全長cDNAライブラリを用いたアピコンプレクサ原虫の比較ゲノム解析

1) 6種のアピコンプレクサ原虫(plasmodium falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、toxoplasma gondii、Cryptosporidium parvum)の全長cDNAライブラリのクローン14,818個(10,501領域)についてソレクサでショットガンシークエンスを行ない、ゲノム参照によるアセンブルの結果、3,959クローン(3,320領域)で全長を決定、6,651クローン(5.222領域)で100アミノ酸以上のORFを同定した。2) ハマダラカ(Anopheles stephensi)の幼虫と成虫から全長cDNAライブラリを作製し、幼虫ライブラリについてABI3730で両端の塩基配列を決定した。3) ツエツエハエ(Glossina morsitaqns morsitans)の幼虫と踊からoligo-cap法で作製した全長cDNAライブラリについてソレクサでショットガンシークエンスを行ないab initioのアセンブルを行った。4) 東京大学の鈴木穣らが開発したoligo-cap法とソレクサを用いて発現遺伝子の5'端を超大量解読する方法を利用してトキソプラズマ原虫の発現解析を行った。5) 以上の成果をデータベース化し公開した(論文1.データベース1.)。6) 熱帯熱マラリア原虫の転写開始点をゲノムの物理化学的性質から予測するプログラムMAPP(Malaria promoter predictor : )を開発し、公開した(http://www.mapppredictor.info/cgi-bin/lndex.cgi)(論文3.)。7) トキソプラズマ原虫の原虫による宿主細胞(非寄生細胞)のアポトーシスに関与すると考えられる遺伝子の局在と機能解析を行った。

1) 6種のアピコンプレクサ原虫(plasmodium falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、toxoplasma gondii、Cryptosporidium parvum)の全長cDNAライブラリのクローン14,818個(10,501領域)についてソレクサでショットガンシークエンスを行ない、ゲノム参照によるアセンブルの結果、3,959クローン(3,320領域)で全長を決定、6,651クローン(5.222領域)で100アミノ酸以上のORFを同定した。2) ハマダラカ(Anopheles stephensi)の幼虫と成虫から全長cDNAライブラリを作製し、幼虫ライブラリについてABI3730で両端の塩基配列を決定した。3) ツエツエハエ(Glossina morsitaqns morsitans)の幼虫と踊からoligo-cap法で作製した全長cDNAライブラリについてソレクサでショットガンシークエンスを行ないab initioのアセンブルを行った。4) 東京大学の鈴木穣らが開発したoligo-cap法とソレクサを用いて発現遺伝子の5'端を超大量解読する方法を利用してトキソプラズマ原虫の発現解析を行った。5) 以上の成果をデータベース化し公開した(論文1.データベース1.)。6) 熱帯熱マラリア原虫の転写開始点をゲノムの物理化学的性質から予測するプログラムMAPP(Malaria promoter predictor : )を開発し、公開した(http://www.mapppredictor.info/cgi-bin/lndex.cgi)(論文3.)。7) トキソプラズマ原虫の原虫による宿主細胞(非寄生細胞)のアポトーシスに関与すると考えられる遺伝子の局在と機能解析を行った。