癌抑制遺伝子における遺伝子欠失機構の解明

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1) Common Fragile Site(脆弱領域)における欠失機構の解明のため、FHIT exon5を中心としたFHIT/FRA3B領域より両側へ新たに5つのBACクローン総計781kbのシークエンスを伸張し、既存のFRA3B領域を含めたintron 4の240kbとintron 5の400kbの合計640Kbおよびintron 6の一部とintron3の一部をあわせて約880kbのシークエンスを得た。2) 特にintron 4はこれまでに脆弱性機構の解明の鍵となるシークエンスの報告がなされており、HPV遺伝子挿入部位、pSv2neoクローニングベクター挿入部位、aphidicolin誘導によるhybrid breaks、遺伝子転座の好発部位等が知られている。3) また癌における同型接合欠失が知られていた肺癌(H211/H460)と2種類の子宮頚部癌(Siha,Hela)の欠失分断点を決定し、さらに食道癌においてはTEおよびKYSE併せて27種類の株化細胞より同型接合欠失を来した5種類を選定し、同様に欠失分断点を決定した。4) FHIT/FRA3B領域を含むintron4に関する脆弱性を客観的かつ精確に評価するために、新たな解析方法(Helix Flexibility)を用いて塩基配列固有の自由度・不安定性(flexibility)を求めた。特に著しく高いspike状の値を示した7箇所の近傍に、上記2)の幾つかのintron4のlandmark、または3)の癌の欠失分断点が存在した。telomere側から3番目と7番目のspikeは任意の40bpにおいて90%以上のhomologyを示した。また、FRA3B領域内のspikeはLINE1内または近傍に存在し、exon4近傍のspikeはLTR近傍に位置していた。