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スパースガウシアンネットワークによる遺伝子ネットワークの構造推定

使用稀疏高斯网络估计基因网络的结构

基本信息

批准号：
15014222
负责人：
石井信
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

遺伝子発現プロファイルデータにおける共分散構造を表現するための適切な確率モデル、およびそのための事前分布を検討した(Oba, Sato, Ishii,2003)。これを別途論文化した欠測補填法(Oba, et al.,2003)に適用することで、モデル化が適切であることを確認した。一方で、遺伝子発現データは一般に含まれるノイズの大きさに比べてデータ量が少ない。それを補うためには、多くの生命データに階層性が存在すること、および文献データに基づく事前知識の活用が有効である。ベイズ推定に基づく多項分布ベイジアンネットワークを定式化し、枯草菌のオペロン構造予測に適用した(Shimizu, Oba, Ishii,2003)。また、少ないデータ量からダイナミクス(遺伝子ネットワークの動的挙動)を同定(グラフィカルモデリング)するために、線形ダイナミカルシステムのベイズ推定法を開発し、酵母菌の公開データに適用した。その結果、細胞周期に依存した内部状態の変化を抽出することができ、また、システムを駆動する外的あるいは内部駆動因子の数は高々2から4次元程度であることが分かった(Yukinawa et al.,2004)。客観的な統計的基準に基づき内部次元数を決めることができ、また推定の精度自体も客観的尺度により評価できるのが本手法の特徴であり、今後は微生物の転写制御データに適用することで論文化を図る。また現在、発現プロファイルデータの共分散構造に対して適切な事前知識(スパースネス)を導入することで、高い推定精度を持つ解析法を開発した。癌の予後予測問題に適用して良い結果を得ており、現在論文投稿中である。この手法では、定量的尺度(確率的出力)により予後予測が可能であることも特徴である。

The distribution of Oba, Sato, Ishii,2003 in advance shows that the accuracy rate is very high. To discuss other ways of culture, the Oba (et al.,2003) method is used to confirm the accuracy of the test. On the other hand, you can see that the amount of food is generally lower than that of a large one. I don't know how to use it in advance. I don't know how to use it beforehand. It is presumed that multiple distributions (Shimizu, Oba, Ishii,2003) of subtilis and Bacillus subtilis have been constructed. This is the same as the method of determining the accuracy of the system, the method of deduction, the method of deduction The results of the experiment, the cell cycle dependence, the internal status of the cell cycle, the number of internal activity factors outside the activities of the cell, the cell cycle, the cell cycle, The statistical basis of the customer is based on the internal dimension, which determines the accuracy of the data. The accuracy of the customer is determined by the standard of the customer. In the future, the microbiological system will be used to discuss the culture. In the present and the present, the knowledge in advance is input into the knowledge in advance, and the accuracy of the presumption is based on the analytical method. In the future, the cancer has received satisfactory results and is now being submitted to the article. The technique and the quantitative scale (the contribution of the accuracy rate) may be measured later.