに酸化ストレスに対して欠損・増幅しやすい領域があることを報告した。今年度は遺伝解析より新たにalninoacylase-1にがん抑制遺伝子としての作用があることを見いだした。昨年度に引き続き、モノクローナル抗体で修飾塩基を含むDNA断片を免疫沈降する技術とマイクロアレイ技術を組み合わせることにより、ゲノム内の酸化ストレスに対する脆弱部位を網羅的に解析した。Fe-NTA腹腔内投与による腎癌モデル初期において代表的な酸化修飾塩基である8-hydroxy-2'-deoxyguanosine(8-OHdG)に対するモノクローナル抗体を使用した実験を反復した。対照のラット腎臓ならびにFe-NTA投与3時間後の腎臓からゲノムDNAを抽出し、制限酵素BmgT120Iで切断後,DNA断片の免疫沈降を行い,8-OHdGを含むDNA断片を回収した。DNA断片を蛍光色素でラベルした後CCGHのアレイにハイブリダイゼーションし解析を行った。すると、8-OHdGは非遺伝子領域に高密度に分布し、遺伝子領域には相対的に低密度に分布することが判明した。ゲノムの遺伝子密度と8-OHdGの存在頻度に有意な負の相関を認めた。分布のパターンそのものは対照と酸化ストレスのかかった状態でほとんど差が見られなかった。CDKN2A部位では酸化ストレス時に8-OHdGの増加を認めた。

The transformation of information is an important part of the process. This study aims at identifying and identifying the genetic and biological characteristics of cultured cells and individual organs by using iron-mediated DNA sequencing techniques. This article reports that CDKN2A, a major target gene, inhibits the development of a gene that can be detected by intraperitoneal administration of iron triacetic acid (Fe-NTA). This year, the new alninoacylase-1 gene was analyzed. Last year, we analyzed the DNA fragments contained in the modified DNA fragments of the antibody. Intraperitoneal administration of Fe-NTA to kidney cancer represents repeated use of 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine(8-OHdG) as an acid-modified base. 3 hours after administration of Fe-NTA, DNA fragments were extracted and cleaved by restriction enzyme BmgT 120I, and DNA fragments were recovered by immunoprecipitation. DNA fragment analysis of CCGH 8-OHdG is highly distributed in non-genetic sub-domains, whereas it is poorly distributed in genetic sub-domains. The density of 8-OHdG and the frequency of 8-OHdG are negatively correlated. The distribution and distribution of oil and gas are different. CDKN2A site was acidified and 8-OHdG was added.

项目成果

Oxygenomics approach to understand chronic oxidative stress as acause of genomics amplification and deletion

利用氧基因组学方法了解基因组扩增和缺失导致的慢性氧化应激

• 发表时间: 2008
• 作者: Dyama T;et.al.;Toyokuni S.
• 通讯作者: Toyokuni S.

Molecular mechanisms of oxidative stress‐induced carcinogenesis: From epidemiology to oxygenomics

• DOI: 10.1002/iub.61
• 发表时间: 2008-07
• 期刊: IUBMB Life
• 影响因子: 4.6
• 作者: S. Toyokuni

Homozygous deletion of CDKN2A/2B is a hallmark of iron-induced rat high-grade mesohtelioma.

CDKN2A/2B 的纯合缺失是铁诱导的大鼠高级间质瘤的标志。

• 发表时间: 2010
• 期刊: Laboratory Investigation 90
• 作者: Hu Q.;et al.
• 通讯作者: et al.

Genome-wide analysis identifies a tumor suppressor role for aminoacylase 1 in iton-induced rat renal cell carcinoma.

全基因组分析确定了氨酰化酶 1 在 iton 诱导的大鼠肾细胞癌中的肿瘤抑制作用。

• 发表时间: 2009
• 期刊: Carcinogenesis 30
• 作者: Zhong Y.;et al.
• 通讯作者: et al.

Asbestos-induced carcinogenesis is oxidative stress-dependent.

石棉诱发的致癌作用依赖于氧化应激。

• 发表时间: 2009
• 作者: T.Hachisu;N.Sato;S.Ishizuka;A.Sugiyama;J.Mizuno;T.Osaka;Toyokuni S.
• 通讯作者: Toyokuni S.