大規模リン酸化プロテオーム解析による細胞周期制御機構の解明
通过大规模磷酸化蛋白质组分析阐明细胞周期控制机制
基本信息
- 批准号:20058028
- 负责人:
- 金额:$ 4.22万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2008
- 资助国家:日本
- 起止时间:2008 至 2009
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
前年度までにリン酸化ペプチドの精製技術を確立した。21年度は細胞内リン酸化細胞周期の全過程の解析には少なくとも4点以上の定量が必要となるため、多検体間比較定量法を構築した。当初、一般的に質量分析計による定量法として安定同位体標識アミノ酸代謝標識法(SILAC)が主流であり、これを応用した多点定量法の構築を試みたが、使用できる培養細胞が限られるなどの欠点があるため、新規リン酸化定量プロテオミクス法であるphospho-iTRAQ法の構築を試みた。iTRAQ法は4種類,あるいは8種類の試料間の同時比較定量が可能であるため、細胞周期など時系列解析に適している。しかしながら、リン酸化の解析に適用する場合、試料の消化・リン酸ペプチドの精製後に標識を行うため、消化や精製過程での誤差が生じやすい。そこで、カゼインなどのリン酸化タンパク質を内部標準として各々の試料に少量添加することで、消化や精製の誤差を補正することを考案した。実際、実験過程で生じる誤差を内部標準由来のリン酸化ペプチドの定量値を用いて補正することが可能であった。本方法を用いて増殖因子刺激や細胞周期進行過程でリン酸化の変動を大規模に解析したところ、約10,000種類以上のリン酸化部位を同定・定量が可能であった。得られた新規細リン酸化の細胞周期制御上の意味を検証するため当該タンパク質の機能撹乱やリン酸化部位変異体の導入による細胞周期への影響の検討、さらに、細胞内局在や他のタンパク質との相互作用の細胞周期依存性等を横断的に解析している。
The previous year までにリ ペプチド acidification ペプチド <s:1> refining technology を established た た. 21 year は intracellular リ ン acidification process cell cycle の の parsing に は less な く と も 4 points above quantitative が の necessary と な る た め quantitative method, the comparison between 検 を build し た. At the beginning, the general に quality analyzer に よ る quantitative method と し て stable isotopic body logo ア ミ ノ acid metabolism identification method (SILAC) が mainstream で あ り, こ れ を 応 with し た の quantitative method to construct more を try み た が, use で き る culture cell が limit ら れ る な ど の points less が あ る た め, new rules リ ン acidification quantitative プ ロ テ オ ミ ク ス method で あ る phos The pho-iTRAQ method is used to construct を attempts みた. ITRAQ は 4 kinds, あ る い は 8 kinds の の between sample and more quantitative が may で あ る た な め, cell cycle when the ど series analytical に optimum し て い る. し か し な が ら, リ ン acidification の parsing に applicable す る occasions, try の digestion, リ ン acid ペ プ チ ド の refined after に line identification を う た め, digestive や refining process で の error が raw じ や す い. そ こ で, カ ゼ イ ン な ど の リ ン acidification タ ン パ ク を internal quality standard と し て each 々 の sample に small add す る こ と で, digestive や refined を の error corrections す る こ と を test case し た. Be international, be born 験 process で じ る を internal standard error origin の リ ン acidification ペ プ チ ド の quantitative numerical を with い て corrected す る こ と が may で あ っ た. This method を い て raised colonization factors stimulate や cell cycle process で リ ン acidification の - moving mass に を parsing し た と こ ろ, about more than 10000 kinds の リ ン acidification parts を quantitative が may be · で あ っ た. Have ら れ た new rules fine リ ン acidification の の on cell cycle suppression means を 検 card す る た め when the タ ン パ ク qualitative の function 撹 disorderly や リ ン acidification parts - variant の import に よ る cell cycle へ の influence の beg, さ 検 ら に, cells in や he の タ ン パ ク qualitative と の interaction の を transection of に analytical techniques, such as cell cycle dependence し て い る.
项目成果
期刊论文数量(8)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Nucleolar structure and function are regulated by the deubiquitylating enzyme USP36
- DOI:10.1242/jcs.044461
- 发表时间:2009-03-01
- 期刊:
- 影响因子:4
- 作者:Endo, Akinori;Matsumoto, Masaki;Komada, Masayuki
- 通讯作者:Komada, Masayuki
Large-scale proteomic analysis of tyrosine phosphorylation induced by T CR or BCR activation reveals new signaling pathways
T CR 或 BCR 激活诱导的酪氨酸磷酸化的大规模蛋白质组学分析揭示了新的信号通路
- DOI:
- 发表时间:2009
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Matsumoto;M;Oyamada;K.;Ta kahashi;H.;Sato;T.;Hatakeyama;S.;Nakayama KI.
- 通讯作者:Nakayama KI.
A GLOBAL MAP OF MITOTIC PHOSPHOPROTEOME UNCOVERS U NEXPECTED SIGNALING PATHWAYS IN MITOSIS
有丝分裂磷酸化蛋白质组的全球图谱揭示了有丝分裂中的预期信号传导途径
- DOI:
- 发表时间:2008
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Masaki Matsumoto;Koji Oyamada;Keiichi I. Nakayama
- 通讯作者:Keiichi I. Nakayama
Fbxo45 Forms a Novel Ubiquitin Ligase Complex and Is Required for Neuronal Development
- DOI:10.1128/mcb.00364-09
- 发表时间:2009-07-01
- 期刊:
- 影响因子:5.3
- 作者:Saiga, Toru;Fukuda, Takaichi;Nakayama, Keiichi I.
- 通讯作者:Nakayama, Keiichi I.
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