スパースガウシアンネットワークによる遺伝子ネットワークの構造推定

使用稀疏高斯网络估计基因网络的结构

基本信息

  • 批准号:
    15014222
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.11万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2003
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2003 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

遺伝子発現プロファイルデータにおける共分散構造を表現するための適切な確率モデル、およびそのための事前分布を検討した(Oba, Sato, Ishii,2003)。これを別途論文化した欠測補填法(Oba, et al.,2003)に適用することで、モデル化が適切であることを確認した。一方で、遺伝子発現データは一般に含まれるノイズの大きさに比べてデータ量が少ない。それを補うためには、多くの生命データに階層性が存在すること、および文献データに基づく事前知識の活用が有効である。ベイズ推定に基づく多項分布ベイジアンネットワークを定式化し、枯草菌のオペロン構造予測に適用した(Shimizu, Oba, Ishii,2003)。また、少ないデータ量からダイナミクス(遺伝子ネットワークの動的挙動)を同定(グラフィカルモデリング)するために、線形ダイナミカルシステムのベイズ推定法を開発し、酵母菌の公開データに適用した。その結果、細胞周期に依存した内部状態の変化を抽出することができ、また、システムを駆動する外的あるいは内部駆動因子の数は高々2から4次元程度であることが分かった(Yukinawa et al.,2004)。客観的な統計的基準に基づき内部次元数を決めることができ、また推定の精度自体も客観的尺度により評価できるのが本手法の特徴であり、今後は微生物の転写制御データに適用することで論文化を図る。また現在、発現プロファイルデータの共分散構造に対して適切な事前知識(スパースネス)を導入することで、高い推定精度を持つ解析法を開発した。癌の予後予測問題に適用して良い結果を得ており、現在論文投稿中である。この手法では、定量的尺度(確率的出力)により予後予測が可能であることも特徴である。
The distribution of Oba, Sato, Ishii,2003 in advance shows that the accuracy rate is very high. To discuss other ways of culture, the Oba (et al.,2003) method is used to confirm the accuracy of the test. On the other hand, you can see that the amount of food is generally lower than that of a large one. I don't know how to use it in advance. I don't know how to use it beforehand. It is presumed that multiple distributions (Shimizu, Oba, Ishii,2003) of subtilis and Bacillus subtilis have been constructed. This is the same as the method of determining the accuracy of the system, the method of deduction, the method of deduction The results of the experiment, the cell cycle dependence, the internal status of the cell cycle, the number of internal activity factors outside the activities of the cell, the cell cycle, the cell cycle, The statistical basis of the customer is based on the internal dimension, which determines the accuracy of the data. The accuracy of the customer is determined by the standard of the customer. In the future, the microbiological system will be used to discuss the culture. In the present and the present, the knowledge in advance is input into the knowledge in advance, and the accuracy of the presumption is based on the analytical method. In the future, the cancer has received satisfactory results and is now being submitted to the article. The technique and the quantitative scale (the contribution of the accuracy rate) may be measured later.

项目成果

期刊论文数量(7)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Oba, S.: "Prior hyperparameters in Bayesian PCA"Artificial Neural Networks and Neural Information Processing. LNCS2714. 271-279 (2003)
Oba, S.:“贝叶斯 PCA 中的先验超参数”人工神经网络和神经信息处理。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Yukinawa, N.: "System identification of cell-cycle-regulated genes based on a linear dynamical system model"Pacific Symposium on Biocomputing 2004. 146 (2004)
Yukinawa, N.:“基于线性动力系统模型的细胞周期调节基因的系统识别”太平洋生物计算研讨会 2004. 146 (2004)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Oba, S.: "A Bayesian missing value estimation method for gene expression profile data"Bioinformatics. 19. 2088-2096 (2003)
Oba, S.:“基因表达谱数据的贝叶斯缺失值估计方法”生物信息学。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Shimizu, H.: "Operon prediction by DNA microarray : an approach with a Bayesian network model"Genome Informatics 2003. 310-311 (2003)
Shimizu, H.:“DNA 微阵列预测操纵子:贝叶斯网络模型的方法”Genome Informatics 2003. 310-311 (2003)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
加藤 菊也: "遺伝子発現プロファイルのデータ解析"蛋白質核酸酵素. 48.16. 2300-2309 (2003)
加藤菊哉:“基因表达谱的数据分析”蛋白质核酸酶48.16(2003)。
  • DOI:
  • 发表时间:
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    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
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  • 资助金额:
    $ 2.11万
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    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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知道了