in-situビオチン化プロテオミクスによるタンパク質状態の定量化技術の開発

利用原位生物素化蛋白质组学开发蛋白质状态定量技术

• 批准号: 22K19288
• 负责人: 松本 雅記
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: Niigata University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-06-30 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K19288/
• 关键词: プロテオミクス; タンパク質構造; 質量分析; 蛋白質構造状態

本研究では細胞内のタンパク質状態の網羅的計測技術の開発を目的とする。ほとんどのタンパク質は細胞内で他のタンパク質と相互作用したり、リン酸化などによってその構造状態を変化させたりしていると考えられる。例えば哺乳類細胞の有糸分裂期の細胞は、細胞核膜は消失や微小菅などの細胞骨格の再構成など極めて劇的な形態変化が認められるが、このような状況下では、細胞全体にわたってタンパク質の状態変化が生じていると思われる。しかしながら、その実態を迅速かつ網羅的に見る手段は存在しない。そこで、膜透過性ビオチン化試薬を用いたin situ ビオチン化プロテオミクスを確立し、既存の相互作用プロテオミクスの手法を適用した結果と比較することで、各ビオチン化部位の変化の構造的な意義付けを行い、迅速に細胞内タンパク質状態をモニターする技術を確立を試みた。今年度は、網羅性とスループットを両立した定量プロテオミクス基盤を整備した。具体的には、data-independent acquisition (DIA)と呼ばれる手法やイオンモビリティーによる気相分離、さらにはチップ型トラップカラムを用いたハイスループットLCの組み合わせによる計測系を構築した。NHS-ビオチン試薬は膜透過性であり、細胞内に取り込まれたタンパク質上のLys残基と共有結合を形成する。この反応性がタンパク質の状態（構造や他のタンパク質との相互作用状態）に依存すると仮定している。得られた標識細胞からタンパク質を抽出し、酵素消化後にビオチン化ペプチドを高純度に精製する系を確立した(in situ biotylation proteomics: ISBP)。

In this study, the purpose of this study is to evaluate the computing technology of the intracellular health status network. In the cell, there are interactions between cells, acidizing, acidification, statecraft, and so on. In the case of mammalian cells, there are a series of mitotic cells, the disappearance of the nuclear membrane, the cell skeleton, and then the morphology of the cells, the cells. There is a problem in the authentication means to quickly launch the network. In this paper, the results of in situ and membrane permeability analysis are used to determine the status of the system, the results of the existing interaction test are used to compare the results of the experiment, and the results of the experiment are compared with the results of the experiment, and the results of the experiment are compared with the results of the experiment, and the results are compared with each other. This year, the Internet will set up a quantitative analysis of the basic information system. The specific information, data-independent acquisition (DIA), call the device, the computer, the computer, the The membrane permeation assay (NHS-) and intracellular DNA extraction (Lys) were used to combine the Lys residues to form the DNA fragment. You need to know that you are in a state of interaction.This is not true. After the enzyme is digested, the enzyme is digested and digested. After the enzyme is digested, the enzyme is digested and digested. It is necessary to determine the accuracy of the enzyme (in situ biotylation proteomics: ISBP).

项目成果

高感度・ハイスループットプロテオミクスがもたらすタンパク質研究の新展開

高灵敏度、高通量蛋白质组学带来蛋白质研究新进展

• 发表时间: 2022
• 作者: 森俊貴;廣澤幸一朗;田口友彦;横田康成;鈴木健一;松本雅記
• 通讯作者: 松本雅記

高速・高深度プロテオミクスが加速する生命科学研究

高速、深度蛋白质组学加速生命科学研究

• 发表时间: 2022
• 作者: 松本雅記

高深度・ハイスループットプロテオミクスによるタンパク質動態研究

利用高深度、高通量蛋白质组学进行蛋白质动力学研究

• 发表时间: 2022
• 作者: Shimizu Hideyuki;Kodama Manabu;Matsumoto Masaki;Orba Yasuko;Sasaki Michihito;Sato Akihiko;Sawa Hirofumi;Nakayama Keiichi I.;松本雅記;松本雅記;松本雅記
• 通讯作者: 松本雅記

Phosphorylation of PBX2, a novel downstream target of mTORC1, is determined by GSK3 and PP1

PBX2（mTORC1 的新下游靶标）的磷酸化由 GSK3 和 PP1 决定

• DOI: 10.1093/jb/mvac094
• 发表时间: 2022
• 期刊: The Journal of Biochemistry
• 作者: Wada Reona;Fujinuma Shun;Nakatsumi Hirokazu;Matsumoto Masaki;Nakayama Keiichi I
• 通讯作者: Nakayama Keiichi I