Fundamental Network of Genes and Proteins for Bacterial Cell Growth

细菌细胞生长的基因和蛋白质的基本网络

• 批准号: 17017026
• 负责人: OGASAWARA Naotake
• 金额: $ 128.26万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17017026/
• 关键词: 細菌細胞; 枯草菌; 大腸菌; 転写制御; ChIP-chip解析; 必須タンパク質; タンパク質複合体; システム生物学; 遺伝子発現制御; タイリングチップ; 細胞システム

Towards elucidation of fundamental networks of genes and proteins supporting growth of bacterial cells, we analyzed two model bacteria, Bacillus subtilis and Escherichia coli, using new methodologies, such as ChIP-chip analysis using a tiling chip and protein complex analysis using mass spectrometry. As the results, we obtained many new findings concerning new functions of essential genes, functional network of essential proteins, transcriptional regulatory network by transcription factors and nucleoid proteins, cell cycle regulation by nucleoid protein, and metabolome dynamics.

为了阐明支持细菌细胞生长的基因和蛋白质的基本网络，我们使用新的方法分析了两种模式细菌，枯草芽孢杆菌和大肠杆菌，例如使用贴片芯片的芯片分析和使用质谱仪的蛋白质络合物分析。作为结果，我们在必需基因的新功能、必需蛋白的功能网络、转录因子和类核蛋白的转录调控网络、类核蛋白对细胞周期的调控以及代谢组动力学等方面获得了许多新的发现。

项目成果

Bacillus subtilis YabA is involved in determining the timing and synchrony of replication initiation

• DOI: 10.1016/j.femsle.2005.04.028
• 发表时间: 2005-06-01
• 期刊: FEMS MICROBIOLOGY LETTERS
• 影响因子: 2.1
• 作者: Hayashi, M;Ogura, Y;Moriya, S
• 通讯作者: Moriya, S

Assessment of transcriptional responses in Bacillus subtilis cells to an antibiotic, Enduracidin, interfering with cell wall synthesis, by using a high-density tilling chip.

使用高密度耕作芯片评估枯草芽孢杆菌细胞对干扰细胞壁合成的抗生素 Enduracidin 的转录反应。

• 发表时间: 2009
• 期刊: Gene Genet Sys 84
• 作者: Rukmana;A.;Morimoto;T.;Takahashi;H.;Giyanto;Ogasawara;N.
• 通讯作者: N.

Predicting state transitions in the transcriptome and metabolome using a linear dynamic system model.

使用线性动态系统模型预测转录组和代谢组的状态转变。

• 发表时间: 2007
• 期刊: BMC Bioinformatics 8,343
• 作者: Morioka;R.;Kanaya;S.,;Hirai;M.;Yano;M.;Ogasawara;N.;Saito;K.
• 通讯作者: K.

Distribution of stable DnaA binding sites on the Bacillus subtilis genome

枯草芽孢杆菌基因组上稳定 DnaA 结合位点的分布

• 发表时间: 2008
• 作者: Okumura;H.
• 通讯作者: H.

転写伸長因子NusAとGreAの枯草菌ゲノム上での分布

转录延伸因子 NusA 和 GreA 在枯草芽孢杆菌基因组上的分布

• 发表时间: 2008
• 作者: Kusuya;Y.;Oshima;T.;Ishikawa;S.;Kurokawa;K.;Ogasawara;N.;松尾 芳隆;EBRU UYAR;楠屋 陽子
• 通讯作者: 楠屋 陽子