Characterization and comparison of nucleoid proteins in different bacterial species

不同细菌物种中核蛋白的表征和比较

• 批准号: 23241062
• 负责人: OGASAWARA Naotake
• 金额: $ 30.28万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-23241062/
• 关键词: ゲノム構築; 細菌ゲノム; 核様体; 枯草菌; 大腸菌; シュードモナス; GeF-seq

We developed a new method, GeF-seq, which enables to determine the binding regions of DNA binding proteins with 1bp resolution. We applied GeF-seq to determine the regions in which nucleoid proteins interact with genome DNA in Escherichia coli and Bacillus subtilis, which are evolutionally separated bacteria. The analysis revealed that, although HU protein, which are conserved across almost bacteria species, showed non-sequence-specific bindings with genome DNA in both Escherichia coli and Bacillus subtilis, Fis and IHF, which are unique nucleoid proteins in Escherichia coli, interacted with the specific sequences, resulting in formation of bend and hairpin structures in the genomic DNA. This suggested that there might be unique structures of nucleoid formed with Fis and IHF in E. coli.

我们开发了一种新的方法，GeF-seq，它能够以1bp的分辨率确定DNA结合蛋白的结合区域。我们应用GeF-seq来确定大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中类核蛋白与基因组DNA相互作用的区域，这两种细菌在进化上是分离的。分析表明，尽管在大多数细菌物种中保守的HU蛋白与大肠杆菌和枯草芽孢杆菌的基因组DNA显示非序列特异性结合，但大肠杆菌中独特的类核蛋白Fis和IHF与特定序列相互作用，导致基因组DNA中形成弯曲和发夹结构。这表明，在大肠杆菌中，Fis和IHF形成的类核可能具有独特的结构。杆菌

项目成果

LeuOによる腸管出血性大腸菌の病原性発現制御

LeuO 控制肠出血性大肠杆菌的致病性表达

• 发表时间: 2014
• 作者: 高尾美有紀;顔宏哲;戸邉亨
• 通讯作者: 戸邉亨

細菌の発現制御機構をゲノムワイドに解析する(次世代シーケンサーを用いた高精度な網羅的解析の可能性)

细菌表达控制机制的全基因组分析（使用下一代测序仪进行高精度综合分析的可能性）

• 发表时间: 2013
• 作者: 大島 拓;石川 周
• 通讯作者: 石川 周

Regulation of chromosomal replication initiation by oriC-proximal DnaA-box clusters in Bacillus subtilis

• DOI: 10.1093/nar/gkr716
• 发表时间: 2012-01-01
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Okumura, Hajime;Yoshimura, Mika;Ishikawa, Shu
• 通讯作者: Ishikawa, Shu

バクテリアのサイレンシングの多様性と共通性

细菌沉默的多样性和共性

• 发表时间: 2012
• 作者: Wada;H.;Iwasaki;M.;and Kawakami;K.;Ryo Ikehata;F.-N. Meng and T. Oakuma;四方哲也;Ken'ichi Ohshika;T.Sakasai;大島 拓
• 通讯作者: 大島 拓

Transcription elongation. Heterogeneous tracking of RNA polymerase and its biological implications.

转录伸长。 RNA聚合酶的异质跟踪及其生物学意义。

• DOI: 10.4161/trns.28285
• 发表时间: 2014
• 期刊: Transcription
• 作者: Imashimizu M;Shimamoto N;Oshima T;Kashlev M
• 通讯作者: Kashlev M