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全長cDNAライブラリを用いたアピコンプレクサ原虫の比較ゲノム解析

使用全长 cDNA 文库对 Apicomplexa 原生动物进行比较基因组分析

基本信息

批准号：
20017012
负责人：
渡邊純一
金额：
$ 4.99万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2009
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20017012/
关键词：
マラリアアピコンプレクサ全長cDNA データベース比較ゲノム

项目摘要

1) 6種のアピコンプレクサ原虫(plasmodium falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、toxoplasma gondii、Cryptosporidium parvum)の全長cDNAライブラリのクローン14,818個(10,501領域)についてソレクサでショットガンシークエンスを行ない、ゲノム参照によるアセンブルの結果、3,959クローン(3,320領域)で全長を決定、6,651クローン(5.222領域)で100アミノ酸以上のORFを同定した。2) ハマダラカ(Anopheles stephensi)の幼虫と成虫から全長cDNAライブラリを作製し、幼虫ライブラリについてABI3730で両端の塩基配列を決定した。3) ツエツエハエ(Glossina morsitaqns morsitans)の幼虫と踊からoligo-cap法で作製した全長cDNAライブラリについてソレクサでショットガンシークエンスを行ないab initioのアセンブルを行った。4) 東京大学の鈴木穣らが開発したoligo-cap法とソレクサを用いて発現遺伝子の5'端を超大量解読する方法を利用してトキソプラズマ原虫の発現解析を行った。5) 以上の成果をデータベース化し公開した(論文1.データベース1.)。6) 熱帯熱マラリア原虫の転写開始点をゲノムの物理化学的性質から予測するプログラムMAPP(Malaria promoter predictor : )を開発し、公開した(http://www.mapppredictor.info/cgi-bin/lndex.cgi)(論文3.)。7) トキソプラズマ原虫の原虫による宿主細胞(非寄生細胞)のアポトーシスに関与すると考えられる遺伝子の局在と機能解析を行った。

1)6 species of protozoa (plasma falciparum, P. vivax, P. yoelii, P. berghei, toxplasma gondii, Cryptosporidium parvum)(10,501 domains), 3,959 domains (3,320 domains), 6,651 domains (5.222 domains), 100 domains and above ORFs were determined. 2)The full-length cDNA sequence of Anopheles stephensi larvae and adults is controlled, and the nucleotide sequence of Anopheles stephensi larvae and adults is determined. 3)The full-length cDNA was produced by the oligo-cap method for the larvae of Glossina morsitaqns morsitans. 4)The University of Tokyo developed the Oligo-cap method and used it to analyze the 5'terminal of the gene. 5)The above results are published (Paper 1.) 6)The physicochemical properties of MAPP(Malaria promoter predictor : ), which is the starting point of the thermal response of the protozoa, are published (http://www.mapppredictor.info/cgi-bin/lndex.cgi)(Thesis 3.). 7)The host cell (non-parasitic cell) of the protozoan is related to the functional analysis of the protozoan.