全長cDNAとChIPを用いた熱帯熱マラリア原虫の転写因子と結合塩基配列の解析

使用全长 cDNA 和 ChIP 分析恶性疟原虫转录因子和结合碱基序列

• 批准号: 15013212
• 负责人: 渡邊 純一
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15013212/
• 关键词: マラリア原虫; 全長cDNA; 転写開始点

2002年に解読公開された本原虫の全ゲノム塩基配列を基礎データとして、全長cDNAライブラリーの解析データを活用し、さらにChIP(chromatin immunoprrecipitation)法を用いて転写因子と結合塩基配列の同定を目指した。1)ネズミマラリア原虫Plasmodium yoelii yoleiiをネズミに体内で増殖させoligo-cap法により全長cDNAライブラリを作成、約1方クローンのシークエンスを決定した。培養原虫を材料として作成した熱帯熱マラリア原虫のライブラリと比較して全長率の高い高品質のライブラリが作成できた。2)ネズミマラリア原虫の5xドラフトゲノムシークエンスをBLASTPを用いて、熱帯熱マラリア原虫の全ゲノム塩基配列を比較した結果、多数のconitgがノム上にマップされた。3)ネズミマラリア原虫の全長cDNAライブラリの5'端塩基配列を上記contig上にマップした。その結果は、ホームページ上に公開した。(http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp)4)TBPのペプチド抗体については、頻回の免疫にも関わらず抗体価が上昇しないため、長さの長いペプチドを再合成し6ヶ月間免疫を継続することでようやく特異性の高い抗体を作成することができた。現在、ChiPの条件について検討中である。国内外の成果の位置づけマラリア原虫の転写開始点の情報としては、世界に唯一のものであり、国際的にも評価を受けている。全長クローンについては研究のリソースとして国内外からの供与の依頼に応じている。

2002 に solution 読 public さ れ た this parasite の full ゲ ノ ム salt base with columns based デ を ー タ と し て, full length cDNA ラ イ ブ ラ リ ー の parsing デ ー タ を appropriate し, さ ら に ChIP (chromatin The immunoprrecipitation method を uses て転 て転 to write the factor と binding to the base and <s:1> to determine the を index finger た. 1) ネ ズ ミ マ ラ リ ア parasite Plasmodium yoelii yoleii を ネ ズ ミ に で raised in vivo colonization さ せ oligo - cap method に よ り full-length cDNA ラ イ ブ ラ リ を done, about 1 square ク ロ ー ン の シ ー ク エ ン ス を decided し た. Cultivate parasite を material と し て made し た 帯 hot マ ラ リ ア parasite の ラ イ ブ ラ リ と compare し て の length rate high い high quality の ラ イ ブ ラ リ が made で き た. 2) ネ ズ ミ マ ラ リ ア parasite の 5 x ド ラ フ ト ゲ ノ ム シ ー ク エ ン ス を BLASTP を with い て, 帯 hot マ ラ リ ア parasite の full ゲ ノ ム salt base with column を compare し た results, most の conitg が ノ ム on に マ ッ プ さ れ た. 3)ネズ ネズ ラリア ラリア ラリア full-length cDNA of protozoan cue ラ ブラリ ブラリ the 5' -end base of the cue is arranged を superscribed contig に ップ ップ た た た た. The そ そ results are published in に and ホ ムペ ムペ ジ ジ に た. (http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp), (4) the TBP の ペ プ チ ド antibody に つ い て は, frequency の immune に も masato わ ら ず antibody 価 が rise し な い た め, long さ の long い ペ プ チ ド を resynthesis し ヶ six months between immune を 継 続 す る こ と で よ う や く high specificity の い antibody を made す る Youdaoplaceholder0 とがで た. Now, the ChiP に condition に に て検 て検 て検 claims である. の achievements at home and abroad の position づ け マ ラ リ ア parasite の planning write starting point の intelligence と し て は, only の world に も の で あ り and international に も review 価 を by け て い る. Span ク ロ ー ン に つ い て は research の リ ソ ー ス と し て at home and abroad か ら の の and supply in accordance with the 頼 に 応 じ て い る.

项目成果

Junichi Watanabe, Yutaka Suzuki, Masahide Sasaki, Sumio Sugano: "FULL-Malaria 2004 : an enlarged database for comparative studies of full-length cDNAs of malaraia parasites, Plasmodium species"Nucleic Acids Res.. 32. D334-338 (2004)

Junichi Watanabe、Yutaka Suzuki、Masahide Sasaki、Sumio Sugano：“FULL-Malaria 2004：用于比较研究疟疾寄生虫、疟原虫种类全长 cDNA 的扩大数据库”核酸研究.. 32. D334-338 (2004)

渡辺純一: "原虫の遺伝子学 新世紀の感染症学下巻"日本臨床社. 793-800 (2003)

Junichi Watanabe：“原生动物遗传学：新世纪传染病，第 2 卷”Nippon Ryosha 793-800 (2003)。